中小企業向け勤怠管理システムおすすめ12選！10名・30名の月額実費と機能で比較

「うちの規模で使えるのがどれか分からない」
「無料で始めたいが、それで足りるのか判断できない」

勤怠管理システムは数が多く、大企業向けの製品も同じ一覧に並びます。そこで12社の公式サイトを1社ずつ調べ、従業員10名と30名で実際にいくら払うのかと、必要な機能が標準で使えるのかを揃えました。

結果、10名の月額は0円から30,000円まで開き、無料で使える3社はいずれも残業アラートか有給休暇管理が標準では使えないことが分かりました。中小企業にとって効く条件から見ていきましょう。

中小企業向け勤怠管理システムとは？

中小企業向け勤怠管理システムとは、専用の製品カテゴリではなく、少人数でも割高にならず、専任担当がいなくても運用できる条件を満たしたサービスのことです。12社の公式サイトを確認したところ、製品として「中小企業向け」を名乗っているのはマネーフォワード クラウド勤怠の1社だけでした。どれが自社に合うかは、製品名ではなく次の3つの条件で判断することになります。

名乗っていない9社にも、少人数で使えるものは含まれます。ジョブカン勤怠管理は料金表を「中・小規模の企業様」と「大規模（500名目安）の企業様」に分け、フリーウェイタイムレコーダーは料金プランを「小規模な事業者の皆さまに最適」と説明しています。

1. 少人数でも割高にならないか

料金表の「1名あたり月額200円」を人数分かけても、請求額とは一致しません。最低利用料金を設けているサービスがあるためです。

レコルが分かりやすい例です。表示単価は1人100円と12社で最も安いのですが、最低利用料金が3,000円あるため、10名だと1人あたり300円になります。一方で30名なら100円×30名＝3,000円が最低利用料金とちょうど並ぶため、30名なら1人100円で使えます。

人数が少ないほど、表示単価と実際に払う額はずれます。自社の人数を当てはめてから比べる必要があります。

2. 専任担当がいなくても運用できるか

導入を諦めた理由を聞いた調査では、「システムに不慣れで設定・運用するのが難しいから」が27.0%で、コストに次ぐ2位でした（※1）。中小企業には情報システム部門も人事専任もいないため、設定に何日もかかるものは選べません。

ここは料金だけを見ていると分かりません。12社を調べると、初期設定の代行はKING OF TIME・ジョブカン勤怠管理・レコル・freee勤怠管理Plus・HRMOS勤怠の5社が有償で、CLOUZAは公式に「お客様ご自身で実施いただきます」と明記しています。

逆に楽楽勤怠は、専任担当が伴走する導入サポートを追加料金なしで月額費用に含めています。月30,000円からという価格には、この分が入っています。ジンジャー勤怠は電話とメールのサポートが51名以上のプランに限られるため、50名以下の会社はチャットのみになります。

3. 人数が増えても乗り換えずに済むか

大企業は最初から人数が多いので、この問いは生まれません。人数が増える途中にいる中小企業だけの論点です。

12社には、料金や使える範囲が不連続に変わる境目があります。

いま20名で3年後に40名を見込む会社なら、30名の段差を越えたときに何が起きるかを先に確認しておくと、入れ直す手間を避けられます。

※1 株式会社ヒューマンテクノロジーズ「中小企業の勤怠管理に関する実態調査 前編」（2024年4月11日〜12日調査／中小企業の勤怠管理担当者110名。求めることを聞いた設問は上位3つまでの複数回答）

中小企業向けの勤怠管理システムを無料で比較する

中小企業向け勤怠管理システムの4つのタイプ

料金の決まり方でタイプが4つに分かれます。1つのサービスが複数に当てはまる場合は、料金が何で決まるかで振り分けました。

1. 1人あたりの単価が決まっているタイプ

機能を足しても月額が上がらないタイプです。1人あたり月300円前後で、残業アラートから有給休暇管理、シフト管理まで標準で使えます。使う機能を絞っても安くならない代わりに、あとから機能を増やしたときに費用が動きません。

