請求書管理システム比較おすすめ35選

「取引先ごとに届く請求書の形式がバラバラで、処理に時間がかかる」

「既存のシステムが使いにくく、税率の確認を目視と手作業で続けている」

「月末に請求書が集中し、経理の残業が常態化している」

こうした悩みや課題を解決できるのが請求書管理システムです。この記事では、請求書管理システムの導入を検討している方に向けて、メリットや選び方を分かりやすく解説します。

まずは請求書管理システムで人気の5製品を紹介します。製品選びや検討にお役立てください。

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請求書管理システムは、請求書に関わる業務を効率化するシステムです。製品は大きく発行業務向けと受領業務向けに分かれ、自社の課題に応じて選ぶ必要があります。

近年はAI-OCR機能を搭載した製品が増え、届いた請求書を自動でデータ化できるようになりました。紙の請求書でも、スキャンするだけで取引先名や金額、振込先を読み取り、手入力の手間を大幅に削減できます。

また、代行サービスと連携する製品も登場しています。発行側では郵送代行によって印刷から発送までを任せられます。受領側では請求書の受取代行を利用することで、届いた請求書の開封からスキャン、システムへの取り込みまでを外部に委託できるサービスもあります。

請求書管理システムを必要としている業界とは？

ミツモアにおいて請求書管理システムへの問い合わせが実際に多かった業界（2025年10～12月）を紹介します。

• 建設・工事：30.1％
• サービス：14.9％
• 小売・卸売：12.9％
• 製造：9.1％
• 飲食：5.2％

建設・工事業が突出して多く、全体の約3割を占めています。建設業は下請けや資材業者など取引先が多く、1つの現場でも複数の請求書が発生します。工期によって請求タイミングが異なることも多く、発行と受領の両面で管理が煩雑になりがちです。

サービス業や小売・卸売業も上位に入っています。これらの業界は取引先の数が多く、月末に請求書が集中しやすい傾向があります。請求書管理システムは、取引先が多く請求業務が煩雑になりやすい業界で特に導入効果が高いといえます。

自動化したい業務範囲を明確にする

予め現在自社が抱えている課題や、請求書の送受信・処理、OCRによる取込、入金管理・催促など自動化したい業務範囲を明確にしておくと自社が求める機能を把握し、適したシステムを選びやすくなります。

たとえば受領した請求書の処理や保管が手間になっている場合はOCRによる自動読み取りで、電子データ化がおこなえる製品がよいでしょう。状況に合わせて見積書を基にした帳票の自動作成や、顧客情報の反映、催促や入金漏れのアラート配信、会計ソフトとの連携による自動仕訳などの機能を利用できます。負担が大きい業務や人的ミスが発生しやすい業務の自動化を検討しましょう。

自社の業務形態に適した製品を見つける

たとえば毎月の受発注をおこなう販売管理業者は、請求書を自動的に定期発行できると、担当者は作成された書類の内容を確認するだけで済みます。請求書の確認に関わる人数が多い大企業の場合、ワークフロー機能を活用すれば確認漏れを防げるでしょう。

また人材派遣業界では「稼働配分報告書」作成ができると便利です。運送業の場合「積込日」「運賃」「輸送区間」といった項目に対応する必要があります。「思っていた機能がなかった」と後から困らないために、既存の請求書発行の流れに対応できるか確認しましょう。

郵送代行は必要か

郵送代行サービスを依頼できるかを確認しましょう。紙の請求書を求める取引先の有無によって個別で自社発送するか、郵送代行を依頼するのか決めておきましょう。

また郵送代行を依頼するときは追加で費用がかかり、単価は1通あたり160円～210円が相場となっています。1通あたりでみると数十円の違いですが、大量に郵送する必要がある企業は費用がかさむため注意しましょう。ただし請求書を郵送するための人件費と比較すると割安感があり、スポットで頼めるため融通が利いて便利です。

関連記事：請求書郵送代行サービスとは？利用メリットやおすすめサービス4選｜ミツモア

請求書管理システムの代表的な製品を、機能と料金で比較しました。発行と受領のどちらに対応しているか、自社に必要な機能があるかを確認してみてください。（比較表は右にスクロールできます）

※ 料金は2026年1月時点の税抜価格です。プランや利用状況によって変動するため、詳細は公式サイトをご確認ください。

※「ー」はホームページに記載なし

※ミツモア調べ（2026年1月時点）

届く請求書の形式がバラバラでも一元管理できる

取引先によって届く請求書の形式は様々です。紙で届くもの、PDFがメールで届くもの、Webシステムからダウンロードするものなど、形式ごとに処理方法が異なると手間がかかります。

請求書管理システムを使えば、どの形式で届いても同じ画面で処理できます。届いた請求書をスキャンまたはアップロードするだけで、システムが自動でデータ化し、一覧で管理できるようになります。

適格請求書発行事業者登録番号や税率の確認を自動化できる

インボイス制度への対応で、届いた請求書に記載された登録番号が有効かどうかを確認する作業が発生しています。税率ごとの金額内訳も確認が必要です。目視と手作業で行うと、見落としや確認漏れのリスクがあります。

