「二重打刻が面倒」「手書きタイムシートの回収が大変」「派遣先の承認遅れで給与計算が進まない」と悩む声は少なくありません。派遣社員の勤怠管理は、派遣元と派遣先企業だけでなく、現場で働くスタッフ自身にとっても重い負担です。
最終更新日: 2026年08月19日
派遣社員に対応した勤怠管理システムへ切り替えれば、スマホからの直感的な打刻や欠勤申請、派遣先での承認、給与・請求データとの自動連携が円滑になります。二重管理や提出遅れを防ぎ、計算ミスの根絶から管理台帳の自動生成まで手間なく完結できるでしょう。
スタッフが迷わず使えて、派遣元と派遣先企業双方の作業効率も高める勤怠管理システムについて、管理すべき勤怠項目や選び方とあわせて紹介します。
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派遣元と派遣先企業で管理すべき勤怠項目
派遣社員の勤怠や労務管理では、雇用主である派遣元と現場で指揮命令を行う派遣先とで、管理項目や役割が分かれます。派遣元は給与支給や労災補償といった雇用主の責務を負う一方、派遣先は現場での稼働管理や安全配慮義務を担うためです。
労働基準法や派遣法を守り、適切な管理を行うために押さえておきたい項目を一覧でまとめました。
| 管理項目 | 派遣元の管理と役割 | 派遣先の管理と役割 |
|---|---|---|
| 出退勤や実労働の時間 | ・労働基準法にもとづく1分単位での給与計算 ・派遣契約に沿った請求データの作成 |
・日々の出退勤や休憩時間を一次承認 ・契約通りの稼働状況かどうかの確認 |
| 時間外労働 | ・他の就業先も含めた労働時間の通算管理 ・36協定上限超過の監視・是正 |
・現場での残業や休日出勤の指示と確認 ・過重労働を防ぐ業務調整 |
| 有休や欠勤、遅退の就業状況 | ・有給休暇の付与や取得の管理 ・欠勤や遅刻、早退の給与控除 |
・突発的な欠勤や遅刻、早退の把握とシフト調整 ・現場での代替要員確保 |
| 賃金の支払い | ・賃金の直接全額支払義務 ・給与明細の発行 ・各種手当や社会保険料、税金の控除 |
・派遣料金の支払い ・勤怠データの確定による請求金額の照合と承認 |
| 災害補償 | ・労災保険の加入と手続き ・労働災害発生時の補償 |
・現場での安全配慮義務と安全衛生管理 ・事故発生時の応急手当と派遣元への即時報告 |
| 法的帳簿 | ・派遣元管理台帳の作成と5年間の保存 ・派遣先から届く定期通知データの反映 |
・派遣先管理台帳の作成と保存、派遣元への通知 ・就業条件の記載と管理 |
勤怠実績から賃金支払い、災害補償に至るまで、管理目的や責任の所在は明確に区別されます。データの不備や確認漏れが生じると、給与支給や労災申請の遅れに直結する点に注意が必要です。
派遣元と派遣先が共通のシステムで正確なデータを共有し、各項目の役割を果たす姿勢が欠かせません。業務効率化と適切な労務管理を同時に実現できます。
派遣社員に優しい勤怠管理システムの選び方
派遣社員に優しい勤怠管理システムを選ぶ際は、自社社員の管理とは異なる配慮が求められます。派遣元と派遣先の間で打刻方法や集計ルールが食い違うと、現場の混乱や計算ミスにつながるためです。
スタッフや現場管理者が扱いやすく、派遣特有の労務管理をカバーできるシステムを選ぶポイントを解説します。
スマホで直感的に打刻でき、派遣先ごとのデータ連携に対応できるか
派遣社員が日々ストレスなく使えるよう、スマホアプリやWeb、LINEなどから数タップで打刻できる操作性が欠かせません。派遣先で指定のシステムがある場合、そのデータを取り込めるCSVインポートやAPI連携機能の有無も重要です。
既存の打刻データをそのまま活用できれば、派遣社員に二重打刻の手間をかけさせずに済みます。
承認や欠勤および有休の申請フローをオンラインで一本化できるか
体調不良による欠勤連絡や有休申請がシステム内で完結し、派遣先と派遣元の双方へ一括共有できる機能があると便利です。二重連絡の手間が省け、伝達漏れを防げます。
派遣先の指揮命令者がスマホから隙間時間にワンタップ承認できる仕組みがあれば、承認放置による締め日直前の焦りや給与振込への不安も解消されます。
給与や請求データおよび派遣元と派遣先管理台帳へ自動連携できるか
確定した勤怠データが、自社の給与計算ソフトや請求システムへ加工なしで連携できるか確認しましょう。データ出力フォーマットを柔軟に変更できる製品であれば、転記ミスを根絶できます。
日々の勤怠実績から派遣元管理台帳と派遣先管理台帳が自動生成される機能も、双方の帳簿作成の手間を省くうえで欠かせない要素です。
