中小企業向け勤怠管理システム9選！課題にあったタイプ別で紹介

毎月の締め作業で、膨大なタイムカードや日報とExcelを突き合わせる作業に忙殺されていないでしょうか。「残業代の計算にミスはないか」「法改正に対応できているか」という不安は、総務・経理担当者の精神を削り取ります。

従業員数が30名を超え、変形労働時間制などが絡むと、手作業による管理は限界を迎えます。しかし、いざシステム導入を検討しても、「現場の従業員が使ってくれるか」「経営層がコストを認めてくれるか」という板挟みの悩みが尽きることはありません。

本記事では数ある勤怠管理システムの中から、特に中小企業での導入成功率が高い9製品を厳選して徹底比較。調査結果に基づく客観的なデータと、リスクを回避するための選び方も解説します。

迷ったらこれ！中小企業の課題を解決する勤怠管理システム3選

中小企業が勤怠管理システムを選ぶ際、最も重要なのは「自社の最優先課題」との適合性です。

調査データと機能特性に基づき、3つの典型的な課題に対する最適解を提示します。「法対応の確実性」ならKING OF TIME、「コスト抑制」ならHRMOS勤怠、「現場運用」ならジョブカン勤怠管理が有力な選択肢となります。

実績・機能のバランス最強「KING OF TIME」

法的リスクを最小化したい企業にとって、市場シェアNo.1（※）の実績を持つKING OF TIMEは極めて堅実な選択肢です。最大の強みは複雑な変形労働時間制やフレックスタイム制に対し、法令通りの残業計算を全自動で行える高度な計算ロジックにあります。

生体認証打刻のバリエーションも豊富で、指紋認証が難しい現場環境向けに顔認証や指静脈認証を選択できる点も評価されています。複雑な就業規則をシステム側で吸収し、管理者の負担を大幅に軽減する「安心」を買えるシステムです。

※※富士キメラ総研「ソフトウェアビジネス新市場 2025年版」勤怠管理ソフトSaaS/PaaS市場 利用ID数 2024年度実績 ベンダーシェア

コストを抑えてスモールスタート「HRMOS勤怠」

コストを最優先しつつ、機能面でも妥協したくない企業にはHRMOS勤怠が適合します。特筆すべきは、利用人数30名以下の企業であれば、有料版と同等の全機能を初期費用・月額費用ともに無料で利用できる圧倒的なコストパフォーマンスです。

無料プランであっても、「工数管理（日報機能）」や、スマートフォンのGPS打刻機能が標準装備されています。まずは特定の部署や現場だけで試験的に導入し、使用感を確かめたいというスモールスタートのニーズに合致します。

現場のシフト管理と使いやすさなら「ジョブカン勤怠管理」

直行直帰の多い営業職や、複雑なシフト管理が必要な現場を持つ企業には、ジョブカン勤怠管理が推奨されます。必要な機能だけを選択して契約できるカスタマイズ性の高さと、現場スタッフがスマホから直感的に操作できる優れたユーザーインターフェースが特徴です。

シフト作成機能が充実しており、人員配置や予実管理を効率化できます。LINEやSlackといった普段使い慣れたチャットツールでの打刻も可能であり、ITリテラシーに不安がある従業員でも抵抗なく利用を開始できる点が定着率の高さに繋がっています。

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中小企業が勤怠管理システム選びでおさえておきたい5つのポイント

勤怠管理システム選びにおいて機能表の「〇」の数だけを比較するのは危険です。現場で運用に乗らず形骸化する、あるいは法的なリスクをカバーしきれないといった事態を避けるため、中小企業の実態に即した5つの評価基準を持つ必要があります。

1. 現場の従業員が「直感」で使える打刻方法があるか

導入失敗の最大の要因は、従業員が打刻を面倒がり、運用が徹底されないことです。

選定時は、ICカードをかざすだけ、顔を向けるだけといった、操作が極限まで簡略化された打刻手段の実施を検討するとよいでしょう。直行直帰が基本の現場であれば、スマートフォンのGPS機能と連動し、出勤場所と時間を正確に記録できる機能が必須要件となります。

