小規模企業におすすめの勤怠管理システム11選！選び方も徹底解説

小規模企業において、限られたリソースで勤怠管理業務を効率化するには、適切な勤怠管理システムの導入が必要です。

本記事では、小規模企業におすすめの勤怠管理システムを紹介し、選び方のポイントも徹底解説します。

小規模企業におすすめの勤怠管理システムの比較表

小規模企業におすすめの勤怠管理システムを費用や機能で比較しました。

小規模企業におすすめの勤怠管理システム11選

小規模企業でも使いやすいおすすめの勤怠管理システムを11製品紹介します。いずれも多くの企業に導入されているシステムで、小規模企業の導入事例も多いです。

HRMOS勤怠

• ベンチャーや中小企業を中心に6万社の導入実績(※)
• 30名以下は無料で使え、有料でも1人110円/月から利用可能(※)
• ICカードや顔認証など多彩な打刻方法とセキュリティ対策で安心

HRMOS勤怠 by IEYASUは、現在6万社を超える企業に導入されているシンプルで使いやすい勤怠管理システムです。

30名以下の場合は無料で利用でき、有料プランでも1人あたり月額110円から利用可能。日次や月次のデータ抽出やレポート機能による勤怠状況の可視化、給与ソフトやSlack、LINEとの連携ができます。

Web打刻やICカード、顔写真による打刻など多彩な打刻方法に対応し、管理者の2段階認証や従業員のIPアクセス制限などセキュリティ対策も万全です。

※ IEYASU株式会社(2025年2月時点)

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スマレジ・タイムカード

• 14万2,900店舗以上(※)の登録事業者数
• 3ステップでシフトが完成するシフト作成機能付き
• 初期費用は不要で、60日間(※)の無料お試し期間あり

スマレジ・タイムカードは株式会社スマレジが提供する、クラウド型の勤怠管理システムです。登録事業者数は2014年1月のリリース以降増え続け、15万5,600店舗以上(※)が利用しています。

3つのステップで直感的な操作をするだけでシフトを作成できる機能があり、管理者の手間を省くことができます。シフトから日別の人件費を計算することも可能です。

初期費用は無料で、60日間(※)のお試し期間もあり、費用を抑えて導入を検討できます。お試し期間中はすべての機能が使えるため、どのプランにしようか決める際の参考にしやすいでしょう。

※ 株式会社スマレジ(2025年2月時点)

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ジョブカン勤怠

• シリーズ累計20万社以上、有料利用ユーザー300万人突破の導入実績(※)
• ICカードや指静脈などさまざまな打刻方法に対応
• 初期費用0円、月額220円から導入可能(※)

ジョブカン勤怠管理は、シリーズ累計20万社以上の導入実績(※)を誇る、シンプルな操作性と柔軟なカスタマイズ性を兼ね備えたクラウド型勤怠管理システムです。有料利用ユーザーは300万人を突破し、中小から大企業まで多くの従業員に利用されています。

ICカードやGPS、指静脈認証、顔認証など多彩な打刻方法に対応し、変形労働時間制やフレックスタイム制などさまざまな勤務形態に適用可能。また7カ国語の多言語表示機能も備えています。

30日間の無料トライアル期間があり、初期費用やサポート費用は0円。無料プランもあるため月額0円(最低利用料金は2,200円)から利用でき、電話・メール・チャットでの手厚いサポート体制も魅力です。

※ 株式会社 DONUTS(2025年2月時点)

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マネーフォワード クラウド勤怠

• 裁量労働制やフレックスタイム制など、柔軟な働き方にも対応
• フレックスタイム制の清算期間は1カ月、2カ月、3カ月(※)の中から選択
• ほかのマネーフォワードのシステムと連携可能

マネーフォワード クラウド勤怠は、柔軟な働き方にも対応した勤怠管理システムです。シフト制に加えて裁量労働制やフレックスタイム制などにも対応可能。従業員の雇用形態が混在するスタートアップ企業やベンチャー企業にもおすすめです。働き方改革法案に沿った設計になっており、アラート機能も搭載されています。

