インボイス制度の登録番号を取得したけれど、「受け取った請求書の消費税処理がExcelでは追いつかない」「登録番号の有無で仕訳を分けるのが大変」と感じていませんか？
最終更新日: 2025年11月07日
インボイス対応の会計ソフトを使えば、請求書の読み取りから税区分の自動仕訳まで、すべて自動化できます。確定申告の時期が近づく今、導入しておけば記帳の手間が大幅に削減できます。
本記事では、個人事業主が使いやすいインボイス対応会計ソフト5選を、料金・機能・無料トライアルの有無で徹底比較。IT導入補助金の活用方法も解説しています。
インボイス対応の会計ソフトとは？個人事業主に必要な理由
インボイス制度の導入により、個人事業主の経理業務は根本的な変革を迫られています。インボイス対応会計ソフトは、インボイス制度によって発生した業務負担を自動化・効率化するために設計されたツールです。
従来のExcel管理では対応しきれない複雑な税務処理を、ソフトが自動で処理してくれます。特に買手側の「仕入税額控除を失う」という金銭的リスクを防ぐために不可欠なツールと言えるでしょう。
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インボイス制度で変わった経理業務の3つのポイント
インボイス制度の施行により、経理業務は大きく変化しました。主な変更点は以下の3つです。
1. 請求書フォーマットの厳格化（売手側）
売手は適格請求書発行事業者として税務署に登録した上で、13桁の登録番号と税率ごとに区分した消費税額を明記した適格請求書を発行する義務が生じました。適格請求書を発行できるのは、登録済みの課税事業者に限定されます。
2. 買手側の仕入税額控除の要件変更
買手が仕入税額控除の適用を受けるには、取引相手から交付された適格請求書を受領し、保存することが絶対条件となりました。これは個人事業主にとって最も重要な変更点です。
3. 買手側の検証・管理業務の発生
受領した請求書がインボイスの要件を満たしているか、取引先が適格請求書発行事業者として登録されているかを都度確認する必要があります。登録されていない事業者からの請求書では、その取引の仕入税額控除が受けられなくなります。
さらに、消費税の計算方法や端数処理のルールも厳格化され、2029年までの経過措置も考慮する必要があり、計算と管理の業務は複雑化しています。
会計ソフトを使えば自動化できること
インボイス対応会計ソフトは、新たな業務負担を軽減・自動化するために不可欠な機能を提供します。
登録番号の自動検証で金銭リスクを回避
受領した請求書に記載された13桁の登録番号が、国税庁のデータベースに実在するかを自動で照合します。これにより、取引先が正規の発行事業者であるかを確認する作業が不要になります。
税区分・仕訳の自動作成で計算ミスを防止
AI-OCR機能を備えたソフトは、アップロードされた請求書から税率別の金額情報を自動で読み取ります。さらに、その取引が「適格インボイス」か「それ以外」かを判定し、適切な消費税区分で仕訳を自動作成します。
免税事業者からの仕入れも自動計算
複雑な経過措置の控除割合（80%控除など）も自動で計算・表示するため、計算ミスや経過措置の管理といった課題を解決します。
請求書発行と保存義務も同時に対応
自身の登録番号を一度設定すれば、発行するすべての請求書や領収書がインボイス制度の要件を満たしたフォーマットで作成されます。また、電子帳簿保存法の要件も満たしながら保存を実行します。
これらの自動化機能の真の価値は、単なる時短ではなく「リスク管理」にあります。不適格な請求書による仕入税額控除の喪失という金銭的損失を、ソフトウェアが能動的に防御してくれます。
【個人事業主向け】インボイス対応会計ソフトの選び方
個人事業主がインボイス対応の会計ソフトを選ぶ際は、制度対応の「質」と、自身の事業フェーズに合った「コスト構造」を見極めることが重要です。
必須機能：登録番号の自動チェックと税区分の自動仕訳
「インボイス対応」を謳うソフトでも、その機能の自動化レベルには大きな差があります。これが最も重要な比較ポイントです。
