おすすめ勤怠管理システム徹底比較

「フレックスや変形労働時間など、従業員ごとに異なる働き方を管理しきれない」

「休暇や残業申請がバラバラで、対応漏れや差し戻しが発生して大変」

「上場に備えて正確な工数管理を行いたいが、36協定の超過を確認する計算が複雑」

上記の悩みを解決するのが勤怠管理システムです。短時間勤務やフレックスといった働き方にあわせてルールを設定し、自動集計できるので、給与計算の手間を省けます。

労働基準法をはじめとする複雑な法令に自動で対応するアラート機能も搭載し、システム上で打刻修正や残業・休暇の申請から承認までを一元管理できるため、確認や差し戻しの流れも一目で分かります。

勤怠管理システムの特徴について、費用相場や選び方を含めて紹介します。

勤怠管理システム選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。従業員数などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりのサービスを最短1分で自動診断。理想の勤怠管理システムが見つかります。

ミツモアでは、2026年3月～5月において勤怠管理システムの導入を検討した担当者の傾向や意向をまとめました。結果をもとに、企業の具体的な実態やニーズを詳しく分析します。

人気の勤怠管理システムは「HRMOS勤怠」と「King of Time」

ミツモア調査で人気の5製品は、下記のとおりです。

• 1位：HRMOS勤怠（23.4％）
• 2位：King of Time（14.4%）
• 3位：freee勤怠Plus（12.8%）
• 4位：ジンジャー勤怠（5.0%）
• 5位：ジョブカン勤怠管理（4.4%）

※調査期間：2025年4月15日～2026年4月14日

上位製品に共通しているのは、月額費用が1名あたり110円〜330円と手軽に始められる点、給与計算ソフトやチャットツールなど、既存の外部システムとシームレスにつなげられる点です。

費用を重視するなら「HRMOS勤怠」、現場適合性なら「King of Time」、システム統合なら「freee勤怠Plus」や「ジンジャー勤怠」といったように、企業の成熟度や業態に応じた明確な棲み分けがなされているのが現在の市場トレンドといえます。

勤怠管理システム導入検討企業で多い業種は「建設・工事業」

※調査期間：2026年3月1日～2026年5月31日

勤怠管理システムの問い合わせが実際に多かった業界は、建設・工事や医療・福祉といった、シフト勤務や事業所外での業務が多い業種が上位を占めています。従業員一人ひとりの正確な労働時間を、手作業で管理することに限界を感じている企業が多いことがうかがえます。

また、飲食業やサービス業、小売・卸売業も多く、複雑な人員配置の管理も共通の課題となっているようです。

求められる打刻方法の多くは「モバイル」と「ビジネスチャット」

※調査期間：2026年3月1日～2026年5月31日

勤怠管理の打刻方法としてモバイル・タブレットやビジネスチャットを求める企業が半数を超えました。場所にとらわれない働き方の広がりが、打刻の主役を個人のデバイスへと移しています。

在宅勤務や現場作業が一般化し、正確な労働実態を把握するための仕組みが不可欠となりました。日常的なツールでの打刻は、業務の中断を防ぐだけでなく、専用機器の導入費用を抑えられる点も大きな利点です。

一方で、客観性の高いICカードや、不正防止に長けた生体認証への需要も根強く残っています。特定の手段に限定せず、多様な働き方にあわせて複数の打刻方法を組み合わせられる仕組みが、現代の企業には欠かせません。

ニーズのあるアラート機能は「打刻忘れ」と「時間超過」

※調査期間：2026年3月1日〜2026年5月31日

勤怠管理システムは出退勤の記録にとどまらず、法令違反リスクを防ぐツールとして活用されています。求められるアラート機能は、打刻忘れが49.5％、規定労働時間の超過が39.9％で全体の8割を占めています。

企業が求める目的は、集計の効率化ではなく問題の未然防止です。打刻忘れの通知は給与計算の正確性を高め、管理部門の確認作業を劇的に減らします。残業超過アラートも、36協定違反を防ぐ強力な予防策として欠かせません。

違反が起きる前に対策を打てるため、企業の信頼を維持できます。現代のシステムには過去の記録だけでなく、未来のリスクを自動検知してコンプライアンスを維持する機能が不可欠です。

レポート機能で主に求めているのは「データ出力（勤怠帳票）」

※調査期間：2026年3月1日〜2026年5月31日

システム導入後のレポート画面で求める機能について、データ出力や残業時間の表示、法令違反チェックの3つが上位を占めていることが調査でわかりました。データ出力は給与計算ソフトと連携でき、手作業によるミスを排除してバックオフィス業務を自動化できます。

残業時間の可視化は部署ごとの負荷を把握する指標です。適切な人員配置や従業員の健康管理を目的とした経営判断に役立ちます。

法令違反チェックは36協定の遵守を客観的に証明でき、行政調査への対応や社内監査の強化につながるでしょう。出退勤を記録するツールにとどまらず、収集データを実務の効率化や組織管理、法的防衛の3軸で活用できます。