→ 単価が決まっているタイプのサービス5選を見る

1. KING OF TIME
2. Touch On Time
3. レコル
4. freee勤怠管理Plus
5. ジンジャー勤怠

2. 使う機能の数で決まるタイプ

必要な機能だけを選んで払うタイプです。打刻と集計だけなら1人あたり200円前後に抑えられます。ただし有給休暇管理やシフト管理を足すと、結局300円前後に近づきます。無料プランを持つサービスもこのタイプに集まっています。

→ 使う機能の数で決まるタイプのサービス4選を見る

1. ジョブカン勤怠管理
2. HRMOS勤怠
3. CLOUZA
4. スマレジ・タイムカード

3. バックオフィス全体でまとめるタイプ

勤怠だけで見ると割高ですが、会計や給与、導入サポートまで月額に含むタイプです。勤怠と給与でデータを二重に入力する手間がなくなります。会計ソフトの入れ替えも同時に考えている会社なら、総額では逆転することがあります。

→ バックオフィス全体でまとめるタイプのサービス2選を見る

1. マネーフォワード クラウド勤怠
2. 楽楽勤怠

4. 打刻と集計に絞るタイプ

12社のうち1社だけ、機能を打刻と集計に絞ったサービスがあります。残業アラートも有給休暇管理もシフト管理も持たない代わりに、10人まで0円、11人以上は人数が何人でも月1,980円です。全員が同じ勤務時間で、集計だけ自動にしたい会社に向いています。

→ 打刻と集計に絞ったタイプのサービスを見る

1. フリーウェイタイムレコーダー

自社に合うタイプの勤怠管理システムを無料で診断する

中小企業向け勤怠管理システム12社を比較

12社の実費・人数の段差・強み・タイプを一覧にしました。気になるサービス名をクリックすれば、詳細を確認できます。

※ 打刻・集計に有給休暇管理と申請承認を加えた構成で揃えた一例であり、選ぶ機能や条件で変動する
※ 2026年7月時点。スマレジ・タイムカードのみ公式が税込表記で、他11社は税抜表記。初期費用は12社中10社が0円（ジンジャー勤怠と楽楽勤怠は要問い合わせ）

費用相場は1人あたり月110円から330円

中小企業向けの勤怠管理システムは、初期費用0円・1人あたり月額110円から330円が相場です。ただし最低利用料金を3,000円から設定しているサービスがあり、少人数だと1人あたりの単価が上がります（※2）。

実際に12社を同じ条件で計算すると、従業員10名の月額は0円から30,000円まで開きました。この差が生まれる理由は3つです。

1. 最低利用料金があるサービスは、単価×人数がその額を下回ると最低額で請求される
2. 基本料金に5名分を含むサービスは、5名以下で使っても金額が変わらず、人数が少ないほど1人あたりが割高になる
3. 人数に関係なく定額のサービスは、人数が多いほど1人あたりが安くなる

機能で12社を比較

中小企業がシステムに求めることの上位4つは、いずれも機能でした（※1）。残業時間の管理が41.8%、自動集計が39.1%、勤務時間のリアルタイム把握が32.7%、休暇管理が31.8%です。コストは5位の16.4%でした。費用より先に機能で絞るほうが、選び直しが減ります。

※ ○は追加料金なしで使える。「非対応」は公式が対応しないと明記している機能。その他は必要なプラン名か追加料金
※ ICカード・生体認証は打刻機能の可否であり、専用機器の購入費は12社とも別途かかる
※ 2026年7月時点

無料で使える3社は、最も求められる機能が標準では使えない

期間の制限なく無料で使えるプランがあるのは、HRMOS勤怠・スマレジ・タイムカード・フリーウェイタイムレコーダーの3社です。ただし3社とも、中小企業が1位に挙げた「残業時間が管理できること」か4位の「休暇管理ができること」（※1）のどちらかが、無料の範囲では使えません。

フリーウェイタイムレコーダーは有料版に上げても、残業アラートと有給休暇管理は使えません。公式サイトも「有給を消化した日数を入力する項目はありますが、ルールを設定して有給を付与したりなどの管理簿のような機能はありません」と明記しています。