フレックス制の場合、月をまたいだ労働時間の調整が可能で、最長3カ月以内(※)であれば労働時間を清算できます。より長い期間で労働時間を調整できるので、閑散期や繁忙期に勤務時間の申請をする際に有用です。

自動集計機能で作成したデータは、マネーフォワードのほかのシステムでも利用可能。人事、給与、社会保険といった人事部門で扱う情報をマネーフォワードシリーズで管理すれば、データの取り込みができるためスムーズな連携ができるでしょう。

※ 株式会社マネーフォワード(2025年2月時点)

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ジンジャー勤怠

• 1万8,000以上のお客様にご導入いただいている実績がある勤怠管理システム
• スマホアプリで外出先や移動中でも勤怠の承認や確認が可能
• 24時間365日のサポートでいつでも不安を解消

ジンジャー勤怠は、大企業から中小企業まで1万8,000以上のお客様※にご導入いただいている勤怠管理システムです。

パソコンやスマホ、タブレット、ICカードなど多様な打刻デバイスに対応し、GPSや顔認証などの機能も備えています。直感的な操作性で、はじめて勤怠システムを使う従業員でもスムーズに移行できます。

スマホのアプリで勤怠の承認や従業員の管理が可能です。打刻以外にも休暇残日数の確認などができます。スマホアプリなので移動中や外出先での確認が便利になります。

24時間365日対応のAIチャットサポート窓口が用意され、いつでも不安を解消できます。必要に応じて、電話やメールでサポートもおこなっているので安心です。

※ジンジャー公式HP(2025年6月時点)

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KING OF TIME

• 導入企業5万5,000社以上、利用者370万人以上の勤怠管理システム(※)
• 残業管理やシフト管理など豊富な機能が追加費用0円で利用可能
• 30日間の無料トライアルで導入前に実際の操作感を試せるから安心

KING OF TIMEは5万5,000社以上の企業に導入され、370万人以上に利用されている(※)クラウド型勤怠管理システムです。顔認証や指紋認証、ICカードなど20種類以上の打刻方法から目的に合わせて選べます。さらに変形労働時間制やフレックスタイム制など複雑な勤務形態にも対応可能。

リアルタイム自動計算や残業管理など豊富な機能を月額330円、追加費用なしで利用でき、給与計算システムなどの外部サービスともAPI連携できます。

従来の紙のタイムカードからの変更でも、シンプルな操作性でスムーズに乗り換えができます。また30日間の無料トライアル、オンラインセミナーなどの手厚いサポート体制も魅力です。

※株式会社ヒューマンテクノロジーズ(2025年2月時点)

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kincone(キンコン)

・勤怠情報と交通費を同時に管理
・テレワークに対応したチャットツールからの打刻
・初期費用0円、1人あたり月200円の低コスト(※)

Kincone(キンコン)は、勤怠管理と交通費精算を一括で行える便利なシステムです。ICカードを使って打刻する際に、交通機関の利用情報や料金も自動で記録され、手動での入力作業を大幅に削減します。さらに、交通費はブラウザや外部データ取込などでも簡単に登録できます。

テレワークに対応した打刻方法も豊富で、ICカードのほかに、ブラウザやモバイルアプリ、さらにSlackやChatworkといったチャットツールからも打刻可能です。これにより、リモート勤務時でも正確な勤怠管理が可能になります。また、柔軟な設定変更やアラート機能も備えています。

Kinconeは、初期費用がかからず、1人あたり月額200円とコスト面でも優れています。専用端末を購入する必要もなく、タブレットを活用するため低コストで導入可能です。2カ月の無料体験期間もあり、導入をじっくり検討できる点も魅力です。

※ 株式会社ソウルウェア(2025年2月時点)

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Touch On Time

・導入企業数49,000社、利用者数293万人突破、継続率99%以上の信頼
・1台のタイムレコーダーで3つの打刻方法が選べる
・初期費用無料、1人あたり300円で利用可能(※)

