勤怠管理システムの費用ガイド！相場と選び方も解説！

勤怠管理システムの導入を検討する中で、「どこまで費用がかかるのか」「今の業務に合う選び方がわからない」と感じる担当者は少なくありません。

実際には、システムの種類や運用スタイル、必要な機能、法改正対応まで、多くの要素が費用に影響します。

この記事では、最新の市場調査をもとに従業員数ごとのコスト目安や追加で必要になる費用、補助金の活用方法など、予算計画から失敗しない選び方まで丁寧に整理しています。システム選定に迷う場面でも、自信を持って判断できる知識を得られるよう徹底解説します。

勤怠管理システムの費用相場・シミュレーション早見表

勤怠管理システムの費用は、クラウド型を中心に、企業規模や利用形態によって幅があります。月額は1人あたり300円から800円程度、初期費用は5万～100万円が目安です。従業員数ごとの費用例を一覧で紹介します。

システム導入時は、自社で設定作業を行うユーザー設定型（DIY）と、ベンダーのSEが設計・設定まで請け負うSE設定型の2つが大きな選択肢となります。

ユーザー設定型は初期費用を最小限に抑えられる一方で、細かな就業規則や複雑なシフト制を必要とする場合は対応が難しいケースもあります。

SE設定型では高度な要件定義や法改正を含む継続対応が期待できる半面、初期コストが高くなる傾向があります。機能の多寡や現場運用の実態を見極めたうえで、適切なプランを選ぶことが、長期的なコスト最適化につながります。

勤怠管理システムのコスト変動の要因とは？

勤怠管理システムの価格を左右する要因は大きく3点に集約できます。自社に合致する導入パターンを明確化することで、最適な費用シミュレーションが可能となります。

導入形態：クラウド型（SaaS）とオンプレミス型の違い

勤怠管理システムの費用は、クラウド型かオンプレミス型かによって大きく異なります。

クラウド型は初期費用を抑えつつ、法制度やセキュリティの最新対応も自動で行えるため、多くの中堅・中小企業で主流となっています。月額課金なので運用負担も軽く、法改正やシステム更新がスムーズです。

一方、オンプレミス型は、自社でサーバーやシステム管理を行う必要があり、高度なカスタマイズやデータの自社保有が必須な大規模企業向きです。導入や維持のコストは高額となる傾向があります。

設定主体：ユーザー設定型とベンダーSE設定型の違い

システムの初期設定方法もコストに影響します。ユーザー設定型は、自社で従業員情報や勤務ルールを登録するため、初期費用を抑えやすいのが特徴です。しかし、複雑な勤務体系や独自ルールの反映には手間や負担がかかる場合があります。

一方、ベンダーSE設定型は専門家が要件定義や設定作業を代行し、導入後の運用安定化まで支援します。

その分、コンサルティングや設定支援に5万～100万円規模の追加費用がかかる例もあるため、コストと確実性のバランスを考えて選択が必要です。

機能範囲：打刻特化型と労務・給与一体型（ERP）の違い

システムに搭載する機能の範囲もコストを左右します。出勤・退勤の打刻だけを重視した最小限プランなら、月額200～300円程度で始められますが、有給管理や36協定チェック、給与ソフトとの連携など追加機能を備えた多機能型では月額500～800円が一般的です。

ERP連携などさらに幅広い業務領域をカバーする場合は価格が上昇しますが、その分バックオフィス全体の効率化や長期的なコスト削減効果も期待できます。

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初期費用・月額費用以外にかかるコストとは？

勤怠管理システムの導入では、初期費用や月額費用以外にも見落としがちなコストが発生することがあります。予算オーバーを防ぐためには、初期費用・月額費用以外にかかるコストについても事前に理解しておくことが重要です。

打刻端末・周辺機器の購入・リース代

勤怠管理システムの導入に際しては、PCやスマートフォンの標準的な機器だけでなく、運用現場の実情に合わせた専用打刻端末や周辺機器の導入費も考慮が必要です。

例えば、不正な打刻を防止するためのICカードリーダー（1台あたり3,000円台～）、高精度な本人認証が必要な現場では指紋や顔認証に対応した生体認証端末（1台10万円以上）、複数拠点をまとめて管理できるクラウド連携型タイムレコーダー（1台5万～20万円程度）などが一般的です。