年5日の有給休暇の取得管理まで自動にしたい場合は、無料プランではなく1人あたり月300円前後のサービスが候補になります。無料のものだけを詳しく比べたい場合は、無料で使える勤怠管理システムおすすめ9選で解説しています。

ミツモアへの依頼が多い5サービス

ミツモアで勤怠管理システムの見積もりを依頼した企業のうち、実際に多く選ばれているサービスは次の5つです（※2）。「他社は何を使っているのか」を知る手がかりになります。

依頼が多い業種は建設・工事業、医療・福祉、飲食業、サービス業、小売・卸売業の順でした（※2）。

※1 株式会社ヒューマンテクノロジーズ「中小企業の勤怠管理に関する実態調査 前編」（2024年4月11日〜12日調査／中小企業の勤怠管理担当者110名。求めることを聞いた設問は上位3つまでの複数回答）
※2 ミツモア「勤怠管理システム比較」（ミツモア調べ／人気順は2025年4月15日〜2026年4月14日、業種は2026年3月1日〜5月31日）

自社の人数で見積もりを取って無料で比べる

1人あたりの単価が決まっている中小企業向け勤怠管理システムおすすめ5選

KING OF TIME

株式会社ヒューマンテクノロジーズが運営するサービスです。2025年7月に利用ID数400万を超えました。

料金は1人あたり300円のみで、残業アラートから有給休暇管理、シフト管理、フレックスタイム制まで追加料金なしで使えます。最低利用料金と最低利用人数、最低契約期間のいずれも設定がないため、人数が増えても段差が生まれません。PCやスマートフォンでの打刻は6種類が無料で、専用の機器を買わずに始められます。初期設定の代行は有償のオプションです。

※2026年7月時点

Touch On Time

株式会社デジジャパンが運営し、導入企業数70,000社以上、利用者数440万人以上が使うサービスです（2026年4月時点）。導入継続率は99.7%と公表されています。

プランが1つだけで、1人あたり月額300円に7機能すべてが含まれます。設定や機能を変えても金額が動かず、システムの更新でも追加費用がかかりません。設定代行は提供していませんが、専属担当による初期設定サポートを無償で受けられます。電話サポートは予約不要で回数無制限です。

※2026年7月時点

レコル

中央システム株式会社が運営する、勤怠管理の月額が1人あたり100円のサービスです。最低利用料金が3,000円あるため30名以下は一律3,000円になり、30名なら1人あたり100円で使えます。30名前後の会社にとっては、12社のなかで最も安い部類に入ります。

残業アラートも有給休暇管理も月額100円に含まれます。給与計算と給与明細、年末調整まで足しても1人あたり300円ですが、この場合の最低利用料金の境目は10名に下がります。初期費用と運用サポート費用はどちらも0円で、メール・電話・チャットのサポートも無料です。シフト作成の機能については公式サイトに記載がありません。

※2026年7月時点

freee勤怠管理Plus

フリー株式会社が運営し、ミツモアへの依頼が3番目に多いサービスです（※2）。料金は基本料金1,500円に従業員5名分を含み、6名目から1人あたり300円が加わります。年契約にすると30,000円で、月換算では2,500円になります。

7機能すべてが標準で使え、追加料金の記載はありません。freee会計とfreee人事労務を使っている会社なら、勤怠のデータがそのまま給与計算へ流れます。導入事例には従業員21名から50名の商社や医療・福祉の法人が公開されています。

※2026年7月時点

ジンジャー勤怠

jinjer株式会社が運営し、ミツモアへの依頼が4番目に多いサービスです（※2）。人事・労務・給与・経費などのシリーズで従業員データを1つに持つため、勤怠で入力した内容を給与や労務でも使えます。機能の更新は2週間に1度の頻度で行われ、更新による値上がりはありません。

7機能すべてが標準で、フレックスタイム制と変形労働時間制には専用の解説ページが用意されています。ただし電話とメールのサポートは51名以上が対象の有償プラン（プロダクト料金合計額の30%）に含まれるため、50名以下の会社が使えるのはチャットとヘルプセンターになります。勤怠単体の単価と初期費用は公開されていません。

