ミツモア

フレックス制度対応勤怠管理システム7選!運用のコツと注意点

ぴったりの勤怠管理システムをさがす
最終更新日: 2025年09月16日

フレックスタイム制度は勤怠管理が複雑なので、勤怠管理システムの導入がマストです。システムを活用することで、タイムカードやエクセル管理では難しい、清算期間をまたいだ労働状態の把握も簡単に行えます。

フレックスタイム制度に対応できる勤怠システム7製品だけでなく、制度導入時の手順や注意点まで包括的に解説します。

フレックスタイム制度とは

フレックスタイム制度は、「清算期間」という一定の期間について定められた総労働時間の範囲内で、労働者が日々の始業・終業時刻を自由に決められる制度です。

労働者は清算期間内の総労働時間を満たせば、日々の労働時間を柔軟に調整できるため、通勤ラッシュの回避や、育児・介護などプライベートな事情との両立がしやすくなります。

フレックスタイム制度を導入することで、ワークライフバランスと自律的な働き方による生産性の向上が期待されます。

コアタイムとフレキシブルタイムの違い

フレックスタイム制度では、「コアタイム」と「フレキシブルタイム」が設定されます。

コアタイムはフレックスタイム制度において必ず勤務しなければならない時間帯です。たとえば10時から15時のように設定され、この時間は全従業員が労働をしているため、会議や共同作業がしやすくなります。

フレキシブルタイムはその時間帯内であればいつ労働してもよい自由な時間帯を指します。7時から10時まで、15時から20時までなど、コアタイムの前後に設定されます。

スーパーフレックスタイム制度との違い

フレックスタイム制度では、コアタイムとフレキシブルタイムが設定されるため、必ず勤務すべき時間帯があります。

スーパーフレックスタイム制度では、コアタイムを設けないためより柔軟性が高い働き方ができる制度です。労働者はフレキシブルタイムの間で、日々の始業・終業時刻を完全に自由に決定できます。

月間の総労働時間を満たせば、1日の勤務時間も自由に調整可能です。

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

フレックスタイム制度を導入するメリット・デメリット

フレックスタイムを導入すると、以下のメリットがあります。

企業側のメリット

  • 従業員個々人の事情に配慮できるようになり離職率が下がる
  • 残業代や人件費の抑制ができる

従業員側のメリット

  • ワークライフバランスが向上し自分らしく働ける
  • 自分が集中しやすい時間で働けるため生産性が上がる
  • 通勤のストレスを軽減できる

フレックスタイム制度にはメリットだけでなくデメリットもあります。デメリットもチェックして、フレックスタイム制度を導入するか決定しましょう。

企業側のデメリット

  • 勤怠管理が煩雑化する
  • 急な顧客対応が難しくなる可能性がある
  • 光熱費等運用コストの増加

従業員側のデメリット

  • 自己管理能力が求められる
  • 従業員間のコミュニケーションが取りづらくなる

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

フレックスタイム制度対応の勤怠管理システムおすすめ7選

フレックスタイム制度に対応した勤怠管理システムの中から、おすすめの7製品を紹介します。

製品名 初期費用 月額費用 無料トライアル 特徴
マネーフォワード クラウド勤怠 0円 2,480円~ 30日間 クラウド運用により柔軟な勤怠管理が可能
ジンジャー勤怠 要問合せ 300円~/人 30日間 シリーズ製品で人事関連業務を一括して効率化
KING OF TIME 0円 300円~/人 30日間 連携可能なシステムが多く業務効率化可能
ジョブカン勤怠管理 0円 200円~/人 30日間 シリーズ内他製品との連携で勤怠管理を効率化
HRMOS勤怠 0円 110円~/人 30日間 法令違反リスクを最小限にする機能が豊富
freee勤怠管理Plus 0円 300円/人 30日間 フレックスタイム制度運用に必要な機能を網羅
One人事[勤怠] 要問合せ 要問合せ 30日間 給与計算と一体化できる勤怠管理システム
冒頭CTAバナー_サービス_pc