完全自動型【推奨】
freee会計などの高機能なソフトは、入力された13桁の登録番号を国税庁のデータベースとリアルタイムで自動照合します。法人向けの勘定奉行クラウドなども、番号の有効性を自動判定する機能を備えています。
手作業で確認する手間を省けるだけでなく、確認ミスも防げるため、登録番号を自動照合できるシステムをおすすめします。
手動選択型【要注意】
やよいの青色申告 オンラインなど一部のソフトは、ユーザーが仕訳入力時に「適格」か「区分記載」かを手動で選択する方式を採用しています。
手動選択のため、選択ミスが発生するリスクがあります。作業時には間違えないよう注意するだけでなく、ダブルチェックを行うなどミスが発生しないように工夫する必要があります。
レガシー型【非推奨】
古いシステムや特定のバージョンでは、登録番号の自動チェック機能がなく、「摘要」や「仕訳メモ」欄に手入力するよう案内されていることがあります。
導入前の無料トライアル期間中に、「受領したインボイスの登録番号を、どのように検証・処理するのか」という具体的なワークフローを必ず確認しましょう。
比較ポイント①：料金プランと費用対効果
各社の料金プランの構造を比較すると、ターゲットとするユーザー層と提供価値の違いが明確になります。
機能で差をつける「マネーフォワード」
最安プランの「パーソナルミニ」では、インボイス対応の根幹である消費税申告書の作成機能が利用できず、証憑の保存件数も1,000件までに制限されます。
そのため、マネーフォワードにおける課税事業者にとっての実質的なエントリープランは、「パーソナル」プランです。
サポートで差をつける「弥生」シリーズ
セルフプランはウェブFAQのみ、ベーシックプランでは、ウェブFAQに加え、電話、チャット、メールサポートが追加されます。最上位のトータルプランであれば、経理業務の相談なども可能です。
プランごとで変わるのは機能ではなくサポート面です。経理の知識があり、特に有人サポートを必要としていない場合はセルフプランにするなど、ユーザー側で主体的に選ぶことができます。
経理知識に自信があり多機能性を求めるユーザーにはマネーフォワードの「パーソナル」プランが、操作に不安があり手厚いサポートを求めるユーザーには弥生の「ベーシック」プランが、それぞれ費用対効果の高い選択となります。
比較ポイント②：無料トライアルと使いやすさ
無料トライアルの期間にも、各社の戦略が表れています。標準的なトライアルでは、1ヶ月～2ヶ月程度の無料トライアル期間が提供されることが多いです。
標準的なトライアル
ジョブカン会計や弥生会計 Nextをはじめとした、多くのSaaSは、UIの確認や機能の試用を目的とした比較的短期間のトライアルを提供しています。
無料トライアルでは機能制限があるケースもあります。たとえばマネーフォワードの無料トライアルは、デジタルインボイスの送受信など一部機能が制限されます。
例外的なトライアル（やよい）
「やよいの青色申告 オンライン」は1年間無料という極めて長期間のトライアルを提供しています。
この「1年間」という期間設定は、新規開業した個人事業主が、事業開始から初めての確定申告まで、丸1年間の会計サイクルすべてを無料で体験させるための、強力な囲い込み戦略です。1年間かけて記帳し確定申告を終えたユーザーにとって、翌年から他社ソフトに乗り換えるコストは非常に高くなります。
比較ポイント③：電子帳簿保存法への対応
インボイス制度への対応と、改正電子帳簿保存法への対応は、現在セットで提供されるのが標準です。
JIIMA認証が信頼性の指標
保存・検索性・改ざん防止など、電子帳簿保存法の要件を満たしていることを示す客観的な指標が「JIIMA認証」です。
マネーフォワード、freee会計、弥生会計 Nextなど、主要なクラウド会計ソフトは、この認証を取得しており、信頼性の高い選択肢となります。
ソフト選定時には「JIIMA認証」を取得しているかどうかを必ず確認しましょう。
インボイスと電子帳簿保存法は密接に関連
