勤怠管理システムの費用相場はいくら？

勤怠管理システムの導入や乗り換えを検討する際、多くの担当者が最初に直面する大きな壁が費用です。従業員数に応じた月額料金が一般的ですが、求める機能や打刻端末の有無、サポート体制などによって大きく変わります。

勤怠管理システムの費用相場について、維持費を左右する見落としがちな費用や主要製品の価格を含めて解説します。

勤怠管理システムの費用相場はいくら？

勤怠管理システムの導入や乗り換えにかかる費用の目安は、提供形態や従業員数に比例します。主流のクラウド型の場合、従業員1名あたりの月額費用は110円〜330円が目安です。

初期費用0円の勤怠管理システムを導入したときの従業員数と運用期間に応じた総額費用のシミュレーションは以下のとおりです。

※ミツモア調べ（2026年5月時点）

※1人あたり月額110円〜330円、初期費用0円として試算。

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勤怠管理システムにかかる基本料金の仕組み

勤怠管理システムの導入や乗り換え時にかかる費用は、主に2つの要素で決まります。

導入形態（クラウド型とオンプレミス型／初期費用）

勤怠管理システムの費用は、クラウド型かオンプレミス型かによって初期費用と月額維持費の比率が変わります。

専用サーバーを構築するオンプレミス型は、自社でサーバーやシステム管理を行う必要があるため、費用は高くなりやすいですが、独自のセキュリティ要件や複雑な就業規則に柔軟に対応することが可能です。

クラウド型はインターネット経由でサービスを利用します。初期費用を抑えられ、法改正への対応や保守もベンダーに一任できるため、中堅・中小企業の主流となっています。

システムを利用する従業員数（月額費用）

勤怠管理システムのライセンス費用は、打刻や申請を行う人数に比例して決まるのが一般的です。100名から300名といった節目を超えると、単価が下がる割引が適用される製品もあります。

現在の人数だけでなく、数年先の採用計画も視野に入れて総額を計算することが、精度の高い予算計画につながるでしょう。

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勤怠管理システム導入時に見落としがちな費用

勤怠管理システムは、初期費用や月額費用のほかにも下記5つの費用がかかる場合があります。

オプション費用

どこまで自動化を求めるかによって、最終的な費用が変わり、出退勤の記録だけに絞れば基本料金を低く抑えられますが、便利な機能を追加すると利用単価が変動するでしょう。

製品によっては、有休管理機能の追加に1人あたり月額110円、シフト管理機能に月額50円の追加費用が発生するケースもあります。AIによる長時間労働の検知や給与計算ソフトとの連携など、自社の就業規則や雇用形態に必要な機能を見極めて予算を算出することも大切です。

打刻端末・周辺機器の購入費

スマホやパソコンを支給されていない現場スタッフが多い場合や、不正打刻を厳格に排除したい場合は、専用のハードウェアを用意する費用が必要です。

• PCやスマートフォンでの打刻：追加費用なし
• ICカードリーダー：1台あたり数千円
• 指紋や顔認証（生体認証）端末：1台あたり10万円以上
• 複数拠点を一括管理するレコーダー：5万円〜20万円

端末の種類によって金額は大きく異なります。拠点数が多いほど負担が重くなるため、事前に予算に組み込んでおきましょう。

既存システムとのAPI連携・開発費

現在稼働している給与計算ソフトや人事システムと、勤怠データをスムーズに直結させるための費用です。標準機能のCSV出力を使って手動でデータ移行を行う場合は費用を抑えられますが、リアルタイムでデータを同期させるAPI接続を利用するときは、初期の開発費用として10万円〜30万円かかります。

自社独自のカスタマイズや継続的な技術支援を依頼する場合には、別途月額の保守サポート費用が請求されるケースもあります。

導入初期の設定代行・サポート費用

自社の複雑な就業規則や多様なシフトパターンをシステムへ正確に反映させ、初期の立ち上げを確実に行うための費用です。「初期費用無料」を謳う製品であっても、導入時の要件定義や設定作業をベンダーの専門スタッフに委託する場合は、5万円〜20万円の設定代行費用が実費としてかかります。

設定ミスは翌月の給与計算の誤りにつながる事態に直結するため、社内のリソースや担当者のITスキルに不安がある場合は、確実な運用をスタートさせるための投資と捉えましょう。

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主要な勤怠管理システムの費用一覧

主要な勤怠管理システムの費用を一覧で比較しました。

※ミツモア調べ（2026年5月現在）
※搭載されている機能や人数に応じて月額単価が変わります

※1 従業員数10名以下の場合は初期費用・月額費用ともに無料で利用できるプランあり
※2 従業員数30名以下の場合は初期費用・月額費用ともに無料で利用できるプランあり

多くのクラウド型は初期費用がかからず、従業員1名につき月額100円から300円台で運用可能です。ただし、月額料金の計算では最低利用料金に注意しましょう。

たとえば、1人あたりの単価が安くても、最低利用料金が3,300円に設定されている場合、利用者が10名であっても毎月3,300円が発生します。各製品が提供する無料トライアルも活用し、実際の使い勝手を検証してから導入したい勤怠管理システムを選びましょう。

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勤怠管理システムはデジタル化・AI導入補助金2026が利用可能

勤怠管理システムの導入費用を劇的に抑える手段として「デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）」の活用が有効です。制度を利用することで通常枠において最大3分の2の補助が受けられます。

通常枠では勤怠管理システムをはじめとしたバックオフィスソフトが対象となり、業務プロセスの数に応じて補助額が変わるのがポイントです。

ソフトウェアのライセンス費用だけでなく、初期設定費やマニュアル作成費といった導入サポートの費用まで幅広く補助対象になります。

デジタル化・AI導入補助金2026の申請方法

申請手続きは、補助を受けたい企業と「IT導入支援事業者」が共同で進めます。事前の必須要件として、以下の2点を完了させておく必要があります。

1. オンライン申請に必要な「GビズIDプライム」の取得
2. セキュリティ対策への取り組みを宣言する「SECURITY ACTION」（一つ星または二つ星）の実施

これらが整った後、支援事業者から申請マイページへの招待を受け、基本情報を入力しましょう。続いて支援事業者がツールの情報や事業計画値をシステムへ入力し、最後に申請者がマイページ上で内容を確認・宣誓して事務局へ提出します。

IT導入支援事業者の選び方

自社に最適な事業者を選ぶには、システムの販売実績だけでなく、自社の就業規則への理解や補助金申請のサポート能力を見極めることが大切です。国の認定事業者の中から自社が導入したいシステムを扱う先を探し、申請手続きから採択後の実績報告まで一貫して並走してくれるパートナーを選びましょう。

クラウド製品の選定や適切な賃上げ計画の策定など、加点要件を満たすための具体的な提案を能動的に行ってくれる事業者を選べば、採択の可能性を最大限に高められます。

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