請求書管理システム比較おすすめ37選

数ある請求書管理システムのなかでも、特に代表的な5つのサービスをピックアップしました。それぞれに得意なことや特徴があります。まずはこの比較表で、自社の状況に一番合いそうなのはどれか、大まかなあたりをつけてみましょう。

※料金は2025年10月時点の情報で、税抜価格です。プランや利用状況によって変動するため、詳細は公式サイトをご確認ください。

いかがでしょうか。「会計と連携できるのが良さそう」「うちは受け取る方が大変だからinvoxかな？」など、少しずつイメージが湧いてきたかもしれません。

多数の請求書管理システムの候補の中から各サービスを比較して「最高の選択」をするための、7つのチェックポイントをご紹介します。「導入したけど、こんなはずじゃなかった…」という失敗を避けるために、1つずつ確認していきましょう。

（1）インボイス制度・電子帳簿保存法に対応しているか

最も重要なチェックポイントの1つです。ほとんどのシステムが「法対応済み」と謳っていますが、その信頼性を客観的に確認しましょう。

■チェック項目

• インボイス制度（適格請求書）の発行・保存に対応しているか？
• 電子帳簿保存法の「電子取引」や「スキャナ保存」の要件を満たしているか？
• JIIMA認証（公益社団法人日本文書情報マネジメント協会による認証）を取得しているか？

JIIMA認証は、法要件を満たしていることを第三者が証明するお墨付きのようなものです。必須ではありませんが、あるとより安心です。

（2） 自社の業務フローに合った機能が揃っているか

「多機能なシステムを選んだけど、結局ほとんど使わなかった…」というのはよくある失敗です。自社の課題を解決するために、本当に必要な機能を見極めましょう。

■チェック項目

• 課題は請求書の「発行」ですか？ それとも「受領」ですか？
• 請求書だけでなく、見積書や納品書も作りたいですか？
• 上長の承認を得るための「承認ワークフロー」機能は必要ですか？
• チームの複数メンバーで使いたいですか？

（3）費用は予算内に収まるか

月額料金だけでなく、トータルでかかるコストを把握することが大切です。

■チェック項目

• 初期費用はかかりますか？
• 月額の基本料金で、何人のユーザーが使えますか？ 請求書は何枚まで発行できますか？
• 基本料金を超えた場合の従量課金（1通あたり〇円など）はいくらですか？
• 便利な機能が、実は追加料金のかかる「オプション」になっていませんか？

（4）誰でも直感的に使える操作性か

導入しても、使いこなせなければ意味がありません。特にITが苦手なメンバーでも使えるかどうかは重要です。

■チェック項目

• 無料トライアルやデモ画面で、実際に操作感を試しましたか？
• マニュアルを見なくても、どこに何があるか直感的に分かりますか？
• 画面のデザインはスッキリしていて見やすいですか？

（5）セキュリティ対策は万全か

請求書は、取引先の重要な情報が含まれる機密文書です。安心してデータを預けられるか、セキュリティ対策を確認しましょう。

■チェック項目

• データの暗号化はされていますか？
• 不正アクセスを防ぐ仕組みはありますか？
• ISMS（情報セキュリティマネジメントシステム）認証やプライバシーマークを取得していますか？

（6）自社内で利用している会計ソフトと連携できるか

もし会計ソフトを既にお使いなら、連携機能は業務効率を左右する重要なポイントです。そもそもどのような会計ソフトがあるのか知りたい方は、「おすすめ会計ソフト徹底比較」の記事が参考になります。

■チェック項目

• お使いの会計ソフトに対応していますか？
• 連携方法は、ボタン一つで自動連携される「API連携」ですか？ それとも手動でデータをやり取りする「CSV連携」ですか？

一般的に「API連携」の方が、より簡単でミスなく連携できます。

（7）サポート体制は充実しているか

導入後、分からないことやトラブルがあった時に、すぐに相談できる体制が整っているかを確認しましょう。

■チェック項目

• サポートの窓口は何ですか？（電話、メール、チャットなど）
• サポート窓口の対応時間は、自社の営業時間と合っていますか？
• 導入時の初期設定などを手伝ってくれる、専門の担当者はいますか？