※2026年7月時点

※2 ミツモア「勤怠管理システム比較」（ミツモア調べ／人気順は2025年4月15日〜2026年4月14日、業種は2026年3月1日〜5月31日）

月額が変わらないサービスを無料で比較する

使う機能の数で決まる中小企業向け勤怠管理システムおすすめ4選

ジョブカン勤怠管理

株式会社DONUTSが運営する、使う機能の数だけ払う課金のサービスです。出勤管理・シフト管理・休暇や申請の管理・工数管理の4つから必要なものを選びます。1機能なら200円で、機能を1つ足すごとに1人あたり100円ずつ上がります。打刻と有給休暇の管理だけなら1人あたり300円です。

シフト管理が要らない会社は、その分を払わずに済みます。36協定のアラートは全プラン共通の機能で、追加料金なしで使えます。無料プランもありますが、表示される人数は10名まで、閲覧できる勤怠データは過去30日分までです。出勤簿のダウンロードもできないため、試用に近い位置づけになります。

※2026年7月時点。月額は打刻と休暇・申請の2機能を使う場合の額

HRMOS勤怠

株式会社ビズリーチが運営するサービスで、ミツモアへの依頼が最も多い勤怠管理システムです（※2）。システムへ登録する人数が30名以下なら、期間の制限なく月額0円で使えます。無料の範囲に打刻、シフト管理、日報、Web給与明細、年末調整までが含まれます。

在籍が31名以上でも、登録を30名以内に抑えれば無料プランを使えます。ただし有給休暇の自動付与と届出申請のワークフローは有料プランの機能です。31名を登録した時点で31名全員が課金対象になり、1人あたり月額300円がかかります。無料プランでは個別のサポートを受けられません。

※2026年7月時点

CLOUZA

アマノビジネスソリューションズ株式会社が運営する、最低利用料金と基本料金がどちらも0円のサービスです。少人数でも下限による割高が起きず、人数に比例した金額だけを払います。基本機能は1人あたり200円で、年次有給休暇管理を足すと100円、申請承認ワークフローとセットなら150円が加わります。

課金の対象は登録した人数ではなく、その月に打刻した人数です。季節によって稼働する人数が変わる会社では、稼働しなかった月の費用が発生しません。ただしフレックスタイム制と変形労働時間制には対応しておらず、公式サイトも「固定時間制、シフト制」と明記しています。設定は利用者自身が行う前提です。

※2026年7月時点

スマレジ・タイムカード

株式会社スマレジが運営する、登録事業所数182,000を突破した勤怠管理システムです。従業員10名までのスタンダードプランが0円で、データの保存期間にも制限がありません。POSレジの契約が必須という記載は公式にはなく、勤怠管理だけで申し込めます。

有給休暇管理とシフト管理はプレミアムプラン以上で、10名なら月額2,420円です。36協定の労務アラートはさらに上のプレミアムプラスプランに限られ、10名で4,840円になります。無料のスタンダードプランは11名になると基本料金1,210円が新たに発生し、11名の支払額は1,320円です。0円から不連続に上がります。導入事例では、14名のクリニックが給与明細の作成時間を1時間から実質ゼロにしています。

※2026年7月時点。金額はすべて税込。10名・30名とも有給休暇管理が使えるプレミアムプランの額

※2 ミツモア「勤怠管理システム比較」（ミツモア調べ／人気順は2025年4月15日〜2026年4月14日、業種は2026年3月1日〜5月31日）

使う機能を選べるサービスを無料で比較する

バックオフィス全体でまとめる中小企業向け勤怠管理システムおすすめ2選

マネーフォワード クラウド勤怠

株式会社マネーフォワードが運営する、公式が中小企業向けと位置づけている勤怠管理システムです。会計、請求書、給与、契約など12サービスが同じ基本料金に含まれます。勤怠だけで見ると10名で7,980円と12社のなかでは高い部類ですが、会計や給与も同時に導入するなら1本の契約で足ります。

料金はビジネスプランの基本料金6,480円（年払い）に勤怠5名分が含まれ、6名目から1人あたり300円が加わります。7機能すべてが3つのプランで使えます。従業員が51名以上になると、別製品のマネーフォワード クラウド勤怠Plusに切り替わり、料金は問い合わせが必要です。50名以下の会社が想定の中心になります。