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時刻、休憩、休暇の取得状況などを記録して管理するシステムです。正確な勤怠データの把握は、給与計算業務の効率化に直結します。

スマートフォンやチャットツールからの打刻、AIを活用した顔認証など新しい技術を取り入れた製品もあります。時間外労働の管理やアラート機能、フレックスや変形労働時間にも対応可能です。

最近では、従業員情報と連携し労務業務全般を効率化できる製品もあり、正確な給与計算から労務管理までを円滑に進められます。

主要な勤怠管理システムについて、料金の目安やサポート体制を含め、ポイントを比較表にまとめました。自社が抱える課題と照らし合わせながら、確認しましょう。

勤怠管理システムの導入にかかる費用は、現在主流のクラウド型か、自社でサーバーを構築するオンプレミス型かによって大きく異なります。それぞれの料金体系と費用相場を解説します。

クラウド型の費用相場

クラウド型は、サーバーの準備が不要で初期費用を抑えて短期間で導入できるのが特徴です。法改正への対応もサービス提供元が自動で行うため、専門知識を持つ担当者がいなくても安心して利用できます。

■初期費用

一般的に0円が主流ですが、自社で設定を行う場合が前提です。大企業向けや複雑な就業規則をシステム化する場合は、設定サポート費用として15万円〜30万円以上かかる場合があります。

■月額利用料

従業員1名あたり月額110円〜330円が相場です。基本的な機能はこの範囲で利用できますが、シフトや有休休暇管理といった機能の追加、利用人数が増える場合は、110円〜440円高くなります。

ただし少人数の場合、最低利用料金を設定しているところもあり、単価が安くても「月額最低3,000円から」といった下限があるシステムもあるため、実質的な負担額を確認しましょう。

■オプション料金

ICカード打刻や給与計算ソフトとの連携といった機能を追加する場合、1名あたり月額55円〜165円のライセンス料金がかかることがあります。ICカードリーダーや生体認証機器など、専用打刻機を導入する場合は、別途3,500円〜11万円前後の購入費用が必要です。

オンプレミス型の費用相場

オンプレミス型は、セキュリティ対策の強化で独自の就業規則に合わせてカスタマイズが必要な企業が対象です。自社サーバーにシステムを構築するため、初期費用が高額になる傾向があります。

■初期費用

システムのライセンス費用やサーバー購入費、設定費用などを合わせて、100万円～200万円程度が一般的です。

■保守費用

月額利用料はかかりませんが、システムのメンテナンスやサポートのために、導入費用の10%～15%程度を年間の保守費用として支払うのが一般的です。

■オプション料金

機能の追加や独自のカスタマイズを行う際には、1項目あたり5万円～30万円程度の追加費用が発生することがあります。

無料で利用できる勤怠管理システムでも運用できる？

従業員数が10名以下など、ごく小規模な事業所で、まずは紙のタイムカードから卒業したいという場合に無料で利用できる勤怠システムが適しています。主な目的が「出退勤時刻をデジタルで記録すること」であれば、基本的な打刻や集計機能で十分な場合があります。

しかし、無料プランにはいくつかの重要な制限があります。利用できる従業員数が10名や30名までといった上限が設けられていることが多く、複雑なシフト管理や給与計算ソフトとの連携といった、業務効率を大幅に改善する機能は利用できません。

さらに、法律で義務付けられている3～5年間のデータ保存期間を満たせなかったり、トラブル発生時に電話サポートが受けられなかったりするケースがほとんどです。

一方で、有料プランでは月々の費用が従業員1名あたり200円～500円程度から始められるものも多いです。給与計算との連携による本格的な業務効率化を目指すのであれば、機能やサポートが充実している有料プランの方が、費用対効果の高い選択となるでしょう。

勤怠管理システムは多種多様で、自社に合わないものを選ぶと、かえって業務が煩雑になることもあります。ここでは、自社に最適なシステムを選ぶための重要なポイントを解説します。

現行運用の課題を棚卸しして要件を整理する

自社にあうシステムを選定する前に、現在の勤怠管理方法を事実ベースで整理しましょう。打刻や各種申請、残業や有休の管理をシステムで完結させるのか、Excelやメールで補完するのかを把握しておきます。

課題の棚卸し後は優先順位をつけましょう。解決すべき課題が勤怠管理だけか、給与計算や労務手続きを含む人事領域全体なのかを明確にしなければなりません。

勤怠記録に絞るなら特化型が向いています。給与計算や年末調整も見直したいときは、人事労務を一連のシリーズで提供する製品を選ぶとデータ連携がスムーズです。

優先順位の決定後は、システムが必須の業務か、導入で改善効果が高まる業務かを区別して要件を明確にしましょう。現場や労務責任者、情報システム担当者といった社内関係者に意見を求め、だれが意思決定を行うか決めておきます。

無料トライアルを含め製品を比較検討する

要件の整理と意思決定者の決定後、製品の比較検討を行いましょう。単に機能の有無を見るだけでなく、次のポイントを踏まえ、現場や管理部門が無理なく運用できるか確かめることが大切です。

