従業員が増え、Excelでの打刻修正や毎月の複雑な給与計算に限界を感じていませんか。多様な働き方にあわせた管理は難しく、労務担当者の負担は増すばかりです。
最終更新日: 2026年05月25日
自社に最適な勤怠管理システムへ移行すれば、給与計算ソフトとの連携や自動集計により月末の業務が劇的に効率化できます。残業時間が上限に近づくと自動でアラートが飛ぶため、36協定違反の労務リスクを未然に防げるでしょう。
給与計算ソフトとの連携や多様な働き方の課題を解決できる中小企業向けの勤怠管理システムを紹介します。
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中小企業向け勤怠管理システム比較表
中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際は、費用の透明性と周辺機能が揃っているかを確かめましょう。特に給与計算ソフトとの連携や休暇管理、申請を電子化するワークフローの有無は、業務を減らす効果を大きく左右します。
主要10製品の初期費用や月額料金、無料体験期間、主な機能の対応状況を下記の比較表にまとめました。
| 製品名 | 初期費用（税込） | 月額費用（税込・1名あたり） | 無料トライアル期間 | 給与計算ソフトとの連携 | 休暇管理機能 | ワークフロー管理 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| マネーフォワード クラウド勤怠Plus | 0円 | 要問い合わせ | 1ヶ月間 | ○（同シリーズ完全連携） | ○ | ○ |
| freee勤怠管理Plus | 0円 | 330円～（最低2,200円～） | 30日間 | ○（直接API連携） | ○ | ○ |
| ジンジャー勤怠 | 要問い合わせ | 330円〜 ※1 | 1ヶ月間 | ○（シリーズ間一元連携） | ○ | ○ |
| CLOUZA | 0円 | 220円（打刻人数のみ課金） | 30日間 | ○（専用フォーマット出力） | ○（オプション） | ○ |
| HRMOS勤怠 | 0円 | 110円（30名以下無料） | 30名以下完全無料 | ○（API・CSV連携） | ○（オプション） | ○ |
| KING OF TIME | 0円 | 330円 | 30日間 | ○（API・CSV広範連携） | ○ | ○ |
| ジョブカン勤怠管理 | 0円 | 220円～（最低2,200円～） | 30日間 | ○（API・CSV連携） | ○（機能選択制） | ○（機能選択制） |
| Touch On Time | 0円 | 330円 | 30日間 | ○（API・CSV連携） | ○ | ○ |
| スマレジ・タイムカード | 0円 | プランにより異なる（1,210円/月〜） ※2 | 30日間 | ○（API・CSV連携） | ○（有料プラン以上） | ○（有料プラン以上） |
| RecoRu | 0円 | 110円～（最低3,300円～） | 30日間 | ○（API・CSV連携） | ○ | ○ |
※ミツモア調べ（2026年5月時点）
※1：導入する周辺モジュールの組み合わせによって変動
※2：従業員10名まで無料で使えるプランあり
中小企業が勤怠管理システムを導入すべき必要性
自社にふさわしい勤怠管理システムを選ぶには、業務効率化と法令順守を同時に達成できる明確な条件が欠かせません。中小企業が勤怠管理システムを導入すべき必要性について解説します。
給与計算ソフトと連携できる
勤怠管理システムの導入・乗り換えの目的は、正確な給与計算を最小限の手間で終わらせることです。そのため、既存の給与計算ソフトとAPI、専用のCSVでスムーズに連携できる機能が欠かせません。
時間の表記違いや転記ミスを確認する手間がなくなれば、締め日直後の業務は最終確認だけで済みます。手作業をなくせば、計算ミスによる未払い残業代の発生リスクも防げます。
直行直帰や店舗シフトといった多様な働き方に対応できる
現場の従業員が迷わず数秒で打刻できる環境は、勤怠管理システムを定着させるうえで必要です。オフィス勤務をはじめ、直行直帰が多い営業職向けのGPS打刻や工場や店舗向けの共用タブレット打刻など、多様な働き方にあわせられます。
手軽に打刻できれば入力への心理的ハードルが下がり、打刻漏れを防ぐ習慣が根づきます。アルバイトの複雑なシフトや企業独自の変形労働時間制も自動で集計できる製品なら、管理部門の負担を大幅に軽減できます。
法改正連動のアラート機能が搭載している
残業上限の規制や有給休暇の取得義務化など労働法制は複雑化しており、目視のチェックは限界です。法改正にあわせ自動で更新され、過重労働の兆候を検知して警告を発するアラート機能が求められます。
今後は連続勤務の制限や勤務間インターバルの休息確保など、より細かな管理が必要になる見込みです。月の途中で基準を超えそうな従業員や管理者へ即座に通知が飛ぶ仕組みがあれば、月末に手遅れになる事態を防げます。
給与計算ソフトとの連携に強い中小企業向け勤怠管理システムおすすめ5選
給与計算ソフトをはじめとした外部システムとの連携に強い中小企業向けの勤怠管理システムは、以下の5製品です。
マネーフォワード クラウド勤怠Plus（株式会社マネーフォワード）
マネーフォワード クラウド勤怠Plusは、あらゆる業種、規模、複雑な就業ルールにフィットする高度なクラウド勤怠管理システムです。出退勤の打刻や休暇申請といった基本機能に加え、工数管理や36協定のリアルタイム監視など、経営管理を高度化する多くの機能を網羅しています。
給与計算システムとの連携においては、同シリーズの給与計算や会計ソフトと完全にシームレスなデータ連携が可能です。集計された勤怠データが自動的に給与プロセスへ流し込まれるため、月末に発生していたデータの転記作業やファイル連携に伴うエラーチェックを行う必要がありません。