インボイス制度は「何を保存すべきか」を定め、電子帳簿保存法は「どのように保存すべきか」を定めています。つまり、ユーザーは「正しい書類を、正しい方法で」保存する義務を二重に負っています。
高品質な会計ソフトは、マネーフォワード クラウドBoxのような電帳法対応ストレージを統合しており、受領したインボイスを検証すると同時に、認証ストレージに保存するワークフローを実現しています。
比較ポイント④：税理士との連携機能
主要な会計ソフトは、税理士や会計事務所とのデータ連携機能を標準搭載しています。
freeeはアドバイザー向けのガイドを用意しており、弥生会計 Nextは会計事務所とのデータ共有機能や、税理士の業務用ソフトとして普及している「達人シリーズ」との連携機能を提供しています。
税理士の指定が最優先
税理士は、多数の顧問先のデータを効率的に処理するため、使用する会計ソフトを特定のものに標準化していることが多いです。
したがって、すでに顧問税理士がいる個人事業主の場合、ソフト選びの最優先事項は「顧問税理士が対応しているソフトは何か」を確認することです。
この確認を怠り、税理士が対応していないソフトを導入すると、データ連携ができず、結局データを印刷して手渡しするなどの手間が発生します。
【個人事業主向け】インボイス対応会計ソフトおすすめ5選
個人事業主向けの主要5ソフトを、インボイス対応機能・料金・サポート体制で比較します。
【全5製品】料金・機能比較表
| 製品名 | 対象ユーザー | 代表プラン（個人） | 無料トライアル | 登録番号自動チェック | JIIMA認証 |
|---|---|---|---|---|---|
| freee会計 | 初心者、自動化重視 | 非開示 | あり | ○（国税庁DB連携） | ○ |
| マネーフォワード クラウド確定申告 | 機能重視、データ連携 | パーソナル（1,680円/月） | あり（一部機能制限） | 公式サイトに明記なし | ○ |
| やよいの青色申告 オンライン | 初心者、サポート重視 | ベーシック（17,250円/年） | 1年間無料 | 手動（「適格」「区分」を選択） | 非開示 |
| 弥生会計 Next | 法人化見据え、部門管理 | エントリー（3,480円/月） | 最大2ヶ月 | 要確認（メモ欄への入力） | ○ |
| ジョブカン会計 | チーム利用（複数人） | 月2,500円（3名まで） | 30日間 | 公式サイトに明記なし | 公式サイトに明記なし |
freee会計｜直感的な操作で初心者におすすめ
最大の特徴は、受領したインボイスの13桁の登録番号を、国税庁のデータベースと自動で照合する機能です。買手側の検証負担を最も効率的に削減できます。
自身の登録番号を設定すれば、要件を満たした請求書・領収書を発行できます。スマートフォンアプリ「freee請求書」からも、インボイス対応の帳票を作成・送付可能です。
JIIMA認証取得済みで、IT導入補助金2025の対象ツールです。無料の「freee請求書」アプリで請求書発行の課題を解決し、有料の「freee会計」本体へ、スムーズに連携できる導線が特徴です。
マネーフォワード クラウド確定申告｜多機能で将来の法人化にも対応
料金プランは以下の3段階です。
- パーソナルミニ：1,280円/月
- パーソナル：1,680円/月
- パーソナルプラス：35,760円/年 ※年払い一括のみ
JIIMA認証取得済みで、「電子帳簿保存法・インボイス制度対応」を明確に打ち出しています。IT導入補助金2025の対象で、freeeからの仕訳データ移行を含むCSVインポート機能に対応しています。
最安値プランのパーソナルミニプランでは、消費税申告書の作成ができません。また、証憑の保存も1,000件までに制限されます。課税事業者にとっての実質的な最安値のプランは、パーソナルプランであることにご注意ください。
やよいの青色申告 オンライン｜老舗の安心感と手厚いサポート
やよいの青色申告 オンラインは3つの料金プランがあります。プランによって変化するのは、サポート面の手厚さです。これにより、ユーザーは自分にとって最適なサポートを受けられるプランを、主体的に選べます。