2. 「変形労働時間制」や法改正に自動対応しているか

労務関連法規は複雑化の一途を辿っています。手計算による管理は計算ミスの温床となり、未払い残業代の発生リスクに直結します。

システム選定では、1年単位の変形労働時間制などの複雑なルール設定が可能か、そして法改正時にシステムが自動でアップデートされるクラウド型であるかを重視します。法令遵守の負担をシステムに転嫁できることが、導入の大きなメリットです。

3. 給与計算ソフトとそのまま連携できるか

勤怠管理のゴールは、正確な給与計算を完了させることです。ここで多くの企業が直面するのが、勤怠データの「時間表記（60進法）」と給与ソフトの「十進法」の壁による連携エラーです。

現在使用している「弥生給与」や「マネーフォワード」などの給与ソフトと、APIまたは専用フォーマットでシームレスに連携できる製品を選定します。CSVデータの加工の手間を挟まず、ワンクリックでデータを取り込める環境こそが、ミスのない業務フローを構築します。

4. 「36協定超過」を未然に防ぐアラート機能はあるか

残業規制への対応は、違反してからの事後対応では手遅れです。月中の段階で残業時間が閾値を超えそうな従業員を特定し、本人と管理者に自動で通知するアラート機能の実装状況を確認します。

「今月はあと何時間働けるか」が可視化されることで、従業員自身の意識が変わり、自然と長時間労働が抑制される仕組みを作ることが、コンプライアンス経営の要となります。

5. 導入時のサポート（電話・チャット）は手厚いか

専任のIT担当者がいない中小企業にとって、初期設定のハードルは想像以上に高いものです。就業規則をシステム設定に落とし込む作業で躓かないよう、サポート体制の充実は不可欠です。

マニュアルの提供だけでなく、電話やチャットでのリアルタイムな質問対応、あるいは導入時の設定代行サービスなどが用意されているかを確認します。伴走型の支援がある製品を選ぶことが、早期の安定稼働への近道です。

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中小企業向け勤怠管理システムおすすめ9選【タイプ別】

おすすめの中小企業向け勤怠管理システム9製品を、中小企業が抱える「機能」「コスト」「現場対応」という3つの課題軸で分類しました。自社の状況に最も近いカテゴリから詳細を検討してください。

勤怠管理システム比較一覧表

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タイプ1：法令遵守と複雑な集計を自動化したい（機能重視）

KING OF TIME

市場シェアNo.1の実績が示す通り、あらゆる業種・規模の就業規則に対応できる柔軟性が最大の強みです。複雑な変形労働時間制や独自の集計ルールを持つ企業でも、設定により完全自動化が可能です。法改正への対応スピードも速く、コンプライアンスを重視する企業の標準的な選択肢となります。

マネーフォワード クラウド勤怠

「マネーフォワード クラウド給与」などを既に利用している企業にとっては、最適な選択肢です。勤怠データから給与計算、給与明細の発行までが一気通貫で繋がり、データ転記の手間とミスを完全に排除できます。バックオフィス全体を同一シリーズで統一することで、業務効率は飛躍的に向上します。

Touch On Time

PCやスマホの操作が難しい現場に最適なのが、専用タイムレコーダーによる打刻です。端末にICカードをかざす、あるいは指を置くだけで打刻が完了するため、ITリテラシーを問わず正確な記録が可能です。PCを設置できない工場や店舗、建設現場の詰め所などで威力を発揮します。

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タイプ2：とにかくコストを抑えて導入したい（コスト重視）

HRMOS勤怠

30名以下の企業であれば、初期費用・月額費用ともに完全無料で利用できる点が最大の魅力です。無料でありながら、建設業などで求められる「日報機能（工数管理）」も利用可能です。コストリスクを負わずに本格的な勤怠管理を始めたい小規模事業者にとって、これ以上の選択肢はありません。

AKASHI

ソニーグループが提供する信頼性と、直感的に理解できるシンプルな操作画面が特徴です。週に一度、自動でシステムメンテナンスが行われるなど安定稼働への配慮が行き届いています。マニュアルを見なくても操作できるわかりやすさは、管理部門の問い合わせ対応コストを削減します。