勤怠管理システム選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。欲しい機能などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりの製品を最短1分で自動診断。理想の勤怠管理システムが見つかります。

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

「マネーフォワード クラウド勤怠」クラウド運用により柔軟な勤怠管理が可能

出典:「マネーフォワードクラウド勤怠」公式Webサイト
  • クラウド運用で在宅・外出先からも柔軟に勤怠管理可能
  • 業務情報をオンラインで一元化しデジタル化でミス防止
  • ほかのマネーフォワードのシステムと連携可能

マネーフォワード クラウド勤怠は、フレックスタイム制度をはじめとした柔軟な働き方に対応できる勤怠管理システムです。働き方改革法案に沿った設計になっており、各種アラート機能も搭載されています。

フレックスタイム制度の清算期間は1ヶ月~3ヶ月から選べます。繁閑の業務量の差が大きい業界におすすめです。

マネーフォワード クラウド給与を使用していれば、確定した勤怠データを1クリックで連携し給与計算ができます。マネーフォワード クラウド給与やマネーフォワード クラウド人事管理など、マネーフォワードシリーズで管理をすればデータ連携が容易にできるため人事労務に関する手間を小さくできます。

初期費用 0円
月額費用 2,480円~
無料トライアル 30日間
機能
  • スマホで打刻・申請が可能
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • 変形労働時間制への対応
  • 36協定対応のアラート機能
  • チャット/メールサポートあり
  • 有給休暇の自動付与機能
  • 打刻時間のまるめ設定
おすすめの企業
  • オフィス勤務だけでなくリモートワークも推奨したい企業
  • 他のマネーフォワード製品を利用している企業
関連記事:マネーフォワード クラウド勤怠の特徴・評判・料金・機能|ミツモア

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

「ジンジャー勤怠」シリーズ製品で人事関連業務を一括して効率化

出典:「ジンジャー勤怠」公式Webサイト
  • 他のジンジャー製品と連携し人事労務業務全体を効率化
  • シンプルで操作性が高いUIで誰でも使いやすい
  • 全通信の暗号化により不正アクセスの恐れが低い

ジンジャー勤怠は、フレックスタイム制度をはじめ、裁量労働制や変形労働時間制など様々な働き方に対応可能な勤怠管理システムです。

PCだけでなく、スマートフォンやタブレット、ICカードでの打刻にも対応しているため、働き方や職場の環境など自社の状況にあわせた方法での打刻ができます。またスマートフォンでの打刻は、GPS機能を使って不正打刻を防止できます。

高いセキュリティ対策が施されているのも特徴です。TLSに対応した全通信の暗号化やデータの暗号化、各種不正アクセスの防止などにより安心・安全な運用が可能です。

初期費用 要問合せ
月額費用 300円~/人
無料トライアル 30日間
機能
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • 変形労働時間制への対応
  • 36協定対応のアラート機能
  • 電話/チャット/メールサポートあり
  • 有給休暇の自動付与機能
  • 勤怠データのインポート/エクスポート
  • 権限管理
おすすめの企業
  • 高いセキュリティで勤怠データを保護しながら運用したい企業
  • 多様な方法から拠点や従業員にマッチした打刻方法を選びたい企業
  • 他のジンジャー製品を利用している企業
関連記事:ジンジャー勤怠の特徴・評判・料金・機能|ミツモア

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

「KING OF TIME」連携可能なシステムが多く業務効率化可能

出典:「KING OF TIME」公式Webサイト
  • 生体認証など豊富な打刻方法を選べる
  • 1ユーザーあたり300円で利用できる
  • 従業員自身で労働時間の確認も可能

KING OF TIMEは、初期費用0円で月額300円から導入できる安価で高品質な勤怠管理システムです。

フレックスタイム制度に関しては、1ヶ月~3ヶ月の清算期間に対応しています。月ごとの基準時間を設定できるため、繁閑の差が大きい業界にもおすすめです。また、各従業員のタイムカードにフレックス時間の集計枠が表示されるので、各従業員が個々人で労働時間を確認できます