freee勤怠管理Plus（フリー株式会社）
freee勤怠管理Plusは、事前準備から締め作業まで、勤怠管理のすべてをクラウドで一元化できるシステムです。固定労働からフレックスタイム制、変形労働時間制まで幅広く対応し、直行直帰向けのGPS打刻や生体認証など豊富な打刻手段を備えています。
freee人事労務との直接的なAPI連携に対応しており、ワンクリックで勤怠データを給与計算へ反映することが可能です。データの出力や加工、給与計算ソフトへの取り込みにかかる担当者の業務負荷が劇的に軽減され、転記ミスの余地をなくします。
ジンジャー勤怠（jinjer株式会社）
ジンジャー勤怠は、jinjer株式会社が提供するクラウド型勤怠管理システムです。人事データを一元管理できるため、従業員情報の変更がリアルタイムに各機能へ反映されます。
同じシリーズの給与計算や労務管理システムと同一のマスターデータベースを共有しているため、勤怠実績だけでなく、入退社や組織変更に伴う従業員情報の更新がリアルタイムに給与ソフトへ反映されるのがポイントです。データの多重管理による転記ミスや確認で手間を取ることはありません。
CLOUZA（アマノビジネスソリューションズ株式会社）
CLOUZA（クラウザ）は、直感的な操作で誰でも簡単に使える勤怠管理システムです。最低利用人数の制限がなく、従業員1人あたり月額220円（税込）から利用できるため、少人数の事業所や月によってスタッフ数が変動する現場でも無駄な費用は発生しません。
弥生給与やPCA給与、給与奉行といった、中小企業で広く普及している主要な給与ソフトに特化した専用の出力フォーマットをあらかじめ用意しているのが特徴です。ナビゲーションに従ってデータを出力するだけで、給与ソフトへ迷わず簡単にインポートでき、手入力の煩わしさと入力ミスを解消します。
HRMOS（ハーモス）勤怠 （株式会社ビズリーチ）
HRMOS(ハーモス)勤怠は、株式会社ビズリーチが提供するクラウド型勤怠管理システムです。30名以下の組織であれば有給休暇管理や日報機能も含めて無料で利用でき、31名以上でも安価な従量課金で運用できます。
マネーフォワードクラウド給与や給与奉行などの外部給与計算システムと、CSV出力またはAPI連携によるスムーズなデータ連動が可能です。システム内にWeb給与明細の発行機能や年末調整のペーパーレス管理機能を搭載しており、勤怠締めの後の作業までを同じシステム上で効率化できます。
多様な働き方に強い中小企業向け勤怠管理システムおすすめ5選
複雑な変形労働時間制の計算や、独自の就業規則による手計算の限界を解消したい中小企業に向けて、変則的なシフト作成の効率化などに役立つ勤怠管理システム5製品を紹介します。
KING of TIME（株式会社ヒューマンテクノロジーズ）
KING OF TIME(キングオブタイム)は、月額330円/名という低価格ながら、給与計算システムとの連携機能を備えたクラウド型勤怠管理システムです。指紋や指静脈などの生体認証、ICカード、スマートフォンのGPS機能、パソコンのログイン履歴を含む19種類以上の極めて多彩な打刻手段に対応しています。
複雑な変形労働時間制や企業独自の特殊な就業規則に対しても、精緻な管理画面の設定を通じて残業計算やシフト集計を自動化することが可能です。手計算によるミスの温床を排除し、労働基準法に準拠した過重労働対策をリアルタイムに実行できます。
ジョブカン勤怠管理（株式会社DONUTS）
ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。初期費用は無料で、1名あたり月額220円からという機能選択制の料金体系を採用しています。
LINEやSlackといったチャットツール上での手軽な打刻機能に加え、スマホから直接希望シフトを提出および自動収集できる機能を搭載しているのが特徴です。スタッフの過不足チェックやシフト表の自動作成が管理画面上で完結するため、毎月のシフト調整に費やしていた膨大な時間と労力を劇的に削減できます。
Touch On Time（株式会社デジジャパン）
Touch On Time（タッチオンタイム）は、専用の打刻端末を使った勤怠管理システムです。パソコンの設置や起動が困難な現場環境であっても単体で安定して稼働できる、独自の専用端末であるタッチオンタイムレコーダーを提供しています。
専用レコーダーを用いて指紋や指静脈といった生体認証、ICカード、パスワードを1台で使い分けられるため、不正な代理打刻を防止することが可能です。スマホのGPS打刻なども柔軟に組み合わせられるため、現場の就業ルールに合わせた精緻な時間管理が実現します。
スマレジ・タイムカード（株式会社スマレジ）
スマレジ・タイムカードは勤怠管理、シフト作成、給与計算などの機能を搭載し、日々の業務負担を軽減するクラウド型勤怠管理システムです。iPadやiPhoneを打刻端末として活用でき、打刻時の写真撮影やGPS位置記録で不正を徹底的に防止します。
打刻時に内蔵カメラで顔写真を自動撮影し、客観的な位置情報とともに記録することで不正を防止することが可能です。収集した正確な勤怠データをPOSレジの売上データと直接連動させ、時間帯ごとの精緻な人件費率をリアルタイムにグラフ分析できるため、適切な人員配置とコストコントロールを両立できます。
RecoRu（中央システム株式会社）
RecoRuは申請承認や36協定チェックなど、必要な機能を標準搭載した勤怠管理システムです。月額の最低利用料金は3,300円からですが、従業員1人あたり月額110円という驚異的な価格で利用できます。
フレックスタイム制や変形労働時間制、夜勤といった変則的な就業形態の自動集計に柔軟に対応します。複数店舗での勤務を正確に記録するヘルプ打刻や、勤務予定と実績の差異をリアルタイムに可視化する予実管理機能を備えているため、残業超過を未然に防げるでしょう。
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