※2026年7月時点。月額は年払いの場合の額で、月払いは10名9,480円・30名15,480円

楽楽勤怠

株式会社ラクスが運営する勤怠管理システムです。専任担当が伴走する導入サポートを追加料金なしで月額費用に含めており、電話・メール・WEB会議・専用のFAQサイトも無料で使えます。法改正があった場合の対応も追加費用なしで更新されます。専任の担当者がいない会社にとっては、この分が価格に含まれている点が判断材料になります。

料金は月額30,000円からで、これとは別に初期費用がかかります。金額は人数に応じて変わるとされ、人数別の単価は公開されていません。10名で契約しても月額30,000円が下限になるため、1人あたりでは他の11社より高くなります。導入事例は従業員34名から194名の企業が公開されています。

※2026年7月時点。月額とは別に初期費用が発生する（金額は非公開）

会計や給与もまとめられるサービスを無料で比較する

打刻と集計に絞った中小企業向け勤怠管理システム

フリーウェイタイムレコーダー

株式会社フリーウェイジャパンが運営する、従業員10人まで無期限で無料の勤怠管理システムです。11人以上になっても人数課金ではなく、月額1,980円の定額になります。30名なら1人あたり66円、100名なら1人あたり19円と、人数が増えるほど1人あたりが下がります。

機能は打刻と集計に絞られています。残業アラート・有給休暇管理・シフト管理は、有料版に上げても使えません。フレックスタイム制と変形労働時間制にも対応していません。全員が同じ勤務時間で、集計だけを自動にしたい会社に向いています。無料版では有人のサポートを受けられず、AIチャットのみになります。有料版は1年ごとの更新で、初回は年一括の支払いです。

※2026年7月時点

無料で試せる勤怠管理システムを診断する

中小企業の勤怠管理システムの選び方4ステップ

STEP1 必要な機能を先に決める

費用から入ると選び直しになります。中小企業がシステムに求めることの上位4つは機能で、コストは5位でした（※1）。先に要る機能を決めてから、その機能を満たすもののなかで費用を比べます。

確認する順序は次の3つです。

1. 残業時間のアラートが要るか。月60時間を超える残業の割増賃金率は50%で、中小企業にも2023年4月1日から適用されています（※3）
2. 有給休暇の付与と残日数の管理まで自動にしたいか。年5日の取得管理まで含めるなら、無料プランでは足りません
3. シフト制やフレックスタイム制を採っているか。対応していないサービスがあります

STEP2 誰がどこで打刻するかを決める

打刻の方法がサービス選びを左右します。ミツモアに寄せられた依頼では、モバイル・タブレットとビジネスチャットでの打刻を求める企業が半数を超えました（※2）。

• 事務所のPCで打刻する場合は、12社のどれでも追加費用なしで使えます
• 現場や外出先でスマートフォンから打刻する場合も、12社すべてが位置情報つきの打刻に対応しています
• 全員に会社のスマートフォンを持たせていない場合は、ICカードや顔認証の専用端末が必要です。端末代は3,500円から11万円ほどで、月額とは別にかかります（※2）

STEP3 自社の人数で実費を計算し、補助金を確認する

1人あたりの表示単価ではなく、自社の人数を掛けた実費で比べます。確認する項目は3つです。

1. 最低利用料金があるか。あれば、単価×人数がその額を下回ったとき最低額で請求されます
2. 基本料金に何名分が含まれるか。5名分を含む体系なら、5名以下で使っても金額は変わりません
3. 数年後の人数で段差を越えないか。5名・10名・30名・51名が境目になります

導入費用には補助金を使える場合があります。2026年度は「デジタル化・AI導入補助金2026」という名称で、通常枠の補助率は2分の1以内（要件を満たすと3分の2以内）、補助額は5万円以上450万円以下です。ソフトウェアの購入費とクラウドの利用料が最大2年分まで補助の対象になります（※4）。

STEP4 複数サービスで相見積もりを取り比較する

同じ人数と機能の条件で2社から3社に見積もりを取ります。実費は人数と選ぶ機能で変わるため、公式サイトの表示単価だけでは判断できません。とくにジンジャー勤怠と楽楽勤怠は勤怠単体の単価や初期費用が公開されていないので、見積もりを取らないと総額が分かりません。