Touch On Time(タッチオンタイム)は、293万人以上の利用者を誇り、継続率99%以上という高い信頼性を持つ勤怠管理システムです。数千人規模の企業から小規模なクリニックまで幅広く利用されており、複雑な出勤パターンや給与体系にも柔軟に対応できます。導入時には、企業のニーズに合わせたカスタマイズが可能で、安心して運用できます。

タイムレコーダー1台で、生体認証、ICカード認証、ID＋パスワード認証の3つの打刻方法が利用できるのが特長です。これにより、従業員ごとに異なる打刻方法を設定でき、利便性が高まります。また、パソコンやモバイル端末からの打刻も可能で、あらゆる勤務形態に対応します。

初期費用が無料で、1人あたり月額300円という手頃な料金設定も魅力です。端末を購入する必要がなく、オプション料金も不要なため、コストを抑えながら全機能を利用可能です。

※ 株式会社デジジャパン(2025年2月時点)

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TimeBiz(タイムビズ)

・グループウェアとして活用できる勤怠管理システム
・勤怠アラートやスマホ対応など充実した機能(※)
・定額14,300利用人数が多いほど安価

TimeBiz(タイムビズ)は、勤怠管理だけでなく、メッセージ機能やタスク管理機能を兼ね備えたグループウェア型の勤怠管理システムです。全員が共有できる予定表やファイル共有機能、ワークフロー構築により、社内コミュニケーションを円滑にしつつ、勤怠管理も一元化したい企業に最適です。テレワークの推進にも強力なサポートを提供します。

勤怠情報はブラウザから簡単に打刻でき、遅刻や残業の自動記録やアラート機能も完備。スマホ対応で外出先でも柔軟に管理可能です。また、CSVエクスポートやICカード打刻も利用でき、働き方改革にも対応しています。これらの豊富な機能が、使いやすいインターフェースで提供されます。

月額17,160円で200人まで利用可能で、1人あたり最安86円と非常にコストパフォーマンスが高いのも魅力です。60日間の無料試用期間があり、じっくりとシステムを試すことができます。

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リシテア/就業管理クラウドサービス

・大企業を中心に累計1710社・239万人以上の利用実績(※)
・直感的で使いやすいUI
・特殊な要件にも対応、充実のサポート体制

「リシテア」シリーズは、1994年の誕生以来、25年以上にわたって信頼されてきた人事総合ソリューションです。大企業を中心に累計1710社・239万人以上が利用しており、勤怠管理を効率的に行うための豊富な機能と実績があります。クラウド版「リシテア/就業管理クラウドサービス」は、直感的で使いやすいUIを備えており、複雑な業務もスムーズに進行可能です。

企業の特殊な勤怠要件にも柔軟に対応できる点が強みです。経験豊富なサポートチームが、導入から運用まで一貫して企業を支援し、必要な就業管理を実現します。導入後も手厚いサポートが継続され、長期的なパートナーとして企業の人事業務をしっかりとバックアップします。

※日立ソリューションズ(2025年2月時点)

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freee勤怠管理Plus

• 有料課金ユーザー企業数は31万社以上(※)
• freee人事労務との連携により、給与計算から年末調整まで可能
• スマートフォンを用いた打刻ではGPS情報を記録

freee(フリー)勤怠管理Plusは使いやすい操作性で、初心者の方でも導入しやすい勤怠管理システムです。有料課金ユーザー企業数は31万社を超え、多くの企業でバックオフィス業務の効率化に貢献しています。

freee人事労務と連携すると入退社手続きから給与計算、Web給与明細発行、年末調整を一括でおこなえます。勤怠データが自動的に人事労務システムに反映されるため、手入力による作業を削減できるでしょう。

スマホ打刻ではGPSで現在位置が記録されるため、外回りや出張でも適切に勤務実績を記録できます。そのほかにも、パソコンやICカードリーダー、生体認証、共有端末での打刻も可能です。

※ フリー株式会社(2025年2月時点)

