中小企業向け勤怠管理システム10選！課題にあったタイプ別で紹介

従業員30名超え、複雑な勤務形態の管理、月末に集中するExcelへの手入力作業…。もし貴社がこのような状況にあるなら、その管理手法は限界に達しています。

「先月、残業代の計算ミスが発覚した」「現在の運用では、正確な労働時間の把握が不安で仕方ない」という現場の危機感。それに対し「うちは中小企業だから、大袈裟なシステムは要らない」とコストに難色を示す経営層。

この記事ではそんな状況に陥りがちな中小企業の担当者に向けて、ぴったりの勤怠管理システムを紹介します。製品選びや導入に向けたポイントも解説するので、ぜひ参考にしてください。

中小企業の課題別｜まず検討すべき勤怠管理システム3タイプ

中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際、最優先すべき課題は主に3つに分類されます。まず自社がどのタイプに当てはまるかを見極めることが、失敗しない導入の第一歩です。

タイプ1：「とにかくコストを抑えたい」企業（従業員30名以下目安）

システム化は必須と理解しつつも、月額費用は最小限に抑えたい企業向けのタイプです。

タイプ2：「法令遵守と正確な労働時間把握」が最優先の企業

残業時間の上限規制、有給休暇の管理、度重なる法改正への対応に不安を抱え、Excel管理の限界を感じている企業向けのタイプです。

タイプ3：「複雑なシフト・多様な働き方」に対応したい企業

パート・アルバイトが多くシフト作成が煩雑な場合や、直行直帰、テレワークなど多様な働き方が混在する企業向けのタイプです。

コスト最優先の中小企業向け勤怠管理システム4選

30名以下など従業員数が比較的少なく、まずはコストを抑えてシステム化を実現したい中小企業向けの勤怠管理システムを紹介します。

HRMOS勤怠

「HRMOS勤怠」は、10万社を超える企業（※）に導入されている、シンプルで使いやすい勤怠管理システムです。中小企業にとっての最大の強みは、「30名以下無料」という圧倒的なコストメリットにあります。まずはコストをかけずにシステム化を試したい、あるいは従業員が少ないスタートアップにとって、最適な選択肢のひとつです。31名以上の場合も有料プラン（1人110円～）が安価に設定されています。

※株式会社ビズリーチ（2025年1月末時点）

AKASHI

「AKASHI」は、ソニーグループが開発・提供するクラウド型勤怠管理システムです。中小企業にとっての強みは、「1人220円～」という低コストと、SONYグループ提供という「信頼性」の両立にあります。シンプルな画面設計（UI）にも定評があり、ITリテラシーに不安がある企業でも直感的に操作でき、導入がスムーズに進みます。

CLOUZA

「CLOUZA」は、初期費用無料、月額220円/人～という低コストで導入できる手軽さが魅力のシステムです。強みは「豊富な給与ソフト連携」。「弥生給与」「PCA給与」「給与奉行」など、中小企業で広く利用されている主要な給与ソフトのほとんどとCSV連携が可能で、給与計算業務の効率化に直結します。

スマレジ・タイムカード

「スマレジ・タイムカード」は、特に飲食・小売業の中小企業に強い勤怠管理システムです。最大の強みは、同社のPOSレジ「スマレジ」と連携できる点。「スタンダードプラン」では従業員30人まで無料で利用できるため、小規模な店舗や事業所がコストをかけずにシステム化を始める際の有力な選択肢となります。

法令遵守と信頼性を最優先する中小企業向け勤怠管理システム3選

従業員数が数十名～100名規模で、残業規制や有給管理など、コンプライアンス対応を最重要視する中小企業向けの勤怠管理システムです。

KING OF TIME

「KING OF TIME」は、導入企業60,000社以上、利用ID数420万人以上を誇り、ID数ベースで市場シェアNo.1（※）を獲得している勤怠管理システムです。強みは「圧倒的な信頼性と法改正への迅速な対応」。長年の運用実績に裏打ちされた堅牢なシステムが、「法令遵守への不安」に確実に応えます。月額300円/1人でほぼ全ての機能が利用できるシンプルな料金体系も魅力です。