- セルフプラン：ウェブFAQのみ
- ベーシックプラン：ウェブFAQ、電話・メール・チャットサポート、画面共有サポート
- トータルプラン：ウェブFAQ、電話・メール・チャットサポート、画面共有サポート、仕訳相談、経理業務相談、確定申告相談
2025年11月現在、セルフプランとベーシックプランは、1年間利用料金無料キャンペーンを行っています。トータルプランのみ、1年間半額キャンペーンなのでご注意ください。
受領したインボイスについて、仕訳入力時にユーザーが「適格」「区分記載」などを手動で選択し、仕入税額控除別の集計レポートを作成できます。
提供価値は「自動化」よりも「安心感」にあります。電話やチャットで質問できる「人（サポート）」が商品価値の中核を占めており、経理の知識やITスキルに不安を抱える層に強く訴求します。
弥生会計 Next｜法人化を見据えた事業者向け
ベーシックプランでは、最大10階層の部門管理機能が利用でき、事業部ごとの損益管理が可能です。また、経費精算機能も標準搭載しています。税理士とのデータ共有や「達人シリーズ」との連携にも対応しており、法人化後の複雑な経理体制を見据えた設計となっています。
JIIMA認証を取得し、IT導入補助金の対象となっています。ただし、受領したインボイスの登録番号について「専用の入力箇所はない」「摘要または仕訳メモを使用」するよう案内されており、買手側の検証ワークフローは無料トライアルでの詳細確認が必須です。
ジョブカン会計｜低コストで必要十分な機能
月額2,500円で、最大3ユーザーまで利用可能です。IT導入補助金2025の対象ですが、電子帳簿保存法（JIIMA認証）についてはクラウド版に関しては公式サイト内に明記されていませんでした。30日間の無料トライアルが提供されています。
最大の特徴は、そのエコシステムとユーザー数にあります。月額2,500円で3名まで利用可能という価格設定は、ソロの個人事業主ではなく、小規模なチームを対象としています。
また、ジョブカンは、会計ソフト単体ではなく、勤怠管理、給与計算、経費精算など、バックオフィス業務を網羅するERP群の一部です。
個人事業主が従業員を1〜2名雇用し、会計だけでなく勤怠・給与・経費精算の管理も必要になった成長初期のチームに最適です。
インボイス対応会計ソフト導入時に使える補助金
インボイス制度への対応は、政府によるデジタル化推進策の一環でもあり、導入を支援する手厚い補助金が用意されています。
IT導入補助金2025の概要と対象ソフト
IT導入補助金2025は、中小企業・小規模事業者が業務効率化のためのITツールを導入する経費の一部を補助する制度です。
インボイス枠の優遇措置
複数の申請枠の中でも、特に「インボイス対応類型」または「インボイス枠」が設けられており、他の枠（通常枠の補助率50%）よりも優遇されています。
- 50万円以下の部分：補助率 3/4（小規模事業者の場合は 4/5 = 80%）
- 50万円超～350万円以下の部分：補助率 2/3
対象ソフトとハードウェア
弥生会計やfreee会計、マネーフォワードなど、主要な会計ソフトは、すべて対象ツールとして登録されています。さらに、iPadやMicrosoft Surfaceといったハードウェアの購入費用も補助対象に含めることが可能です。
この制度設計は、インボイス制度という負担を課す一方で、補助率の高い「インボイス枠」を用意することで、事業者に紙やデスクトップ型ソフトからクラウド・モバイル会計への移行を促す、強力なデジタル化推進策となっています。
補助金の申請手順と注意点
申請はすべてウェブフォームで行われ、以下のステップで進行します。
- 申請枠と要件を理解する
- 補助金事務局に登録された「IT導入支援事業者」および「ITツール」を選定する
- 「GビズID」など、申請に必要な準備を行う
- IT導入支援事業者が申請者のための「申請マイページ」を作成し、申請者を招待する
- 申請者がマイページにログインし、事業者情報などを入力・提出する
重要な注意点：共同申請が必須