また、必要な拠点・現場ごとに台数が異なるため、すべての設置箇所分の初期費用や、機器保守・管理といった運用コストも合わせて見積もりましょう。

さらに、最近はIoTデバイス管理の手間やネットワーク整備費が発生するケースもあるため、現地調査や見積時に「端末・付帯機器」「配線・ネットワーク準備」の項目を忘れず確認することが重要です。

就業規則の変更に伴う社労士へのコンサル料

勤怠管理システム導入時には、既存の就業規則のアップデートが必要になる場合があります。たとえば、労働基準法など最新法令への順守や、システムの機能にあわせた運用細則の明確化などが求められるケースです。

このとき、就業規則の改定や新システムへの適合をスムーズに進めるために、社会保険労務士（社労士）や外部コンサルタントに依頼し、現行ルールとのギャップ分析や必要な条項追加・変更の支援を受けることが一般的です。

コンサルティング費用の相場は内容や規模により大きく異なりますが、5万円～20万円程度が目安です。

API連携・CSVカスタマイズの追加開発費

導入する勤怠管理システムと給与計算システム、会計ソフト、ERPなど他システムとのデータ連携をスムーズに行うためには、API接続やカスタマイズCSV出力といった個別開発が必要となることがあります。

特に、既存システムとの仕様差や自社独自の運用フローに対応する場合、標準機能の範囲外の連携要件が発生しがちです。その場合、初期導入時に10万円～30万円程度の追加開発費用がかかることが一般的です。

また、保守契約や大規模データ移行の際にも追加設定費用が発生することがあるため、事前に連携先の仕様確認や試験環境での動作検証についても依頼先に相談しておくと安心です。

特にAPIによるリアルタイム連携は、開発・検証・運用テストの工数がかかることも多いため、費用だけでなくスケジュールにも余裕を持ちましょう。

導入初期の社内教育・マニュアル作成工数

システム導入直後の社内展開・定着化には、従業員向け操作研修や管理者向け説明会、業務マニュアルの作成など、単純なライセンス費用以外の「教育リソース」への投資が欠かせません。

特に、ITリテラシーにばらつきがある場合や拠点数が多い企業では、オンライン・集合研修など複数の手段を組み合わせて段階的な教育体制を整備することが大切です。

また、運用開始初期のトラブル減少や現場混乱の防止のため、外部講師による研修パックや24時間のサポートオプション（数万円～）の追加契約を検討する企業も増えています。

AI解析・アラート等のアドオンオプション費

近年の勤怠管理システムでは、AIを活用した高度なアドオン機能のラインナップが拡充しています。

例えば、働き方改革対応として「異常な残業や休憩漏れをリアルタイム検出するAIアラート機能」「勤務間インターバル違反の自動通知」「チャットボットによる勤怠申請ナビ」などが代表的です。

こうした高付加価値オプションは、基本料金とは別に利用人数に応じて月額課金（相場：500円/人～）となる場合が多く、利用範囲が広がると費用も膨らみやすい点に注意しましょう。

AIオプションは高機能な反面、「自社の運用フローで本当に必要か」「費用対効果が明確か」を慎重に見きわめて導入検討しましょう。

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【タイプ別】主要勤怠管理システムの比較

勤怠管理システムにはさまざまなタイプがあり、それぞれに特徴があります。ここでは主要なタイプごとに、機能や導入メリットを分かりやすく比較します。

ジョブカン勤怠管理（コストパフォーマンス重視）

ジョブカン勤怠管理は、月額200円から始められるリーズナブルな料金体系と、導入する機能を柔軟に選択できる”セレクト型”のプランが大きな特長です。

打刻・シフト・休暇・申請など、必要な分だけ段階的に導入できるため、最小限のコストで「まずは勤怠管理の電子化から」といったスモールスタートに最適です。

さらに、LINEやSlackといった普段使いのコミュニケーションツールとの標準連携機能により、従業員の利用定着がスムーズでストレスフリー。

導入時の初期費用は、キャンペーン中であれば無料となる場合もあるため、コストをできるだけ抑えつつ、現場に寄り添った効率化を実現したい中小企業に特に支持されています。