連携できる外部システムが多いのも魅力的です。

API連携可能な外部システムの例

  • freee人事労務
  • マネーフォワード クラウド給与
  • SmartHR
  • 給与奉行クラウド
  • 弥生給与Next
  • Rakuten早トク給与

API連携だけではなく、CSVファイルの出力による連携も可能です。既に給与計算ソフトやシステムを利用している場合にもおすすめの選択肢です。

初期費用 0円
月額費用 300円/人~
無料トライアル 30日間
機能
  • ICカード/PC/Web/生体認証打刻
  • 打刻位置情報の自動記録
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • 変形労働時間制への対応
  • 36協定対応のアラート機能
  • 打刻漏れアラート設定
  • チャットサポートあり
おすすめの企業
  • 既に給与計算ソフト・システムを利用している企業
  • 豊富な打刻方法から従業員や拠点にマッチした方法を選びたい企業
関連記事:KING OF TIME(キングオブタイム)の製品情報|ミツモア

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

「ジョブカン勤怠管理」シリーズ内他製品との連携で勤怠管理を効率化

出典:「ジョブカン勤怠管理」公式Webサイト
  • 勤務状況を自動収集し会計ソフトとの連携可能
  • 残業・深夜労働など特定の労働時間を抽出して確認できる
  • 36協定を超過しているスタッフを表示し職場環境改善の一助となる

ジョブカン勤怠管理はシリーズ累計250,000社に導入されているクラウド勤怠管理システムです。シンプルな操作性と柔軟なカスタマイズ性を備えており、中小企業から大企業まで様々な企業に導入されています。

働き方改革法に対応したシステムや豊富な勤怠打刻方法により、フレックスタイム制度を導入する場合にも適した勤怠管理システムです。時間外労働は一覧で確認でき、36協定超過がある場合は自動的にアラートが発せられるので、簡単に超過労働対策ができます。

初期費用 0円
月額費用 200円/人~
無料トライアル 30日間
機能
  • ICカード/PC/Web/生体認証打刻
  • 打刻位置情報の自動記録
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • 変形労働時間制への対応
  • 36協定対応のアラート機能
  • 打刻漏れアラート設定
  • 電話/チャット/メールサポートあり
おすすめの企業
  • 他のジョブカンシリーズ製品を利用している企業
  • 法令違反のリスクを最小限にしたい企業
関連記事:ジョブカン勤怠管理の特徴・評判・料金・機能|ミツモア

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

「HRMOS勤怠」法令違反リスクを最小限にする機能が豊富

出典:「HRMOS勤怠」公式Webサイト
  • 1ヶ月~3ヶ月の清算期間内を選択可能
  • 時間外労働の自動集計・判定ルールを設定できる
  • 法的な労働時間上限を自動反映し法令順守を支援

HRMOS勤怠は、フレックスタイム制度の運営支援に適した様々な機能がある勤怠管理システムです。

フレックスタイム制度を適用するときは、管理画面から「フレックスタイム制」を選択します。これにより複数の雇用形態や就業方法があっても、混同することなく管理が可能です。

労働時間に関して法令に違反しないよう、法的な上限や集計ロジックを自動反映できます。法令違反になるリスクを最小限にできるため、フレックスタイム制度をこれから導入する企業におすすめです。

初期費用 0円
月額費用 無料版:0円

有料版:110円~

無料トライアル 30日間
機能
  • ICカード/PC/Web/生体認証打刻
  • 打刻位置情報の自動記録
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • 変形労働時間制への対応
  • 36協定対応のアラート機能
  • 打刻漏れアラート設定
  • チャット/メールサポートあり
おすすめの企業
  • 既にHRMOSシリーズの他製品を利用している企業
  • 労働管理の手間を抑えたい企業
  • 低価格で勤怠管理システムを導入したい企業

