「ITの知識がないので使いやすさを重視したい」「多機能すぎて費用が割に合わない」中小企業の経営者や担当者が抱える悩みは共通しています。
最終更新日: 2026年04月09日
今は直感的な操作と手厚い支援を両立した勤怠管理システムが充実しており、規模に見合う製品を選べば、煩雑な手作業から解放することが可能です。クラウド型なら人数に応じた従量課金で、維持費を最小限に抑えて運用できます。
専門的な知見を持つ担当者がいなくても簡単に導入でき、費用がかからない中小企業向けの勤怠管理システムについて、選び方を含めて紹介します。
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中小企業向け勤怠管理システム比較表
中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際、自社の経営課題を解決できる強みを持った製品を選ぶことが大切です。下記の比較表から、自社にふさわしい勤怠管理システムを選びましょう。
| 製品名 | 初期費用（税込） | 月額費用（税込） | 無料期間 | 長時間労働アラート | 給与計算ソフト連携 | 打刻方法 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| KING OF TIME | 0円 | 330円/名 | 30日間 | 〇 | 〇 | 生体, IC, GPS, PC, 専用端末 |
| マネーフォワード クラウド勤怠 | 0円 | 要問い合わせ | 30日間 | 〇 | 〇 | PC, スマホ, IC |
| ジョブカン勤怠管理 | 0円 | 220円/名〜 | 30日間 | 〇 | 〇 | LINE, Slack, GPS, IC |
| Touch On Time | 0円 | 330円/名 | 30日間 | 〇 | 〇 | 専用端末, PC, スマホ |
| スマレジ・タイムカード | 0円 | プランにより異なる（1,210円〜） | 30日間 | 〇 | 〇 | iPad, スマホ |
| ジンジャー勤怠 | 要問い合わせ | 330円/名〜 | 30日間 | 〇 | 〇 | スマホ, PC, タブレット |
| HRMOS勤怠 | 0円 | 110円/名（30名以下無料） | 30名以下は完全無料 | 〇 | 〇 | スマホ, PC, IC |
| CLOUZA | 0円 | 220円/名（打刻人数のみ） | 30日間 | 〇 | 〇 | スマホ, PC, タブレット |
| RecoRu | 0円 | 110円/名（最低3,300円/月） | 30日間 | 〇 | 〇 | スマホ, PC, 共用端末, IC |
※ミツモア調べ（2026年4月現在）
中小企業向け勤怠管理システムおすすめ9選
自社に合う勤怠管理システムを見極めるには、各製品の強みを掴むことが大切です。維持費を抑えられるタイプから、複雑な集計を自動化できる製品まで目的にあわせて選べるおすすめの勤怠管理システムを紹介します。
KING of TIME（株式会社ヒューマンテクノロジーズ）
KING OF TIME(キングオブタイム)は、月額330円/名という低価格ながら、給与計算システムとの連携機能を備えたクラウド型勤怠管理システムです。複雑な変形労働時間制や企業独自の就業規則に対しても、精緻な設定を通じて残業計算を自動化できます。
APIやCSVを用いて既存の給与計算ソフトと広く連携することが可能です。月末の転記作業をなくし、計算ミスによる未払い残業代の発生リスクを極限まで排除する効果をもたらします。
複雑な勤務シフトが混在しており、手計算によるミスの温床や法的なリスクに強い課題を感じている中小企業に最適です。
マネーフォワード クラウド勤怠Plus（株式会社マネーフォワード）
マネーフォワード クラウド勤怠Plusは、あらゆる業種、規模、複雑な就業ルールにフィットする高度なクラウド勤怠管理システムです。集計された勤怠データをそのまま給与計算プロセスへとシームレスに流し込めるため、月末に発生していたデータの転記作業やファイル連携に伴うエラーチェックの手間が完全に消滅し、事務処理工数を大幅に削減します。
勤怠管理だけでなく給与計算や会計、請求書管理など最大12の業務機能が利用できるのがポイントです。経理や総務、人事などの業務を少人数の担当者が兼任しており、毎月の締め作業に忙殺されている中小企業におすすめします。
ジョブカン勤怠管理（株式会社DONUTS）
ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。初期費用は無料で、1名あたり月額220円からという機能選択制の料金体系を採用しています。
LINEやSlackといったチャットツール上での打刻にくわえ、スマートフォンのGPS機能を活用した直行直帰の記録にも対応可能です。現場の従業員における入力の心理的ハードルを下げて運用を早期に定着させつつ、APIやCSVを通じた給与ソフト連携によって管理部門の集計工数を大幅に削減します。
複雑なパターンシフトの作成が毎月発生する飲食業や小売業、医療現場など、オフィスワーク以外の多様な働き方が混在する中小企業に最適です。
Touch On Time（株式会社デジジャパン）