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請求書管理システムの料金は、無料のものから大企業向けの本格的なものまで、非常に幅広いのが実情です。ここでは、自社の規模や目的に合わせた、大まかな費用相場をご紹介します。

初期費用と月額費用の内訳

システムの費用は、主に「初期費用」と「月額費用」の2つで構成されます。

初期費用は、導入時のアカウント設定やサポートにかかる費用で、相場は0円～10万円です。最近では「初期費用0円」を掲げるサービスも増えています。

月額費用は、無料製品もあれば10万円/月以上発生するシステムなど幅広いです。ユーザー数や機能に応じて料金が固定される定額型、請求書の発行枚数などに応じて追加料金が発生する従量課金型、両方を組み合わせたハイブリッド型があります。

企業規模別の費用シミュレーション

ここでは、企業の規模や目的別に、どれくらいの費用がかかるのかをシミュレーションしてみます。

■フリーランス・個人事業主の場合

コストをかけずに請求書作成を効率化したいこの規模では、月額無料から1,000円程度が相場です。「freee請求書」や「INVOY」のように無料プランが充実しているサービスが多く、まずは無料で試してみて、必要に応じて有料プランに移行するのが賢い選択です。

■中小企業（従業員～50名程度）の場合

請求業務全体を効率化し、会計ソフトとも連携させたい場合は、月額5,000円から30,000円程度が相場となります。「マネーフォワード クラウド請求書」や「invox受取請求書」、「楽楽明細」などがこの価格帯の代表的なサービスです。「発行」と「受領」のどちらに課題があるか、会計ソフトとの連携は必須か、などを明確にすると最適なサービスが見つかります。

■中堅～大手企業の場合

経理部全体の業務効率化と内部統制の強化を目指すなら、月額50,000円以上、多くは個別見積もりとなります。「Bill One」や「TOKIUM」、「奉行クラウド」などが候補です。この規模では機能だけでなく、既存の基幹システムとの連携や手厚い導入サポート体制が重要になるため、複数のサービスに問い合わせて自社に合った提案を受けるのが一般的です。

自社の状況とこれらの相場感を照らし合わせ、予算計画の参考にしてみてください。

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「どの製品が良いか、だいたい分かってきた。でも、もっと自社の課題に合ったものはないかな？」ここでは4つの具体的な目的別に、適したシステムを紹介します。

コストを抑えたい企業向け2選【無料・格安】

システム導入の最初のハードルは、やはりコスト。まずは無料で試したい、あるいは月々数千円で始めたいという企業にぴったりのサービスです。

• freee請求書
• INVOY

請求書の発行業務を自動化したい企業向け4選

毎月の請求書発行に多くの時間を費やしているなら、発行業務に特化した、あるいは発行機能が強力なサービスが助けになります。より詳しく知りたい方は「請求書発行システム比較おすすめ11選」の記事もあわせてご覧ください。

• 楽楽明細
• BtoBプラットフォーム 請求書
• Misoca
• MakeLeaps

受け取った請求書の処理を効率化したい企業向け4選

紙やPDFで届く大量の請求書のデータ入力と支払処理に追われている企業には、請求書の「受領」に特化したサービスが有効です。より詳しく知りたい方は、「請求書受領システム比較おすすめ11選」の記事もぜひ参考にしてください。

• invox受取請求書
• Bill One請求書受領
• TOKIUMインボイス
• バクラク請求書受取

経理・会計業務全体を管理したい企業向け4選

請求書の発行も受領も、どちらも効率化したい。会計や経費精算とも連携させて、バックオフィス業務全体を最適化したいと考える企業向けの選択肢です。

• マネーフォワード クラウド請求書
• freee会計
• 奉行クラウド
• TOKIUMインボイス & 経費精算

請求書管理システムとは、請求書の作成から送付、入金管理までの一連の業務を、PCやスマホ上で完結するシステムです。

これまでExcelや手作業で行っていた

• 請求書や見積書の作成・発行
• 印刷、封入、郵送
• 入金があったかのチェック（消込作業）
• 未入金の催促

といった面倒な作業を大幅に自動化・効率化してくれます。

請求書管理システムの4つのタイプ【自社に合うのはどれ？】

請求書管理システムは、その機能や得意分野によって、大きく4つのタイプに分けられます。自社の「どの業務を一番効率化したいか？」を考えながら、最適なタイプを見つけてみましょう。