稼働人数に応じた柔軟な料金体系や法令改正への対応力があるか
登録スタッフ数の変動が激しい派遣業界では、課金体系の確認が必要です。稼働していない登録者も含めた全ID課金ではなく、実際に稼働した人数のみ請求されるアクティブユーザー課金のシステムを選びましょう。
毎月の維持費を適切に抑えられます。派遣法や労働法規の改正にあわせ、追加費用なしで自動アップデートされる体制か見極めることが大切です。
派遣社員に優しい勤怠管理システム比較表
派遣社員に優しい勤怠管理システムを選定する際は、費用面だけでなく、現場で運用しやすい打刻方法や、管理台帳の自動作成・データ連携（CSV/API）に対応しているかを確認することが大切です。
派遣会社および派遣先企業の双方で使いやすい代表的な12製品の主要スペックを一覧表で比較します。
| 製品名 | 初期費用（税込） | 月額最低料金（税込） | 打刻方法 | シフト作成機能 | CSVインポート | API連携 | 管理台帳の自動連携 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| e-staffing | 要問い合わせ | 要問い合わせ | Web、スマホ、ICカード 他 | ○ | ○ | ○ | ○ |
| メッキー派遣管理 | 55,000円（※1） | 19,800円～（※1） | Web、スマホ、タイムシート | ○ | ○ | ○（オプション） | ○ |
| CROSSNAVI | 要問い合わせ | 要問い合わせ | Web、スマホ、LINE、ICカード | ○ | ○ | ○ | ○ |
| クラウドスタッフィング | 要問い合わせ | 要問い合わせ | Web、スマホ、ICカード | ○ | ○ | ○ | ○ |
| HRstation | 0円 | 880円/名（※2） | Web、スマホ、タイムシート | ○ | ○ | ○ | ○ |
| e-naviタイムシート派遣 | 0円 | 13,750円～/50名～ | Web、スマホ、紙OCR | ○ | ○ | ○（要問合せ） | ○ |
| DigiSheet | 要問い合わせ | 429円/名 | Web、スマホ、ICカード、指紋認証 | ○ | ○ | ○ | ○ |
| staff-one | 330,000円 | 33,000円～（100名まで）（※3） | Web、スマホ、タイムシート | ○ | ○ | ○（要問合せ） | ○ |
| Plus Navi | 要問い合わせ | 11,000円～ | Web、スマホ | ○ | ○ | ○ | ○ |
| スタッフナビゲーター | 要問い合わせ | 16,500円～ | 外部取込、Web（PlusNavi連動） | ○ | ○ | ○ | ○ |
| STAFF EXPRESS | 要問い合わせ | 33,300円～ | Web、スマホ、LINE、ICカード | ○ | ○ | ○ | ○ |
| jobs | 0円 | 33,000円 | Web、スマホ、LINE | ○ | ○ | ○ | ○ |
※ミツモア調べ（2026年8月現在）
※「―」：公式Webサイトに記載なし
※1：プランによって費用が変わります
※2：派遣先企業は無料
※3：別途11,000円のサーバー保守費用も発生
派遣社員に優しい勤怠管理システムおすすめ12選
派遣会社に優しいおすすめの勤怠管理システムは、下記のとおりです。
e-staffing（株式会社イー・スタッフィング）
e-staffingは、人材派遣大手3社が共同で立ち上げた勤怠管理システムです。派遣スタッフのスマホ打刻データに対し、派遣先の責任者がオンライン上で即座に承認を行える仕組みにより、リアルタイムで正確な労働時間を把握できます。
各種給与計算ソフトや請求システムとのCSV・API連携にも対応しており、手入力による転記ミスや請求金額の不一致を未然に防止可能です。業界標準のセキュリティ環境と高い安定性を求める大手・中堅の派遣元企業や、複数の派遣元を一括管理したい派遣先企業におすすめします。
メッキー派遣管理（株式会社アドソフト）
メッキー派遣管理は、案件情報やスタッフ情報、給与や契約情報、勤怠情報などを一元管理できる人材派遣に特化したクラウド型の勤怠管理システムです。スマホ打刻やシフト管理を通じて収集された日々の勤怠実績は、給与や請求処理へスムーズに接続され、月末の集計ミスや手入力の負担を防止します。
勤怠データのCSV一括取り込みや柔軟な自動計算機能を備えており、派遣先ごとに異なる複雑な集計ルールにもスムーズに対応できます。導入・運用コストを抑えつつバックオフィスのデジタル化をスピーディーに推進したい派遣元や、シンプルに勤怠確認を行いたい派遣先企業におすすめです。