※富士キメラ総研「ソフトウェアビジネス新市場 2025年版」勤怠管理ソフトSaaS/PaaS市場 利用ID数 2024年度実績 ベンダーシェア

マネーフォワード クラウド勤怠

「マネーフォワード クラウド勤怠」は、バックオフィス業務全体の効率化を実現する「マネーフォワード クラウド」シリーズのひとつです。中小企業にとっての最大の強みは、この「バックオフィス連携」にあります。すでに「マネーフォワード クラウド会計」や「給与」を導入している企業であればデータ連携がシームレスであり、導入効果が最大化されます。

裁量労働制やフレックスタイム制など、柔軟な働き方にも対応しており、働き方改革関連法に沿ったアラート機能も搭載。総務・人事が少人数で給与計算まで担当している場合、勤怠データが自動で給与計算に反映されるメリットは計り知れません。

One人事[勤怠]

多様な働き方に対応する中小企業向け勤怠管理システム3選

製造業、小売業、介護、運輸業など、パート・アルバイトの比率が高く、シフト管理が煩雑な企業。または直行直帰やテレワークが多い企業向けの勤怠管理システムです。

ジョブカン勤怠管理

シリーズ累計導入実績25万社以上（※）を誇る、実績豊富なシステムです。最大の強みは「機能選択制」。「勤怠管理」と「シフト管理」だけ（月額400円/人）など、必要な機能だけを選んで契約でき、コストを最適化できます。2010年のサービス開始以来「値上げなし」を宣言しており、あらゆる業種の中小企業に対応できる「万能型・高カスタマイズ性」の代表格です。

※※株式会社 DONUTS(2025年11月時点)

ジンジャー勤怠

導入18,000社以上（※）の実績を持つシステムです。強みは「料金体系のシンプルさ」と「サポート体制」。月額400円/1人で、複雑なシフト管理や予実管理など多くの機能が「オプション費用なし」で利用できます。IT専任者がいない中小企業にとって、導入時の初期設定サポートや運用中のサポート体制が充実している点も安心材料となります。

※※ジンジャー公式HP(2025年6月時点)

Touch On Time

導入社数5万3,000社以上（※）の実績を持つシステムです。強みは「専用タイムレコーダーの使いやすさ」。PCに不慣れな従業員が多い「製造業」や「小売業」の現場において、指静脈認証やICカードで確実に打刻できる専用端末は、運用を軌道に乗せる上で大きな強みとなります。

※株式会社デジジャパン(2024年4月時点)

なぜ今、中小企業に勤怠管理システムが必要なのか

日本の中小企業における勤怠管理ソフトの導入率は、2025年3月時点でわずか28.1%（※）に留まっています。つまり約7割の中小企業が、いまだに手作業での管理を行っている可能性が高いのです。しかし、その従来型の手法は、法的なリスクと業務効率の両面で限界を迎えています。

タイムカード・Excel管理の限界とリスク

タイムカードからの転記ミス、Excel関数のエラー、集計にかかる膨大な工数。これらは単なる「非効率」の問題に留まりません。

厚生労働省のガイドラインは、労働時間の把握方法として、タイムカードやICカード、PCログなどの「客観的な記録」を原則としています。Excelへの手入力のような「自己申告制」は例外的な措置であり、実態と乖離していないかを確認する追加的な責務が企業側に発生します。

客観性を欠いたExcel管理は、コンプライアンス上、極めて脆弱です。システム導入は勤務表の締め作業にかかる時間を削減するような業務効率化だけでなく、この法的脆弱性を解消する最も確実な手段となります。

厳格化する「法令遵守」への対応義務

最大の外的圧力は、2024年4月1日より施行された「時間外労働の上限規制」です。

これまで適用が猶予されていた建設業、運送業、医師についても、この日をもって猶予期間は完全に終了し、新たな規制が適用開始されました。一般企業と同様に、原則「月45時間・年360時間」の残業上限が課せられ、違反した企業には「6ヶ月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金」が科される可能性があります。

この罰則付きの規制に加え、有給休暇5日取得義務など、中小企業が遵守すべき労務関連法は複雑化の一途を辿っています。Excel管理でこれらの法規制に完全に対応し続けることは、事実上不可能といっても過言ではありません。。

中小企業が勤怠管理システム選びで失敗しない5つの基準

自社に最適なシステムを選び抜くためには、5つの具体的な選定基準（勤務形態、料金、法令遵守、連携、サポート）を明確に持つことが不可欠です。

基準1：自社の勤務形態・打刻方法と合っているか

最初の基準は、自社の働き方の実態にシステムが対応できるかです。製造業の交代制シフト、フレックスタイム、変形労働時間制など、中小企業でも勤務形態は多様化しています。