• 自社の要件を実現できているか
• 現場の従業員が迷わず使えるか
• 管理部門が日常的に運用しやすいか

ツールの多くは、1ヶ月から2ヶ月間の無料トライアルや、期間制限のない無料プランを用意しています。導入後に使いにくいと後悔しないよう、無料トライアルを活用して現場の打刻画面を確認しましょう。

関連記事：無料で使える勤怠管理システム9選！｜ミツモア

自社の勤務形態や就業規則に対応できるか

自社の複雑な就業規則をシステム上で再現できるか精査しましょう。担当者を悩ませる休憩や私用の中抜け管理は、外出記録を細かく残せる設定が不可欠です。

打刻時刻を5分から15分単位で整える丸め設定に加え、残業時間の計算方法や独自項目の有無を確かめましょう。自社の運用にあわせ、切り捨てや切り上げを項目ごとに定義できるかが給与計算の正確性を左右します。

法改正による時間外労働の厳格化にも対応するため、独自の集計ルールを忠実に再現できる製品を選ぶことが大切です。

従業員が使いやすい打刻方法があるか

従業員全員が毎日使うため、打刻方法は重要です。オフィス勤務ならICカードや生体認証、テレワークや外出が多いならスマートフォンアプリが適しています。

PC操作に不慣れな従業員が多い職場では、スマートフォンやチャットツールを使った簡単な打刻が喜ばれるでしょう。不正打刻を防ぐには、GPS機能付きのスマホ打刻や、なりすましができない生体認証が有効です。

給与計算ソフトと労務管理システムとの連携がしやすいか

勤怠管理システムで集計されたデータは、給与計算や労務管理の根拠となる重要な情報です。そのため、現在利用している（あるいは今後導入する）給与計算ソフトや労務管理システムとスムーズにデータ連携ができるか確認しましょう。

連携方法は、データをファイル形式で出力して取り込む「CSV連携」と、ボタン一つでリアルタイムに同期できる「API連携」の2種類です。CSV連携の場合は、自社が使っている給与システムのフォーマットに合わせて、出力項目や並び順を柔軟にカスタマイズできるかが、毎月の作業負担を大きく左右します。

従業員の入退社や異動に伴う「従業員情報（マスターデータ）」の連携性も重要なポイントです。勤怠、給与、労務の各システムで個別に情報を登録・修正していると、転記ミスや変更漏れの原因になります。

同一ベンダーのシリーズ製品で統一する、あるいは外部システムとの連携実績が豊富な製品を選ぶことで、人事労務全体の業務効率を向上できるでしょう。

勤怠管理システム導入後も、人の手による作業は発生する

勤怠管理システムが自動化するのは、あくまでルール通りの計算や集計といった定型作業です。そのため、打刻忘れの修正や、イレギュラーな勤務への対応、申請内容の事実確認といった、人の判断が必要な業務は引き続き発生します。

初期設定の複雑さを軽視しない

勤怠管理システムの導入で最もつまずきやすいのが「初期設定」です。自社の複雑な就業規則（残業の計算方法、休暇ルール、シフトパターンなど）を、システムに正しく反映させる作業は、専門知識がないと非常に時間がかかります。

この作業を軽視すると、正しく労働時間が計算されず、導入前より混乱する事態になりかねません。「導入時の設定サポート」が充実しているベンダーを選ぶことは、特に労務に詳しい担当者がいない企業にとっては、機能そのものと同じくらい重要です。

導入を機に、曖昧な社内ルールの整理が必要

勤怠管理システムは、決められたルール通りにしか計算できません。そのため、部署ごとに存在する「ローカルルール」や、「慣例」といった曖昧な運用が残っていると、設定の妨げになります。

たとえば、「休憩時間の打刻は任意」「遅刻理由は口頭で報告」といったルールは、システム化を機に見直す必要があります。システム導入は、全社で勤怠ルールを統一し、公平な運用を再構築する絶好の機会と捉えましょう。

給与計算の正確性を担保できるか

正確な給与計算は、客観的で正しい勤怠データがあって初めて成り立ちます。集計ミスは給与の誤払いにつながり、従業員との信頼関係を損なう原因にもなります。

現在利用している給与計算ソフトと連携できる製品を選べば、勤怠データを自動で反映できるため、手作業による転記ミスを防ぎ、月末の集計作業を大幅に効率化できます。

給与計算を外部にアウトソーシングしている場合も同様です。委託先へ正確な勤怠データを提供できなければ、正しい給与計算はできません。システムを導入し、客観的な勤怠データをスムーズに共有できる体制を整えることが重要です。

給与計算アウトソーシングについての詳細は下記の記事をご参照ください。

▶【2026年】給与計算ソフト比較24選！おすすめ製品を最短1分で自動診断｜ミツモア　

▶【2026年】給与計算アウトソーシング比較20選！おすすめサービスを最短1分で自動診断｜ミツモア

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