申請プロセスには、申請者が単独で申請できないという重大な制約があります。申請は必ず会計ソフトのベンダーや販売代理店といった「IT導入支援事業者」と共同で行います。
「先にソフトを購入して、後から領収書で補助金を申請する」といった償還払いはできません。申請プロセスは、IT導入支援事業者が「申請マイページ」を作成することで初めてスタートします。
したがって、「どのソフトを選ぶか」という決定と、「どのベンダーを通じて補助金を申請するか」という決定が事実上一体です。ジョブカンのような補助金特設サイトを設けているベンダーもあり、ソフトの機能だけでなく、ベンダーの「補助金申請サポート体制」も重要な選定基準となります。
【法人向け】インボイス対応会計ソフト3選
株式会社や合同会社などの法人になると、会計処理の量と複雑性が増すため、個人事業主向けソフトとは異なる機能が求められます。
勘定奉行クラウド｜大量の請求書処理に強い
JIIMA認証取得済みで、大量の買手側の請求書処理を自動化する点が強みです。
APオートメーションのワークフロー
- アップロード：取引先から受領した請求書（紙・PDF）をアップロードします
- AI-OCR：AIが請求書を自動で読み取り、日付、税率別金額、そしてインボイス登録番号をデータ化します
- 自動チェック：請求書がインボイス要件を満たしているか、および登録番号が有効かを自動判定します
- 自動仕訳：取引先ごとに適切な消費税区分（経過措置を含む）を自動判定し、仕訳を自動作成します
これは企業の「経理部」が毎月数百枚の支払請求書を処理する業務を自動化し、人的ミスを削減するための「APオートメーション」ソリューションです。
freee会計（法人プラン）｜個人から法人への移行がスムーズ
JIIMA認証取得済みで、IT導入補助金の対象です。最大の特徴は、個人事業主プランから法人プランへの移行の容易さです。
freeeは、サポートデスクによる「データ移行サービス」を公式に提供しており、個人事業主時代のデータを法人アカウントにスムーズに引き継ぐことが可能です。
これは強力なエコシステム戦略です。まず個人事業主としてfreeeを導入したユーザーが「法人成り」する際、使い慣れたUIとデータ移行サービスを理由に、最も摩擦の少ない選択肢として「freee会計 法人プラン」を選ぶことになります。競合他社への流出を防ぎ、ユーザーを自社エコシステム内に留める「法人化イベント」に特化したソリューションです。
マネーフォワード クラウド会計（法人プラン）｜多拠点管理に対応
JIIMA認証取得済みで、IT導入補助金の対象です。ユーザー数や企業規模（新設法人、小規模企業、中小企業）に応じた料金体系が設定されています。
マネーフォワード クラウド会計の法人プランでは、部門別・拠点別の財務分析に優れています。
「部門管理」機能や「階層別の仕訳」機能により、企業は単純な会計処理に留まらず、部門別・拠点別の損益（P&L）を可視化できます。複雑な組織構造の財務分析が可能です。
勘定奉行が「経理担当者」の入力自動化、freeeが「新設法人CEO」の移行体験に焦点を当てているのに対し、マネーフォワードの法人プランは、確立された組織の「CFO（最高財務責任者）」や「経営企画室」の分析ニーズに応える、財務分析ツールとしての側面が強いと言えます。
インボイス対応会計ソフトを選ぶ際のよくある質問
インボイス対応会計ソフトの選定や導入に関して、個人事業主からよく寄せられる質問にお答えします。
Q1. 無料プランでもインボイス対応できますか？
回答：一部（発行）は可能ですが、インボイス対応の経理業務（受領・申告）は完了できません。
できること（売手側）
freeeが提供する「freee請求書」スマートフォンアプリのように、インボイス要件を満たした請求書を発行できる無料ツールは存在します。
できないこと（買手側・申告）
- 受領したインボイスを検証し、消費税区分を分けて記帳する（買手側）の自動化機能は、通常、有料プランの機能です
- やよいの「フリープラン」は、そもそも消費税申告が不要な「白色申告」向けです