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小規模企業における勤怠管理の課題

小規模企業では、限られた人員とリソースの中で効率的に業務を運営することが求められます。ここでは小規模企業における勤怠管理の具体的な課題を整理して解説します。

コストと機能のバランスが取りにくい

小規模企業では、限られた予算の中で最適な勤怠管理システムを導入する必要があります。しかし、市場に出回っている多くのシステムは中規模以上の企業向けであり、機能が充実している分、コストが高くなりがちです。

一方で、無料または低価格のシステムは、必要な機能が不足していたり、細かいカスタマイズに対応していなかったりすることが多く、導入後に不便を感じるケースもあります。

労働時間の適正管理が難しい

小規模企業では、勤怠管理を専任で担当する人材がいないことが多く、適正な労働時間の管理が難しくなります。特に、残業や休憩時間の記録が曖昧になりやすく、長時間労働が発生しても正しく把握できないことがあります。

手作業での管理では、記録ミスや集計ミスが発生しやすく、従業員の不満につながることも少なくありません。働き方改革に対応し、労務リスクを回避するためにも、労働時間を正確に記録し、適切に管理できる仕組みを整えることが求められます。

勤怠管理の属人化と業務負担

小規模企業では、勤怠管理の業務が特定の担当者に集中しやすく、業務負担の偏りが生じることが課題となります。少人数の企業では、一人が複数の業務を兼務していることが多く、勤怠管理を一部の担当者に任せきりになってしまうことも珍しくありません。

その結果、担当者の業務負担が増加し、ミスが発生するリスクも高まります。さらに、担当者が退職した場合には、引継ぎに時間がかかり、新しい担当者が業務をスムーズに進められないこともあります。属人化を防ぎ、業務負担を分散させるためにも、シンプルで運用しやすい勤怠管理システムを導入し、業務の標準化を進めることが大切です。

法令遵守への対応

企業の規模にかかわらず、労働基準法や労働契約法に基づいた適正な勤怠管理が求められます。しかし、小規模企業では、法改正の情報を収集する余裕がないことが多く、適切な対応が後回しになりがちです。

その結果、気づかないうちに法令違反となるリスクが高まります。たとえば、36協定の順守や有給休暇の取得管理を適切に行わなかった場合、罰則の対象になる可能性があります。

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小規模企業が勤怠管理システムを導入するメリット

小規模企業では、従業員の勤怠管理を適切に行うことが、業務の効率化や労務リスクの軽減につながります。ここでは、勤怠管理システムを導入することで得られる具体的なメリットについて解説します。

勤怠管理業務の手間が減る

小規模企業が勤怠管理システムを導入すると、勤怠に関する業務負担が軽減され、業務の効率化が実現します。例えば、従業員の出退勤データや休暇申請情報が自動で集計・管理されるため、手作業での集計や記録の必要がなくなり、作業ミスも大幅に減少します。

最近では、クラウド型の勤怠管理システムが普及しており、初期費用を抑えつつ、月額の利用料金のみで手軽に導入できるものが増えています。小規模企業でも比較的導入しやすく、システムを活用した管理が可能です。

法改正対応の負担を削減できる

労働基準法や働き方改革関連法の改正に対応するには、企業ごとに制度の見直しや管理方法の変更が必要になります。小規模企業では労務管理に割けるリソースが限られており、法改正への対応が後回しになりがちですが、勤怠管理システムを導入すれば、法令改正に合わせた自動アップデート機能が備わっているため、企業側の負担を大幅に削減できます。

さらに、有給休暇の取得義務や残業時間の上限規制といった項目も、システムが自動的に管理し、必要に応じて管理者にアラートを通知するため、コンプライアンス違反のリスクを未然に防ぐことができます。

従業員の残業時間を抑制できる

小規模企業では、業務の属人化や人手不足の影響で、一部の従業員に業務が集中し、長時間労働が発生しやすい傾向があります。勤怠管理システムを導入することで、従業員の労働時間をリアルタイムで可視化し、管理者が早い段階で状況を把握できるようになります。

