勤怠管理システムの費用相場はいくら？基本料金の仕組みも解説

勤怠管理システムの導入や乗り換えを検討するにあたって、「費用はいくらかかるのか」「乗り換えで予算を抑えられるか」気になりますよね。費用の目安は、勤怠管理システム選定時に真っ先に突き当たる課題のひとつです。

実際の金額は、人数や課金方式、提供形態によって大きく変動します。初期費用をはじめ、給与計算との連携や機能追加にともなう実費も確認しておきたいポイントです。

勤怠管理システムの費用相場について、変動要因を含めて解説します。

勤怠管理システムの費用相場はいくら？

勤怠管理システムの導入や乗り換えにかかる費用の目安は、提供形態や従業員数に比例します。主流のクラウド型の場合、従業員1名あたりの月額費用は110円〜330円が目安です。

初期費用0円の勤怠管理システムを導入したとき、人数と期間に応じた総額をまとめました。10名から300名規模における1ヶ月から12ヶ月分の比較は以下のとおりです。

※ミツモア調べ（2026年4月時点）

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勤怠管理システムにかかる基本料金の仕組み

勤怠管理システムの導入や乗り換え時にかかる費用は、主に導入形態や従業員数、追加機能の3要素で決まります。

導入形態（クラウド型とオンプレミス型／初期費用）

勤怠管理システムの費用は、クラウド型かオンプレミス型かによって初期費用と月額維持費の比率が変わります。

専用サーバーを構築するオンプレミス型は、自社でサーバーやシステム管理を行う必要があるため、費用は高くなりやすいですが、独自のセキュリティ要件や複雑な就業規則に柔軟に対応することが可能です。

クラウド型はインターネット経由でサービスを利用します。初期費用を抑えられ、法改正への対応や保守もベンダーに一任できるため、中堅・中小企業の主流となっています。

システムを利用する従業員数（月額費用）

勤怠管理システムのライセンス費用は、打刻や申請を行う人数に比例して決まるのが一般的です。100名から300名といった節目を超えると、単価が下がる割引が適用される製品もあります。

現在の人数だけでなく、数年先の採用計画も視野に入れて総額を計算することが、精度の高い予算計画につながるでしょう。

機能の追加（オプション費用）

自社の労務課題を解決するために、どこまで自動化を求めるかが、最終的な料金を左右します。出退勤の記録のみに絞れば、低い維持費での運用が可能です。

有給休暇の自動付与やAIによる長時間労働の検知、給与計算ソフトとの連携といった機能を加えることで単価が変動します。月額費用は上がりますが、月末の集計作業は激減するため、費用対効果を見極め、自社に必要な機能を選びましょう。

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勤怠管理システムの基本料金以外に発生する費用

勤怠管理システムは、初期費用や月額費用のほかにも下記5つの費用がかかる場合があります。

打刻端末・周辺機器の購入費

勤怠管理システムを運用する現場の実情に合わせて、専用の打刻端末や周辺機器を導入する費用が必要です。スマホやパソコンを持たない現場スタッフが多い場合や、不正打刻を厳格に防止したい場合に発生します。

ICカードリーダーは1台あたり数千円で済みますが、指紋や顔認証の生体認証端末は1台10万円以上、複数拠点を一括管理するレコーダーは5万円から20万円かかります。拠点数に比例して負担が重くなるため、ハードウェアの購入費用もあらかじめ予算に含めるようにしましょう。

既存システムとのAPI連携・開発費

現在使っている給与計算ソフトや会計システムと、勤怠データをスムーズに繋げるための費用です。標準機能のCSV出力で対応する場合、費用を抑えられるでしょう。

一方でリアルタイムで同期するAPI接続を利用するとき、初期の開発費用として10万円から30万円かかります。独自の運用にあわせたカスタマイズや、エンジニアによるデータ移行の支援を依頼する場合は別途、月額の保守サポート費用が必要です。

就業規則の変更に伴う社労士へのコンサルティング料

勤怠管理システムの導入は、時代遅れとなった就業規則を抜本的に見直す機会です。14日以上の連続勤務の禁止や勤務間インターバル制度といった最新の法規制にシステムを適合させる際、就業規則の改定が不可欠となるケースが少なくありません。

現行のルールと法令とのギャップを分析し、新しいシステム運用に合致した条項を作成するために社会保険労務士などの専門家へ依頼する場合、5万円から20万円程度のコンサルティング費用が発生します。

導入初期の設定代行・サポート費用

自社の複雑な就業規則や多様なシフトパターンを、システムに正確に反映させるための費用です。初期費用が無料の製品でも、専門スタッフに要件定義や設定を任せれば5万円から20万円ほどの実費がかかります。

設定ミスは給与計算の誤りに直結するため、社内のリソースや担当者のITスキルに不安がある場合は、確実な運用をスタートさせるための投資と捉えましょう。

従業員への教育・マニュアル作成工数

新しいシステムを現場に定着させるためには、説明会の開催や独自マニュアルの作成が欠かせません。ITの習熟度に差がある現場では、問い合わせ対応で管理部門の手が止まるリスクを伴います。

外部講師による研修やサポートを追加することで、数万円の投資で初期の混乱を抑え、社内展開をスムーズに進められるでしょう。

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主要な勤怠管理システムの費用一覧

主要な勤怠管理システムの費用を一覧で比較しました。

※ミツモア調べ（2026年4月現在）

※1 利用する機能数に応じて月額単価が変動
※2 従業員数30名以下の場合は初期費用・月額費用ともに完全無料で利用できるプランあり
※3 スタンダードプラン利用時、従業員数10名以下の場合は完全無料（11名以降から1人あたり110円が加算）

多くのクラウド型は初期費用がかからず、従業員1名につき月額100円から300円台で運用可能です。ただし、月額料金の計算では最低利用料金に注意しましょう。

たとえば、1人あたりの単価が安くても、最低利用料金が3,300円に設定されている場合、利用者が10名であっても毎月3,300円が発生します。各製品が提供する無料トライアルも活用し、実際の使い勝手を検証してから導入したい勤怠管理システムを選びましょう。

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デジタル化・AI導入補助金で勤怠管理システムを導入する選択肢

勤怠管理システムの導入費用を抑えたいとき、中小企業の生産性向上を支援する「デジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）」の活用も検討しましょう。ライセンス料やクラウド利用料に加え、初期設定やコンサルティング費用も補助の対象です。

「通常枠」を利用すれば、導入費用の1/2以内（最低賃金引き上げの要件を満たした場合は最大2/3以内）の補助を受けられます。国に認定された「IT導入支援事業者」のサポートを受けながら手続きを進めましょう。

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