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

「freee勤怠管理Plus」フレックスタイム制度運用に必要な機能を網羅

「freee勤怠管理Plus」
出典:「freee勤怠管理Plus」公式Webサイト
  • タイムカードに似たインターフェースでITツールに不慣れな従業員も使いやすい
  • 1ヶ月~3ヶ月の清算期間に対応
  • システム連携で給与計算を自動化可能

freee勤怠管理Plusは、1ヶ月~3ヶ月の清算期間設定、勤務状況のリアルタイム把握、打刻漏れや申告のない長時間労働のアラートなど、フレックスタイム制度を運用するにあたって必要な機能が網羅されています。

2019年施行の働き方改革関連法への対応のみならず、2023年4月に中小企業向けに運用された「月60時間超の時間外労働の割増賃金率引上げ」にも対応しており、60時間以上残業をしている従業員をピックアップ可能です。

フレックスタイム制度運用時に必要な機能だけではなく、法令遵守を支援する機能も数多く搭載されています。フレックスタイム制度を導入したい中小企業に特におすすめのシステムです。

※ フリー株式会社(2024年4月時点)

初期費用 0円
月額費用 300円/人~
無料トライアル 30日間
機能
  • 自動連携できる給与計算システムあり
  • 変形労働時間制への対応
  • 36協定対応のアラート機能
  • 電話/チャット/メールサポートあり
  • 有給休暇の自動付与機能
  • 勤怠データのインポート/エクスポート
  • 権限管理
おすすめの企業
  • 既にfreeeの他製品を利用している企業
  • 勤怠管理・給与計算を自動化したい企業
  • 紙のタイムカードに似た直感的なインターフェースで勤怠管理をしたい企業

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

「One人事[勤怠]」給与計算と一体化できる勤怠管理システム

出典:「One人事[勤怠]」公式Webサイト
  • 勤怠管理や給与計算など必要な機能を組み合わせて使える
  • 勤務形態や雇用形態ごとにカスタマイズ可能
  • 働き方改革関連法など法改正に対応

One人事[勤怠]は給与計算や人事管理と連携可能で、業務効率とミス防止を両立できる勤怠管理システムです。フレックスタイム制度では労働時間の計算が複雑になりやすいので、給与計算システムとの連携がしやすい勤怠管理システムは非常に便利です。

法改正にも順次対応するため、36協定や働き方改革関連法案など様々な労働関係の法令違反になるリスクを最小限にできます。特別な操作をしなくても最新のルールに則って運用可能です。

またOne人事[給与]などシリーズ内の他のシステムと連携させることにより、勤怠管理から給与計算まで一気通貫で自動化・効率化できます。

初期費用 要問合せ
月額費用 要問合せ
無料トライアル 30日間
機能
  • 給与計算や労務管理など豊富な機能と自動連携
  • 変形労働時間制への対応
  • 36協定対応のアラート機能
  • 電話/メールサポートあり
  • 勤怠データのインポート/エクスポート
他の機能(勤怠管理以外)
  • 労務管理
  • 給与計算・給与明細作成
  • 入社・退社手続き
  • 年末調整
  • タレントマネジメント
  • ChatGAI
おすすめの企業
  • 人事労務業務をまとめて効率化したい企業
  • 使いやすいシステムで定着を図りたい企業

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

フレックスタイム制度の導入手順

フレックスタイム制度を導入するには、以下の流れで行います。

  1. フレックスタイム制度のルールを決定する
  2. 就業規則に規定する
  3. フレックスタイム制度について労使協定を締結する
  4. 労働基準監督署へ届け出を出す
  5. 従業員に周知・説明をする
  6. 運用を開始する

なおフレックスタイム制度の詳しい導入手順については、厚生労働省・都道府県労働局・労働基準監督署が「フレックスタイム制のわかりやすい解説&導入の手引き」というPDFファイルを公開しています。フレックスタイム制度を導入する際は必ず目を通すようにしましょう。