CROSS NAVI（株式会社キャムテック）
CROSS NAVIは、1日単位や30日以内の短期派遣の雇用を支援する勤怠管理システムです。スマホアプリやLINEからの多角的な打刻に対応し、36協定の上限アラートや各種管理台帳の自動作成機能を標準搭載しています。
コンプライアンスを強化しながら月末の回収・確認工数を削減できるのがメリットです。法令順守とバックオフィス業務の自動化を同時に推し進めたい派遣元企業や、現場での承認をスマホで手軽に完結させたい派遣先企業に最適です。
クラウドスタッフィング（株式会社クラウドスタッフィング）
クラウドスタッフィングは、派遣先企業と派遣元企業両方で勤怠情報をリアルタイムで共有できるクラウド型勤怠管理システムです。データ通信の暗号化や不正アクセスを防止する高度なセキュリティ対策を複数備え、機密性の高い情報を安全な環境で保持します。
派遣先からのWeb承認機能を備え、外部勤怠システムのデータインポートやAPI連携にも柔軟に対応できるのがメリットです。紙のタイムシート管理による回収遅延や、転記ミスに伴う請求手戻りを根本から解決します。
リアルタイムでスタッフの稼働状況を把握し、ペーパーレス化と締め作業のスピードアップを同時に実現したい派遣元および派遣先企業に適しています。
HRstation（アルティウスリンク株式会社）
HRstationは、KDDIグループが提供する勤怠管理システムです。派遣先企業は無料で利用できるためシステム連携のハードルが極めて低く、HTTPS接続の暗号化や定期的な脆弱性診断が施されたセキュアな環境でスタッフ情報を一元管理できます。
派遣法に完全準拠した「派遣先管理台帳」の自動生成や定期通知機能が充実しているのがメリットです。派遣先は画面上で承認するだけで法的対応が完了し、派遣元も確定した勤怠データを即座に回収・連動できます。
法令遵守や台帳作成の手間を大幅に軽減し、労働局の監査対応を含めた労務管理体制を強固に構築したい派遣元・派遣先企業にベストマッチします。
e-naviタイムシート派遣（株式会社イー･クリエーション）
e-naviタイムシート派遣は、初期費用0円で導入できるクラウド勤怠管理システムです。料金体系は、派遣元でスタッフ1人あたり月額250円の従量課金制を採用しています。
派遣社員がスマホから打刻した出退勤データを、派遣先の責任者がオンライン上で即座に承認することが可能です。一元化された勤怠データは自動で集計され、自社の給与計算や請求業務へとシームレスに反映されるため、月末に集中するタイムシートの回収や手入力の負担を削減します。
派遣先ごとに異なる締め日や複雑な集計ルールに悩み、現場管理者の負担を減らしたい派遣元・派遣先企業や、既存給与ソフトへスムーズにデータ連携したい企業に最適です。
DigiSheet（株式会社ヒューアップテクノロジー）
DigiSheetは、人材派遣業に特化したクラウド型の勤怠管理システムです。導入作業の段階から稼働後に至るまで専任のスタッフが対応する手厚いサポート体制が強みで、年に一度の直接訪問によるフォローアップや丁寧なレクチャーを通じて、システムの確実な定着を後押しします。
派遣社員による打刻や各種申請ワークフロー、シフト管理といった日々の勤怠データをクラウド上で一元処理し、派遣先企業がオンラインでスムーズに承認できる環境を構築します。派遣先にシステムの協力をスムーズに仰ぎたい派遣元企業や、承認作業を数分で終わらせて業務効率化を図りたい派遣先企業に最もおすすめです。
staff-one（株式会社ジェイテック）
staff-oneは、特定非営利活動法人「日本一般労働者派遣協会」の推奨を受けており、直感的な使いやすさに定評があるクラウド型のシステムです。マニュアルを熟読しなくても直感的に操作できる洗練された画面設計を採用しており、1か月間は試用版として無料で利用できます。
個別の派遣契約に合わせた自動時間計算と請求書作成機能を搭載しており、スマホからリアルタイムに出勤や残業状況を把握できるため、急な欠勤や過重労働への素早いフォローが可能です。機能を必要な範囲に絞り込んで導入コストを抑えつつ、勤怠・請求処理の手間を最小限に減らしたい派遣元企業や、シンプルな管理を望む派遣先企業に向いています。
PlusNavi（ユニテックシステム株式会社）
PlusNaviは、ユニテックシステム株式会社が提供するクラウド型の勤怠管理システムです。同社の人材マッチングシステムである「キャスティングナビ」と連携させることで、スタッフの手配から日々の勤怠管理までを支援します。