請求書管理システムを使えば、登録番号を国税庁のデータベースと自動照合できます。税率ごとの金額も自動で読み取るため、確認作業の負担が大幅に減ります。

月末の業務集中を分散できる

請求書の処理は月末に集中しがちです。届いた請求書を1件ずつ確認し、入力し、承認を回し、支払処理を行う。作業が毎月繰り返されると、経理担当者の残業が常態化します。

請求書管理システムを導入すれば、届いた時点で自動的にデータ化が始まります。承認もオンラインで随時進められるため、月末に作業が集中する状況を緩和できます。

取引先マスタの整備に手間がかかる

請求書管理システムを導入する際、最も手間がかかるのが取引先マスタの整備です。届いた請求書を自動でデータ化し、仕訳や支払処理に連携するためには、取引先ごとの情報をあらかじめシステムに登録しておく必要があります。

登録が必要な情報には以下のようなものがあります。

• 取引先名（正式名称、略称、表記ゆれを含む）
• 適格請求書発行事業者登録番号
• 振込先口座情報
• 支払条件（締め日、支払日）
• 仕訳に使う勘定科目

届く請求書に記載された取引先名と、マスタに登録した名称が一致しないと、システムが自動で紐付けできず手作業が発生します。「株式会社」と「（株）」の違いや、旧社名での請求書が届くケースにも対応が必要です。

導入を決めたら、まず取引先リストを整理することから始めてください。既存の会計システムや支払データから取引先情報を抽出し、表記ゆれを統一しておくと、マスタ登録がスムーズに進みます。

請求書の発行に関する機能

■請求書発行

システム上で請求書を作成する機能です。作成方法はテンプレート型、カスタマイズ型の2種類があります。テンプレート型は請求書のテンプレートが用意されており、必要事項を入力するだけで使用可能です。デザインバリエーションが豊富な製品もあります。カスタマイズ型はもともと使っていた帳票の形式にあわせて、オリジナルの項目で作成できます。

■見積書から請求書の自動生成

見積書を基に請求書をはじめとした注文書、検収書、納品書、支払明細といった帳票を自動で生成できる機能です。ワンクリックで帳票の作成が完了します。

■自動入金催促

入金漏れがあった取引先、または取引先の社内担当者に対し通知する機能です。

■ワークフロー

作成した書類の確認や承認をワークフロー化する機能です。記入ミスや未承認、承認漏れなどのミスを無くします。

請求書の送付に関する機能

■毎月の自動送信

請求書を発行後、手動での作業要らずで取引先に請求書を送信できる機能です。毎月定額の請求が発生するタイプのサービス（ソフトウェアなど）を提供している企業では手間を激減させることが可能です。もちろん請求書をダウンロードしたうえでメールに添付して送信をしたい場合や、印刷して郵送やFAXで送信したい場合にも対応しています。

■郵送代行

システム導入後も取引先が紙の請求書を求める場合に利用できる郵送代行サービスを提供している製品もあります。請求書の印刷、封入、郵送まで依頼できます。

請求書の受領に関する機能

■電子化代行

請求書の受領・電子化を自社でおこなうのではなく、外部に代行して欲しいときに必要な機能です。スキャンのOCR処置と人の目による2段階のチェックにより、限りなく100%に近い形でデータを移管できます。

■原本の保存

電子化した請求書の原本の整理・管理・保管を代行してくれるサービスを提供している製品もあります。

■請求書のダウンロード

請求書の電子データを紙などで印刷して利用する必要がある場合に必要な機能です。

■自動仕訳

請求書のデータを自動的に仕訳する機能です。仕訳作業の手間を削減したい場合におすすめです。

請求書の受領に関する機能

■請求書の保管・検索

過去に発行した請求書をシステム上に格納しておく機能です。保管した請求書は日付、企業名、案件名、金額などで検索できます。

■顧客アドレス管理

顧客情報をあらかじめ登録できる機能です。毎月の請求書発行の宛名管理が容易になります。

■ステータス管理

請求書発行から代金回収までの間のステータスを確認できる機能です。請求書のダウンロードや閲覧状況、先方への送付状況、入金状況を把握できます。

外部システムとのAPI連携

会計ソフトと連携すれば請求書で入力した科目と振込費用を自動仕訳できます。クレジットカード入金や口座振替、銀行振込を利用した集金、さらに入金消込といった業務も一括管理できることがポイントです。またCRM(顧客管理システム)、労務管理システム、SFA(営業支援システム)といった外部サービスと連携できる製品もあります。

ここまで、請求書管理システムの選び方から代表的な製品の比較、導入のステップまで詳しく解説してきました。あなたの中に、自社に合いそうなシステムの輪郭が、少しずつ見えてきたのではないでしょうか。

しかし、それでも「本当にこの選択で良いのだろうか」「一社一社に問い合わせて見積もりを取るのは、やっぱり大変そう…」と感じるのも、また正直なところだと思います。

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