フレックスタイム制度で実際に労働できるまでにかかる期間

フレックスタイム制度の導入準備から実際に制度を使って労働できるようになるまでには、1ヶ月~数ヶ月かかります。

導入期間に幅がある理由には、企業によってルール作成や労使協定の締結、勤怠管理システムの選定など必要なステップにかかる時間が異なるためです。

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

フレックスタイム制度での勤怠管理の注意点

フレックスタイム制度では、清算期間内の総労働時間を正しく集計することが大切です。残業や時間外労働の基準について注意してください。

一般的な働き方であれば、1日8時間・1週間40時間を超えると時間外手当が発生します。しかしフレックスタイム制度を導入している場合は、事前に定めた清算期間の総労働時間が基準内であれば法定残業とはみなされません

フレックスタイム制で残業とみなされるのは、以下の条件いずれかを満たした場合です。

  • 清算期間内の総労働時間が週50時間を超えた場合
  • (清算期間が1ヶ月超の場合)週平均労働時間が50時間以上の場合

タイムカードやエクセルによる管理では、フレックスタイム制度で働く従業員の残業時間を正確に把握することは困難です。勤怠管理システムを導入して、正確な勤務状況を把握しましょう。

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

フレックスタイム制度に対応できる勤怠管理システムを選ぶポイント

フレックスタイム制度を導入するのであれば、勤怠管理システムの採用はマストといえます。しかし勤怠管理システムの中にはフレックスタイム制に対応していないものもあるため、フレックスタイム制に対応できる勤怠管理システムを選ぶ必要があります。

以上7つのポイントをチェックして、フレックスタイム制に対応している勤怠管理システムを選びましょう。

① コアタイム・フレキシブルタイムの詳細設定ができるか

フレックスタイム制を運用する上で、コアタイムとフレキシブルタイムの設定は必須です。単に設定できるだけでなく、部署や従業員ごとに異なる勤務パターンを登録できるかを確認しましょう。

たとえば「営業部はコアタイムなし」「開発部は11時~15時をコアタイムにする」といった柔軟な設定が可能なシステムが求められます。

特定の曜日だけノーコアタイムデーにするといった、企業独自のルールに対応できると、より制度が形骸化せずに運用できます。

② 清算期間をまたぐ労働時間管理ができるか

フレックスタイム制では、1~3ヶ月の「清算期間」内での総労働時間で過不足を調整します。清算期間が1ヶ月を超える場合、月をまたいで労働時間を繰り越す計算が必要になります。

この複雑な計算を正確に自動で行える機能は、勤怠管理システムに不可欠です。手計算による管理はミスの原因となり、労務リスクにもつながるため、システムの機能で確実に管理できるかを確認してください。

③ 残業・時間外労働の自動算出機能があるか

フレックスタイム制における残業時間は、1日の労働時間ではなく、清算期間内の総労働時間で算出します。

清算期間内の実労働時間が「総枠労働時間(法定労働時間)」を超過した分が、時間外労働として扱われるのです。

日々の労働時間が変動するため、残業時間の計算は非常に煩雑です。システムが清算期間を基準として、時間外労働や休日労働、深夜労働を正確に自動計算してくれる機能は必ずチェックしましょう。

④ 勤怠データのリアルタイム管理やアラート機能があるか

従業員が自身の裁量で働く時間が長くなるため、労働時間の過不足をリアルタイムで把握できる環境が大切です。

従業員自身がいつでも勤務状況を確認でき、管理者も全体の勤怠状況を即座に把握できる機能が求められます。

また、月の総労働時間が上限に近づいた際や、コアタイムに勤務していない場合に、従業員や管理者へ自動で通知するアラート機能も有効です。これにより長時間労働の是正やコンプライアンス遵守を徹底できます。

⑤ スマホやPC・ICカードなど様々な打刻手段に対応しているか

自由な働き方を支えるフレックスタイム制では、オフィスや自宅、外出先など、働く場所も多様化します。

そのため、スマートフォンアプリやPCのブラウザ、チャットツールなど、場所を選ばずに打刻できる手段は必須です。

もちろん、オフィス出社が基本の従業員向けに、ICカードや生体認証といった打刻方法も利用できると、利便性がさらに高まります。従業員がストレスなく正確な打刻を行える環境を整えましょう。