- マネーフォワードの「パーソナルミニ」プラン（最安の有料プラン）でさえ、消費税申告書の作成機能がありません
- マネーフォワードの無料トライアルでは、デジタルインボイスの送受信機能がブロックされます
結論：無料ツールは「インボイスを発行する（売手）」ことはできますが、「インボイスを検証・記帳し（買手）、消費税申告書を作成する」という、課税事業者に求められる一連の業務を完了するには、有料プランの契約が必須です。
Q2. Excelからのデータ移行は簡単ですか？
回答：「簡単」ではありませんが、「可能」です。
既存のExcelデータを直接アップロードすることはできません。ソフトウェア側が指定する「CSVテンプレート」に合わせて、ユーザーが「勘定科目」や「開始残高」、「仕訳データ」をExcel上で手作業でコピー＆ペーストし、フォーマットを整える作業が必須です。freeeも勘定科目のインポートに対応しています。
この「ベンダー指定のフォーマットにデータを整形する」という手作業のプロセスが、移行における最大のハードルです。「簡単」ではありませんが、各社がCSVインポート機能をサポートしているため「可能」です。
Q3. 今使っている会計ソフトから乗り換えるべきですか？
回答：まずはアップデートを確認し、対応不可の場合のみ乗り換えを推奨します。
ステップ1：アップデートの確認
多くのベンダーは、既存製品のアップデートでインボイス制度に対応しています。たとえば、弥生は2023年3月に「弥生シリーズ」のインボイス対応アップデートを実施しました。まずは、現在使用中のソフトに最新のアップデートが提供されていないかを確認してください。
ステップ2：乗り換えの判断
アップデートが提供されず、インボイス制度への対応が困難な場合（特に古いインストール型ソフトなど）は、業務効率化の観点からも新しいクラウド会計ソフトへの乗り換えが推奨されます。
乗り換え自体は一般的であり、freeeは「データ移行サービス」を、マネーフォワードは「freeeからの」仕訳データ移行をサポートするなど、ベンダー側も競合他社からの乗り換えを支援する体制を整えています。
Q4. 電子帳簿保存法にも対応していますか？
回答：はい。現在の主要なクラウド会計ソフトは、インボイス制度と電子帳簿保存法の両方に対応しているのが標準です。
JIIMA認証が信頼の証
freee、マネーフォワード、弥生会計 Next、勘定奉行などは、電子帳簿保存法の要件を満たす「JIIMA認証」を取得しています。
セットで訴求されるのが一般的
ベンダーは「電子帳簿保存法・インボイス制度対応」と、2つの法令対応をセットで訴求するのが一般的です。マネーフォワードの「クラウドBox」のように、電帳法に準拠した電子データ保存領域が機能として組み込まれています。freeeの無料の請求書アプリも電子帳簿保存法に対応しています。
2025年現在、クラウド会計ソフトにおいて電子帳簿保存法への対応は「付加機能」ではなく「標準機能」といえます。「何を保存するか」を定義するインボイス制度と「どう保存するか」を定義する電子帳簿保存法は、実務上一体の業務であり、ソフトウェアもそれを前提に設計されています。
ぴったりの会計ソフト選びはミツモアで
会計ソフトは製品によって特徴や機能もさまざま。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。
そんなときはミツモアにおまかせ。最短1分の自動診断で、ぴったりの会計ソフトが見つかります。
ぴったりの会計ソフトを最短1分で無料診断
従業員数や欲しい機能などの項目を画面上で選択するだけで、最適な会計ソフトを最短1分で自動診断。もちろん費用はかかりません。
ぴったりの料金プランも一緒にお届け
希望条件に沿った料金プランも製品と一緒に診断します。概算金額を見積もりからチェックして、理想のプランを探してみましょう。
診断結果は最大5製品！比較・検討で最適な会計ソフトが見つかる
最大で5製品の診断結果をお届けします。検討していた製品だけでなく、思わぬ製品との出会いもあるかもしれません。
ミツモアなら、ぴったりの会計ソフトがすぐに見つかります。