Touch On Time（タッチオンタイム）は、専用の打刻端末を使った勤怠管理システムです。指紋やICカード、パスワードを1台で使い分けられる専用レコーダーをはじめ、スマホのGPS打刻や顔認証など、現場の環境や職種にあわせて最適な打刻方法を組み合わせられます。
初期費用は0円で、料金は「月額330円／1人」です。最低利用人数や期間の縛りもなく、すべての機能を制限なく利用可能です。専任担当者がいなくても、電話やチャットで質の高いサポートも受けられます。
スマレジ・タイムカード（株式会社スマレジ）
スマレジ・タイムカードは勤怠管理、シフト作成、給与計算などの機能を搭載し、日々の業務負担を軽減するクラウド型勤怠管理システムです。iPadやiPhoneを打刻端末として活用でき、打刻時の写真撮影やGPS位置記録で不正を徹底的に防止します。
初期費用0円に加え、「スタンダードプラン」の場合、従業員10名までなら月額費用は無料です。11名以上でも1人あたり月額110円（税込）から利用でき、月額2,420円からの「プレミアムプラン」では、勤怠データに基づいた給与の自動計算や有給休暇の管理、シフト作成といった機能を利用できます。
ジンジャー勤怠（jinjer株式会社）
ジンジャー勤怠は、jinjer株式会社が提供するクラウド型勤怠管理システムです。人事データを一元管理できるため、従業員情報の変更がリアルタイムに各機能へ反映されます。
残業時間の超過や打刻漏れなど、コンプライアンス違反のリスクをシステムが自動で検知できるのもポイントのひとつです。基準値を超えそうな従業員や管理者へ即座にアラートを通知するため、月末の集計時に「実は法律違反だった」という事態を未然に防ぎます。
HRMOS（ハーモス）勤怠 （株式会社ビズリーチ）
HRMOS(ハーモス)勤怠は、株式会社ビズリーチが提供するクラウド型勤怠管理システムです。勤怠管理に本当に必要な機能を、誰もが迷わないUI（操作画面）に凝縮しているため、ITリテラシーに自信がない現場でも、導入したその日からスムーズに運用できます。
単に時間を記録するだけでなく、残業時間の推移や有給取得率をリアルタイムでグラフ化する分析機能が充実しています。管理画面を開くだけで「誰が働きすぎているか」が直感的に把握できるため、データに基づいた労務管理が可能です。
CLOUZA（アマノビジネスソリューションズ株式会社）
CLOUZA（クラウザ）は、直感的な操作で誰でも簡単に使える勤怠管理システムです。最低利用人数の制限がなく、従業員1人あたり月額220円（税込）から利用できるため、少人数の事業所や月によってスタッフ数が変動する現場でも無駄なコストが発生しません。
弥生給与やマネーフォワード、freee人事労務といった給与計算ソフトとの連携ができるのもポイントのひとつです。専用の設定メニューが用意されており、勤怠データをソフトに合わせた形式で簡単に出力できます。
RecoRu（中央システム株式会社）
RecoRuは申請承認や36協定チェックなど、必要な機能を標準搭載した勤怠管理システムです。月額の最低利用料金は3,300円からですが、従業員1人あたり月額110円という驚異的な価格で利用できます。
初期設定がシンプルで、最短で申し込んだその日から利用できるのが強みです。有給休暇の自動付与や残業時間の自動計算、36協定に準じたアラート機能など、法令遵守に必要な機能も十分に備えています。
中小企業が勤怠管理システム選びで押さえたい4つのポイント
中小企業が勤怠管理システムを選ぶにあたって、機能の豊富さだけで判断しないようにしましょう。現場で運用が定着し、経営課題を解消するには下記4つのポイントを押さえておくことが大切です。
現場の従業員が迷わず使える打刻方法を揃える
中小企業が勤怠管理システムの導入で失敗する主な要因のひとつが、打刻を面倒に感じて記録が形骸化することです。専用端末にICカードをかざす、タブレットに顔を向けるといった簡単な操作手段があるか確かめましょう。
外出が多い営業職や現場作業員がいるなら、スマホのGPSと連動して位置情報を記録できる機能が必須です。
現在使用中の給与計算ソフトと円滑に連携できるか
勤怠管理の目的は、正確な給与計算を終えることです。多くの現場で、時間の表記違いによる連携エラーが起きています。
自社の給与ソフトに対し、APIでの自動連携や専用CSVでワンクリックで取り込める仕組みを選びましょう。データの加工作業をなくすことで、ミスのない業務フローを実現できます。
36協定の超過を防ぐアラート機能を確認する
残業規制への違反が発覚してからでは手遅れです。月の途中で残業が一定のラインに達しそうな従業員を特定し、本人と管理者の双方へ通知する機能があるか確認しましょう。
残りの労働時間が可視化されることで従業員自身の意識が変わり、長時間労働を未然に防ぐ仕組みを構築できます。
専門家不在を補う手厚いサポートがあるか
専門のIT担当者がいない中小企業にとって、複雑な就業規則をシステムへ反映させる作業は重い負担です。設定段階で挫折しないよう、ベンダーの支援体制を確かめましょう。
マニュアルだけでなく、電話やチャットでの回答、導入時の設定代行サービスがある製品を選ぶと安心です。
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