ミツモアなら、従業員数と必要な機能を入力するだけで、条件に合うサービスから最大5社の見積もりが届きます。

※1 株式会社ヒューマンテクノロジーズ「中小企業の勤怠管理に関する実態調査 前編」（2024年4月11日〜12日調査／中小企業の勤怠管理担当者110名。求めることを聞いた設問は上位3つまでの複数回答）
※2 ミツモア「勤怠管理システム比較」（ミツモア調べ／人気順は2025年4月15日〜2026年4月14日、業種は2026年3月1日〜5月31日）
※3 厚生労働省「月60時間を超える時間外労働の割増賃金率が引き上げられます」（2023年4月1日から中小企業に適用）
※4 中小企業デジタル化・AI導入支援事業「通常枠｜デジタル化・AI導入補助金2026」

条件に合うサービスから最大5社の見積もりを無料で取る

よくある質問

従業員が何名から勤怠管理システムを導入した方がよいですか

人数の基準は法律で決まっていません。判断の目安になるのは、締め作業にかかる時間と、有給休暇の管理を手作業で追えているかです。中小企業の勤怠管理担当者への調査では、毎月の締め作業に6時間以上かけている企業が61.8%でした（※1）。

無料の勤怠管理システムでも法令上の記録として認められますか

有料か無料かで扱いが変わることはありません。厚生労働省のガイドラインは、始業と終業の時刻を客観的な記録をもとに確認し記録することを原則としています（※5）。客観的な記録とは、タイムカードやICカード、パソコンの使用時間の記録などを指します。クラウド型の勤怠管理システムの打刻もこれにあたります。ただし無料プランは保存できるデータの期間や、勤怠実績を書き出せるかに制限がある場合があるので、その点は確認が必要です。

シフト制やフレックスタイム制にも対応していますか

サービスによって分かれます。シフト管理はジョブカン勤怠管理が別プラン、HRMOS勤怠が月額50円の追加、スマレジ・タイムカードがプレミアムプラン以上です。フレックスタイム制はCLOUZAとフリーウェイタイムレコーダーが公式に対応していないと明記しています。楽楽勤怠の変形労働時間制は1か月単位のみです。

専任の担当がいなくても運用できますか

初期設定を代行してもらえるかで変わります。KING OF TIME・ジョブカン勤怠管理・レコル・freee勤怠管理Plus・HRMOS勤怠は有償のオプションで、CLOUZAは利用者自身が設定する前提だと公式に明記しています。楽楽勤怠は専任担当の導入サポートを月額費用に含んでいます。サポートの手段も差があり、ジンジャー勤怠の電話とメールは51名以上のプランが対象です。

導入までにどれくらいの期間がかかりますか

打刻と集計だけなら、申し込んだその日から使えるサービスが多くあります。KING OF TIME・ジョブカン勤怠管理・レコル・フリーウェイタイムレコーダーは最短即日、Touch On Timeは申込日から翌4営業日以内にアカウントが発行されます。従業員の登録と勤務パターンの設定が必要なため、実際の運用開始までは数日から数週間が目安です。就業規則と実際の運用がずれている場合は、先にそこを揃えないと設定が決まりません。

タイムカードやExcelの過去の記録はどうなりますか

労働基準法では、労働時間の記録に関する書類を保存する義務があります。勤怠管理システムに切り替えても過去の記録は破棄せず、紙やファイルのまま保存期間まで残します。集計のやり直しが発生するため、切り替えは月初か年度初めに合わせるのが一般的です。

※1 株式会社ヒューマンテクノロジーズ「中小企業の勤怠管理に関する実態調査 前編」（2024年4月11日〜12日調査／中小企業の勤怠管理担当者110名。求めることを聞いた設問は上位3つまでの複数回答）
※5 厚生労働省「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」（平成29年1月20日策定）

自社の人数と使いたい機能を入れるだけで、条件に合うサービスの見積もりが最大5社分まとめて届きます。

自社に合う勤怠管理システムを無料で比較する