また、一定の労働時間を超えた場合にアラートを通知する機能を活用すれば、過度な残業を未然に防ぐことが可能です。労働時間のデータをもとに業務の見直しを行うことで、業務の適正な配分が可能になり、従業員の健康維持と生産性向上にもつながります。

勤怠管理の属人化と業務負担を軽減できる

勤怠管理システムを導入することで、出退勤データや休暇申請をクラウド上で一元管理できるようになり、複数の担当者が同時にアクセスできる環境が整うので、業務の属人化を防ぎ、負担の分散が可能になります。

さらに、勤怠データの自動集計や給与計算との連携機能を活用することで、管理者の業務負担が軽減され、より重要な業務に集中することができます。

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小規模企業にぴったりな勤怠管理システムの選び方

小規模企業においては、限られたリソースで効果的な勤怠管理を行う必要があります。ここでは、小規模企業が勤怠管理システムを選ぶ際に重視すべきポイントをご紹介します。

クラウド型で低コスト

小規模企業では初期投資を抑える必要があります。クラウド型勤怠管理システムは、初期費用が0円で提供される製品が多く、サーバーを自社で運用する必要がないため、コスト負担を軽減できます。

また、法律改正に自動的に対応する機能があるため、法令順守が必要な企業でも担当者の負担を減らしながら対応できます。これにより、システム管理にかかる手間を大幅に減少させることが可能です。

従量課金制の料金体系

小規模企業にとって、従量課金制の料金体系は大きなメリットです。一般的には一人当たり月額200〜400円程度のコストで利用できるため、コスト管理が行いやすくなります。

この仕組みによって、従業員数に応じて支出を調整できるため、無駄な費用を削減できます。

サポート体制が整っている

初めて勤怠管理システムを導入する際、操作方法やシステムに対する不安がつきものです。小規模企業では、ITに詳しい担当者が少ないことが多く、トラブルが発生した際に迅速な対応が求められます。そのため、充実したサポート体制を設定したシステムを選ぶことが重要です。

これにより、導入時や運用後の不安を軽減し、問題発生時にも自信を持って対処できるようになります。

他システムとの連携性が優れている

小規模企業では、給与計算や人事管理など、他の業務システムとの連携が重要です。多くの業務が関連しているため、勤怠管理システムが他のシステム（給与計算ソフトや人事管理システムなど）と連携できることで、データの一元化が実現します。

これにより、業務フローが効率化され、手入力の回数が減り、データの信頼性が向上します。また、従業員の勤怠情報を即座に確認できるため、経営判断も迅速に行えます。

小規模企業が勤怠管理システムを導入した事例

勤怠管理システムの導入効果や導入に至った前後の背景などの観点から、実際に導入している小規模企業を紹介します。

株式会社日本ユニスト

「株式会社日本ユニスト」は、行政と連携した地方創生プロジェクトや行政に対する不動産活用提案など、あらゆる面から付加価値の高い不動産を提供する、従業員50名未満の小規模企業です。

急なリモートワークへの対応や、申請関係の手間の削減を実現するため、勤怠管理システム(ジョブカン勤怠管理)の導入を決定しました。

株式会社アルファメイル

「株式会社アルファメイル」は、BtoCのサプリを中心に通販・物販事業を展開している、従業員20名の小規模企業です。

会社設立当初は勤怠管理を含めバックオフィスはエクセルで管理を行っていましたが、売上や事業成長に繋がることを中心に時間を使いたいと思い、マネーフォワード クラウド勤怠の導入を決定しました。

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小規模企業向けの勤怠管理システムで業務効率化の実現を

勤怠管理システムを活用すれば、正確な勤務の把握や担当者の業務の負担削減、法改正への素早い対応などが可能になります。

「勤怠管理システムは大企業が利用するものだ」というイメージがありますが、小規模企業でも積極的に導入すべきシステムです。

勤務形態への対応やコストなど、システム選びのポイントをしっかりと押さえて、自社にマッチしたシステムを選択してみましょう。

勤怠管理システムを活用しながら、より働きやすい会社の実現を目指してみてはいかがでしょうか。

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