派遣社員のスマホからリアルタイムで勤怠実績を回収し、派遣先のWeb承認フローを構築することが可能です。スタッフの打刻漏れや連絡の手間を削減し、モバイルを活用して回収から承認までをスムーズに完結させたい派遣元や派遣先企業におすすめします。
スタッフナビゲーター（ユニテックシステム株式会社）
スタッフナビゲーターは、派遣社員の登録から給与支払いまでの全業務フローを一貫して管理できるクラウド型のシステムです。スマートフォン打刻やオンラインでの申請ワークフロー、シフト管理機能により正確な出退勤データを収集し、給与計算や請求管理へとスムーズに連携させます。
e-staffingやDigiSheet、PlusNaviなど多様な外部勤怠データの一括CSVインポートに対応しているのがポイントです。給与の1分単位計算と請求の丸め処理を正確に自動切り分けし、計算ミスを防ぎます。
外部のWeb勤怠サービスと連携して給与・請求計算を一括処理し、管理業務を強固に標準化したい派遣元や派遣先企業に最適です。
STAFF EXPRESS（株式会社エスアイ・システム）
STAFF EXPRESSは、人材派遣、紹介、請負ビジネスにおける全業務フローをワンストップで処理する、オールインワンの人材派遣特化型システムです。GPS連携による正確な出退勤打刻によって不正を根本から防止し、オンラインの申請ワークフローを通じて残業やシフトの管理をリアルタイムで行えます。
Web・LINE・ICカードなど多様な打刻に対応し、給与・請求・派遣元管理台帳の自動出力までを一貫してカバーすることが可能です。各種Web勤怠サービスとの高度なデータ連動により、手作業を自動化します。
勤怠回収から財務・法的帳簿管理まで高度に自動化し、事業規模の拡大に耐えうる堅牢な基盤を構築したい派遣元・派遣先企業に最適です。
jobs（株式会社テクノロジーズ）
jobsは、中小規模の人材派遣会社に最適化されたクラウド型の人材派遣管理システムです。初期費用や保守費用が一切かからず、月額3万3,000円という固定料金のみで全機能を利用できます。
スマホでの勤怠・シフト回収や派遣先でのWeb承認、給与・請求データの作成を一元管理できるのがメリットです。定額制のため、LINE連携による連絡・回収率向上も実現できます。
登録スタッフ数の増加に伴う費用の膨らみを防ぎ、定額でスピーディーにデジタル化を進めたい派遣元・派遣先企業に最適です。
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派遣社員に優しい勤怠管理システムの注意点
派遣社員の勤怠管理システムを導入・運用する際、派遣元だけでなく、派遣先に就業するスタッフに配慮したうえで下記のポイントに注意が必要です。
派遣先での二重打刻やシステムの二重管理で負担がかかる
派遣先によっては自社のICカードや指定システムでの打刻を義務付けている場合があります。このような現場で派遣元のシステム打刻も強制すると二重打刻となり、スタッフや派遣先管理者の大きな負担です。
既存データのCSVインポートやAPI連携で解決できるか確認し、派遣先ごとの状況にあわせた無理のない運用手順を取り決めておく対策が必要となります。
給与計算の1分単位と請求の丸め処理を切り分ける設定が必要
労働基準法に基づき給与は原則1分単位で計算して支払う必要がありますが、派遣契約上の請求金額は15分単位で切り捨てや切り上げを行うケースが一般的です。システム上で給与用と請求用の集計ルールを明確に切り分けて管理できるか事前に確認しましょう。
設定や仕様に不備があると、未払い賃金の発生や派遣先への過誤請求といったトラブルに直結します。
登録スタッフ数の変動に伴う月額費用や維持費が膨らむ
派遣業界は登録スタッフ数と実際の稼働人数の差が大きくなりやすいのが特徴です。アカウント登録数である全ID数に応じて課金されるシステムを選ぶと、稼働していないスタッフの分まで毎月余分な費用が発生します。
課金体系が月間のアクティブユーザー数になっているか、稼働していないアカウントを整理できる仕様かを事前に確認しましょう。
本運用の前に派遣先とスタッフへの周知を行う
派遣社員向け勤怠管理システムの変更で注意が必要な点のひとつが、派遣先の承認者や派遣スタッフの操作です。「使い方が分からない」という不満からWeb承認が滞り、給与計算に影響が出る恐れがあります。
本運用を始める前に、派遣先向けの簡単な操作案内を用意し、周知を徹底しましょう。一部の派遣現場でテスト運用を行い、操作感やデータ連携に問題がないか検証すると安全です。
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