CLOUZA

「弥生給与」をはじめとする主要な給与ソフトとの連携に特化しており、各ソフト専用のフォーマットでデータ出力が可能です。初期費用が無料で、必要な月だけ課金される従量課金制を採用しているため、季節によって従業員数が変動する業種でも無駄なコストが発生しません。

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タイプ3：現場・直行直帰・シフト管理に対応したい（現場重視）

ジョブカン勤怠管理

必要な機能だけを選んで組み合わせるプラン体系により、無駄なコストを省けます。特にシフト管理機能が充実しており、複雑なパターンシフトの作成や、現場スタッフからの希望シフト収集をスマホで完結できます。直行直帰のGPS打刻やチャットツール打刻など、多様な働き方に対応します。

ジンジャー勤怠

スマートフォンアプリの使い勝手に定評があり、PCを持たない現場スタッフでもストレスなく利用できます。従業員情報の管理機能と統合されており、入社手続きから勤怠管理までを一つのデータベースで管理できるため、人事情報の二重管理を防ぐことができます。

スマレジ・タイムカード

店舗運営を行う企業に特化したシステムです。iPadなどのタブレットをタイムレコーダーとして利用でき、カメラによる顔認証で不正打刻を防止します。POSレジ「スマレジ」との連携により、売上データと連動した人件費率の分析など、店舗経営に直結する機能を持っています。

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導入前に知っておきたい！現場への定着と運用成功のコツ

最適なシステムを選定しても、現場が使ってくれなければ意味がありません。システムを「異物」と捉えられず、日常業務に溶け込ませるための運用にはコツがあります。

「俺はやらんぞ」と言うベテラン社員への対策

新しいツールの導入を「管理・監視の強化」と受け取られると、現場の抵抗は強まります。説得のポイントは、会社側の都合ではなく、従業員側のメリットを伝えることです。

「正確な記録がないと、万が一の労災認定などであなたが損をする可能性がある」「手書きの手間をなくし、本来の業務に集中してもらうため」といった、従業員を守り、楽にするための導入であることを丁寧に説明します。

段階的な導入のススメ（まずは打刻だけ）

導入初月から、残業申請や有給申請、日報入力まですべてを完璧に運用しようとすると、現場は混乱します。最初の1ヶ月は「出退勤の打刻だけ」に絞って運用を開始することを推奨します。

打刻が習慣化し、スマホやICカードでの操作に慣れてきた段階で、徐々に申請機能などを解禁していくスモールステップ方式が、結果として最短での定着につながります。

なぜ今、中小企業こそ勤怠管理システムが必要なのか？

アナログな管理手法からの脱却は、単なる業務効率化ではありません。企業の存続に関わる経営リスクへの防衛策です。

アナログ管理に潜む未払い残業というリスク削減

労働時間の把握義務化や残業規制の強化により、手書きの日報やタイムカードといった客観性に乏しい記録は、法的な証拠能力として不十分と見なされるリスクが高まっています。

正確な打刻データが存在しないことは、労使トラブル発生時に企業側が適正な管理を証明できないことを意味し、未払い残業代の請求リスクを増大させます。システム導入は、会社と従業員の双方を守るための安価で確実な「保険」となります。

総務・経理の集計業務からの解放

毎月末、数日を費やして行われる勤怠の集計と給与計算への転記作業は、企業にとって生産性のない時間です。この作業をシステムで自動化しゼロにすることで、担当者は採用活動や職場環境の改善など、会社の未来をつくる付加価値の高い業務に時間を投資できるようになります。

まとめ：自社の「弱点」を補うシステムを選び、安心と効率を手に入れよう

勤怠管理システムの導入は、中小企業が抱える「法リスク」「コスト」「現場の負担」という3つの課題を一挙に解決する鍵となります。

まずは自社が最も解決したい課題がどこにあるのかを見極めてください。煩雑なExcel集計と法的なプレッシャーから解放され、安心して本業に集中できる体制を構築しましょう。

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