また、作業着への着替えや待機時間も労働時間に含まれるため、営業職の直行直帰（スマホGPS打刻）、工場勤務（ICカード打刻）、内勤（PC打刻）など、業態に合わせて正確な時間を記録できる打刻方法が揃っているかを確認する必要があります。

基準2：料金プランは「企業規模（従業員数）」に見合うか

中小企業向けの料金体系は、主に「月額従量課金（1人あたり〇〇円）」です。自社の従業員数を基に総額コストを試算してください。

注意点は30名や50名など料金が変わるラインと、最低利用料金の有無です。市場動向として、従来の「完全無料」モデルは維持が難しくなっており、表面的な価格だけでなく将来的なコストの安定性も見極める必要があります。

基準3：法令遵守（36協定・有給管理）に対応できるか

ペルソナの最大の不安である「法令遵守」は、システムの必須機能としてチェックします。

具体的には、残業が36協定の上限（例：月45時間）を超えそうになった際のアラート機能、有給休暇の自動付与・管理・取得義務の警告機能、そして法改正への自動アップデート機能です。

また、2020年の法改正により、勤怠記録（賃金台帳など）の保存義務は「原則5年間」に延長されています。紙やExcelでの長期保存は困難であり、クラウド上で安全にデータを保管できるシステムを選ぶことが標準要件となります。

基準4：既存の「給与計算ソフト」と連携できるか

勤怠管理のゴールは、正確な給与計算です。月末の転記作業という最大の課題を解決する鍵が、この「給与ソフト連携」です。

現在自社で利用している給与ソフト（弥生給与、給与奉行、マネーフォワード クラウド給与など）と、導入候補のシステムがCSVまたはAPIで連携できるかを必ず確認してください。この連携がなければ、業務効率化の効果は半減します。

基準5. 導入・運用サポート体制は充実しているか

IT専任者がいない中小企業にとって、サポート体制は機能と同等、あるいはそれ以上に重要です。

導入時の煩雑な初期設定（就業規則の登録など）を代行または丁寧に支援してくれるか。運用開始後に疑問が出た際、電話やチャットで迅速に対応してくれるか。こうした「導入後」の伴走支援が、システムの定着を左右します。

中小企業が勤怠管理システムを導入する4つのメリット

これらの基準で選定された勤怠管理システムは、中小企業が抱える課題に対し、4つの明確なメリットをもたらします。

1. 勤怠集計・給与計算の業務が自動化される

最大のメリットは、ペルソナが「丸3日」かかっていたようなExcelへの転記・集計作業がゼロになることです。打刻データはリアルタイムで自動集計され、給与計算ソフトに連携されます。「年間数十万円のコスト削減」「締め作業を700分削減」などの具体的な効果も報告されており、そのインパクトは計り知れません。

2. 残業時間・有給休暇の管理が可視化され、法令遵守できる

リアルタイムで全従業員の労働時間がダッシュボードで可視化されます。これにより、「誰が」「いつ」残業上限に達しそうかを即座に把握でき、アラート機能が長時間労働を未然に防ぎます。有給休暇の取得状況も一覧化されるため、「法令遵守への不安」という経営課題を直接的に解消できます。

3. 勤怠管理業務の「属人化」を解消できる

少人数の総務・人事部門では、特定の担当者に業務が集中しがちです。その担当者が休職・退職した場合、給与計算という最重要業務が停止するリスクを抱えています。システムを導入し、休暇申請の承認プロセスなどを標準化・分散することで、この「属人化」リスクから脱却できます。

4. 多様な働き方（テレワーク・直行直帰）に対応できる

スマホのGPS打刻やPCのログイン打刻機能は、テレワークや直行直帰といった多様な働き方を可能にします。従来の「タイムカードを押すために出社する」といった非効率な業務プロセスを根本から改善し、生産性の向上にも寄与します。

まとめ：自社の「課題」に合うシステム導入で、中小企業の勤怠管理を最適化

中小企業の勤怠管理システム導入では、この記事で解説した「5つの選定基準」（勤務形態、料金、法令遵守、連携、サポート）を基に、まずは自社の最優先課題が「コスト」「法令遵守」「シフト管理」のどれに当てはまるかを見極めることが第一歩となります。

煩雑なExcel集計と法令遵守のプレッシャーから解放され、より付加価値の高い業務に集中するために、自社に最適な勤怠管理システム導入を検討してください。

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