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KING OF TIME（機能バランス・実績重視）

KING OF TIMEは、月額300円/人の明快なワンプライスで勤怠管理に必要な全機能が網羅されており、追加料金なしで利用できるオールインワン型システムです。

初期費用も0円（条件あり）とハードルが低く、予算計画が立てやすい点が多くの企業に評価されています。

長年にわたり国内シェアNo.1を維持してきた実績に裏打ちされた信頼性と運用の安定性、さらには勤怠打刻端末・ICカード・生体認証など最新デバイスにも幅広く対応可能です。

頻繁な法改正や多様化する就業形態にも迅速に追随し、安心して長く使えるサービスです。

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TeamSpirit（プロジェクト管理・工数管理重視）

TeamSpiritは、勤怠管理だけでなく、工数管理・経費精算・稟議ワークフローまでを一元化して提供する“業務統合型”DXプラットフォームです。

月額600円/人～の料金で複数業務の効率化が見込め、Salesforceとの連携により、先端AIによる働き方分析やプロジェクト単位の原価・工数管理も自在に可能となっています。

設定代行やカスタマイズサポートも充実しており、バックオフィス全体のDX推進および業務効率・コスト削減を高水準で実現できるのが魅力です。

「部門横断で情報を集約・分析したい」「プロジェクト毎の労務・経費を精緻に分析したい」といった働き方改革志向の企業に、特におすすめできる先進的なサービスです。

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TimePro-VG（大規模・高度なカスタマイズ重視）

TimePro-VGは、従業員数の多い大企業や複雑な就業規則、多拠点・多様な働き方を抱える組織のために開発された、超本格派の勤怠管理ソリューションです。

SE（システムエンジニア）が直接ヒアリングし、現場の業務フロー・運用課題に沿ったオーダーメイド設定を実施します。

就業管理・工数管理・外部システム連携まで、一社ごとに個別構築されるため、高度なカスタマイズや厳格な法令対応、監査・内部統制の強化までワンストップでサポートします。

「コンプライアンス・ガバナンス対応の絶対的な安心感」「複雑な運用への的確対応」を実現できます。

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自社に適した勤怠管理システムの選び方

最適な勤怠管理システムを選ぶ際は、以下の4点を徹底評価することをおすすめします。

自社の「複雑な就業ルール」を標準機能でどこまで再現できるか

自社の変形労働時間制、独自の手当制度、複雑なシフト運用、プロジェクトごとの工数管理といった実務ルールが多い場合、勤怠管理システムでどこまで標準機能内で再現できるかが導入成功のカギとなります。

標準機能だけでは自社独自ルールを充分にカバーできず、手作業やExcel管理、都度のカスタマイズ対応が残ると、運用定着に支障が出たり、集計ミス・法令違反・人的リスクなど予期せぬトラブルにつながる恐れがあります。

導入検討時は「自社ならではの複雑な就業パターン」を洗い出した上で、標準機能と運用フローとの適合度を細かくギャップ分析し、必要なカスタマイズや追加費用、担当者の負担まで見通した上で選定しましょう。

現場の従業員がマニュアルなしで打刻できるUIか

現場で働くスタッフのITリテラシーにはバラつきがあるため、誰でも直感的に迷いなく打刻・申請操作ができる優れたユーザーインターフェース（UI）の有無は、システムが現場に円滑に根付くかどうかを左右します。

特に、多様な年齢層や外国籍スタッフ、短期雇用が多い現場では、「マニュアルを読まなくても使いこなせるか」「スマートフォンやタブレットから簡単にアクセスできるか」「チャットボットや音声案内などサポート機能が充実しているか」といった現場目線のUI/UX設計がポイントとなります。

無料トライアルやデモを使い、実際にスタッフがどこまで簡単に操作できるか、事前にリアルな利用シーンでテストしてみることを強くおすすめします。

既存の給与計算ソフトとのデータ連携コストは低いか

勤怠管理システムと給与計算・会計など既存システムとをスムーズに連携できるかは、毎月の運用負担や今後のコストを大幅に左右します。

「自社で使っている給与ソフトとAPI連携やCSV出力インポートの標準対応があるか」「追加開発やオプション費用が発生しないか」「データ連携時の不具合や手作業リスクがないか」をしっかりチェックすることが重要です。