（1）請求書発行特化型

請求書や見積書などの帳票を「発行する」業務に特化。作成、送付（メール・郵送代行）、ステータス管理などを効率化します。毎月の請求書発行の手間を減らしたい、取引先が多い企業におすすめです。

（2）請求書受領特化型

取引先から「受け取る」請求書の処理を自動化。紙やPDFの請求書をAI-OCRで読み取ってデータ化し、支払いや仕訳作業を楽にします。多くの取引先から請求書が届き、処理に追われている企業におすすめです。

（3）発行・受領一体型

「発行」と「受領」の両方の機能を備えています。請求業務全体を一つのシステムで完結させたい場合に最適です。請求書の発行も受領も、どちらも効率化してバックオフィス業務全体をスリムにしたい企業におすすめです。

（4）統合バックオフィス・支出管理スイート型

請求書管理だけでなく、経費精算や会計ソフト、販売管理など、他の業務システムと一体になっています。経理や販売管理など、会社全体の業務プロセスをデジタル化し、データを一元管理したい企業におすすめです。

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請求書管理システムの導入は、多くのプラスの効果をもたらしますが、一方で注意すべき点もあります。両方を事前にしっかり把握しておくことで、導入後のミスマッチを防ぎましょう。

請求書管理システムのメリット

（1）圧倒的な時間短縮と業務効率化

請求書の作成から送付、入金確認までが自動化されるため、これまで手作業にかけていた時間を劇的に削減できます。空いた時間で、より付加価値の高い業務に集中できるようになります。

（2）郵送代や人件費などのコスト削減

請求書を電子化すれば、紙代、封筒代、印刷代、郵送代といった直接的なコストが不要になります。サービスによっては郵送を代行してくれる「請求書郵送代行サービス」もあり、手作業にかけていた時間分の人件費も削減できるため、トータルで大きなコストメリットが期待できます。

（3）法改正への対応漏れリスクの解消

インボイス制度や電子帳簿保存法など、複雑な法改正に自動で対応してくれます。「うっかり対応を忘れていた…」といったヒューマンエラーを防ぎ、コンプライアンスを強化できるのは大きな安心材料です。

請求書だけでなく、契約書などの電子化も進めたい場合は、「電子契約システム」の導入もあわせて検討すると良いでしょう。

（4）業務の属人化を防ぎ、誰でも対応可能

請求データやステータスがクラウド上で一元管理されるため、「あの件は担当者しか分からない」という状況がなくなります。担当者の急な休みや異動があっても、誰でもスムーズに業務を引き継ぐことができます。

（5）正確なデータによる経営判断の迅速化

売上や入金状況がリアルタイムでデータ化されるため、会社のキャッシュフローを正確に把握しやすくなります。経営者は、このデータを基に、より迅速で的確な経営判断を下すことが可能になります。

請求書管理システムのデメリット

（1）導入コストや月額費用がかかる

当然ながら、システムの利用には費用が発生します。無料プランや無料トライアルがあるサービスで、その効果を試してみるのがおすすめです。中小企業を対象とした「IT導入補助金」を活用すれば、導入コストを大幅に抑えられる可能性があります。

（2）導入初期の手間と社内への定着

新しいシステムを導入する際には、初期設定やデータの移行、社内メンバーへの使い方のアナウンスなど、一時的に手間がかかります。

導入設定をサポートしてくれるサービス、特定部署や簡単な機能からスモールスタートすることで導入の負担を軽減できます。操作がシンプルで、マニュアル不要で使えるシステムを選ぶことも重要です。

ここまで、請求書管理システムの選び方から代表的な製品の比較、導入のステップまで詳しく解説してきました。あなたの中に、自社に合いそうなシステムの輪郭が、少しずつ見えてきたのではないでしょうか。

しかし、それでも「本当にこの選択で良いのだろうか」「一社一社に問い合わせて見積もりを取るのは、やっぱり大変そう…」と感じるのも、また正直なところだと思います。

そんなときは、ぜひ「ミツモア」をご利用ください。簡単な質問に答えるだけで、あなたの会社にぴったりの請求書管理システムが見つかります。

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