⑥ 給与計算システムなど外部システムとの連携が簡単か

勤怠データは給与計算の基礎となるため、給与計算システムとの連携は業務効率化の要です。勤怠データをCSVで出力し、給与計算システムに手動で取り込む作業は、ミスの原因にもなります。

使用している給与計算システムとAPI連携などが可能であれば、ボタン1つでデータを同期でき、バックオフィス業務の負担を大幅に軽減します。

勤怠管理から給与計算までをシームレスに行えるか、導入前に確認してください。

⑦ 多様な勤務形態に対応できるか

企業によっては、フレックスタイム制だけでなく、時短勤務や変形労働時間制、裁量労働制など、複数の勤務形態を併用する場合があります。

将来的に新たな勤務制度を導入する可能性も考慮しなくてはなりません。フレックスタイム制専用のシステムではなく、様々な働き方に柔軟に対応できるシステムを選ぶことが重要です。

一元的に勤怠管理を行うことで、人事労務担当者の業務負荷を減らし、正確な勤怠管理を実現します。

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

フレックスタイム制度で勤怠管理システムを活用するメリット

ビジネスマン

フレックスタイム制で勤怠管理システムを活用するメリットを紹介します。

労働時間や残業時間を自動で集計できる

フレックスタイム制で勤怠管理システムを運用すれば、複雑な労働時間の計算も必要ありません。各従業員が出退勤で行った打刻の情報を元に、労働時間や残業時間を自動で集計できるようになります。

出退勤の時間が異なるのはフレックスタイム制度ならではの注意点です。勤怠管理システムの活用によって、集計にかかる手間や時間を大幅に削減できます。

総労働時間をリアルタイムで確認できる

勤怠管理システムなら、フレックスタイム制で発生した総労働時間をリアルタイムで確認可能です。月の途中で労働時間を計算する必要はありません。

従業員と管理者のそれぞれが労働時間・残業時間を確認できるので、業務量のコントロールにも役立てられます。

労働時間の過不足を解消できる

勤怠管理システムには労働時間に紐づいたアラート通知機能が搭載されています。

事前に設定した労働時間を超過した時点で自動通知ができるので、労働時間のペースをうまく調整しながら勤務できるようになります。また管理監督者は通知が送信された対象者をまとめてチェックできるため、個別確認の手間も削減できます。

清算期間内に労働時間の過不足が頻繁に発生するケースは、勤怠管理システムの導入によって解決につながります。

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

ぴったりの勤怠管理システム選びはミツモアで

ミツモアロゴ

勤怠管理システムは製品によって特徴や機能も様々。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。

そんなときはミツモアにおまかせ。最短1分の自動診断で、ぴったりの勤怠管理システムが見つかります。

ぴったりの勤怠管理システムを最短1分で無料診断

従業員数や欲しい機能などの項目を画面上で選択するだけで、最適な勤怠管理システムを最短1分で自動診断。もちろん費用はかかりません。

ぴったりの料金プランも一緒にお届け

希望条件に沿った料金プランも製品と一緒に診断します。概算金額を見積もりからチェックして、理想のプランを探してみましょう。

診断結果は最大5製品!比較・検討で最適な勤怠管理システムが見つかる

最大で5製品の診断結果をお届けします。検討していた製品だけでなく、思わぬ製品との出会いもあるかもしれません。

ミツモアなら、ぴったりの勤怠管理システムがすぐに見つかります。

ぴったりの勤怠管理システムを無料で診断する

サービス提供事業者さま向け
ミツモアにサービスを
掲載しませんか?
ミツモアにサービスを掲載しませんか?

ミツモアは依頼者さまと事業者さまをつなぐマッチングサイトです。貴社サービスを登録することで、リードの獲得及びサービスの認知度向上が見込めます。 さらに他社の掲載サイトとは違い、弊社独自の見積システムにより厳選されたリード顧客へのアプローチが可能です。 ぜひミツモアにサービスをご登録ください。

サービスを掲載する