特に、給与計算との二重入力やデータ形式の差異は、繁忙期ほど大きなストレス・ヒューマンエラーの原因となりがちです。

主要な給与計算ソフトとの連携事例・標準対応状況、連携に要する初期設定・運用コスト、万が一トラブル発生時のサポート体制まで比較し、「連携負担が最小限で済む製品」を優先的に選ぶとよいでしょう。

障害発生時や設定変更時のサポートスピード（電話・チャット対応）

導入後にシステム障害や設定の不明点、法改正への対応、操作トラブルが発生した際、迅速かつ的確にサポートを受けられるかどうかは、運用リスクの最小化と業務の安定継続の観点から極めて重要です。

サポート窓口の種類（電話、チャット、メール、Webフォーム等）、対応時間帯、問い合わせ時の平均レスポンス速度や解決までの流れ、FAQサイトやマニュアルの充実度なども事前に確認しておきましょう。

特に、夜間や休日も稼働がある企業では、24時間サポートや緊急連絡体制の有無もポイントとなります。

実際のユーザー評価や導入企業の声も参考に、困った時に「すぐ相談できる・的確に解決してくれる」手厚いサポート体制のあるベンダーを選ぶことが失敗しない導入への近道です。

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IT導入補助金の申請する際に注目すべきポイントと申請手順

IT導入補助金は、企業のデジタル化や業務効率化を強力に支援する制度として、近年ますます補助対象範囲と補助率が拡充されています。

本補助金を活用することで、システム導入の初期費用を最大2/3まで大幅に削減することが可能です。賢く申請を進めるためのポイントと申請手順を以下に整理しました。

IT導入補助金の制度ポイント

公募開始時期

補助金の公募は毎年2月から3月にかけてスタートするのが通例です。スケジュールを確認し、早めの準備が重要です。

幅広い補助対象

勤怠管理システムなど「認定ITツール」のライセンス費用、ハードウェアや設置・設定費用、導入後の運用支援やコンサルティング費用まで、幅広い経費が補助対象となります。さらに、今年度はIT導入に関するサポート費用も補助の対象に加わっています。

補助率の拡大

標準的な事業者区分で最大1/2～2/3の補助率が認められ、特に最低賃金水準近辺で雇用をしている企業の場合、補助率が最大2/3まで引き上げられる点が大きな魅力です。

加点獲得のコツ

「IT経営ナビ」を活用した経営課題の分析や、「IT戦略マップ」の提出を行うことで、申請時に加点が付与され、採択される可能性が高まります。

セキュリティ推進枠の強化

クラウド型のシステムやサービスについては、最大150万円まで（2年分）の補助が認められており、データの安全性を高めたい企業にも最適です。

スムーズな採択に向けた申請手順

IT導入支援事業者への相談

はじめに、公式に認定されているIT導入支援事業者へ相談しましょう。御社の現状や課題についてヒアリングを受け、最適なITツールの選定をサポートしてもらえます。

システム選定と試用

実際に候補となる勤怠管理システムやITツールの無料トライアルなどを活用し、自社に最適なサービスを選定します。

申請書類の作成・提出

支援事業者のサポートのもと、申請書や必要な計画書を作成し、補助金申請を進めます。「IT経営ナビ」や「IT戦略マップ」の活用も忘れずに行いましょう。

これらのステップを踏むことで、補助金の採択率を高め、IT導入にかかる初期負担を大きく抑えることができます。

「自社のデジタル化に二の足を踏んでいる」「IT導入の費用負担を大きく減らしたい」とお考えの企業様は、この補助金制度を最大限に活用することをおすすめします。

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費用やリスクを考慮して自社に適した勤怠管理システムを活用しよう

勤怠管理システムの導入にあたっては、単に初期費用や月額料金で比較するだけでなく、最新の法令対応状況、現場への定着度、運用時に発生する業務負担、さらには情報漏洩などのリスク低減効果や業務全体の生産性向上といった多角的な観点から総合的に評価することが不可欠です。

導入を検討する際は、必ず無料トライアルやデモを利用して自社運用に即した設定・操作性を実際に検証し、必要であれば現場からの意見も反映しましょう。

勤怠管理システムの選定は、単なるコスト削減を超え、法令遵守と業務改革の実現、その両立を支援してくれるパートナーを慎重に見極める戦略的な経営判断であると言えるでしょう。

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