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中小企業向けBtoB受発注管理システム比較4選!2026年インボイス制度対応と費用相場

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最終更新日: 2026年01月08日

中小企業のBtoB取引では、FAXや電話での受発注が今も主流です。手入力によるミス、在庫確認の遅れ、請求書の突合作業など、アナログ業務が利益を圧迫しています。

2026年10月にはインボイス制度の経過措置が改定され、適格請求書に対応していない取引先との取引では、控除できない消費税負担が大幅に増加します。早急なシステム対応が求められる状況です。

本記事では、中小企業に最適なBtoB受発注システム4製品を比較し、2026年の制度改定に向けた選定ポイントと導入効果を解説します。

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中小企業が抱える受発注業務の課題

多くの中小企業では、FAXや電話での受発注業務がいまだに主流です。手作業による入力ミスや在庫確認の遅れ、請求書の突合作業など、アナログな業務フローが利益を圧迫しています。

まずは、具体的にどのような課題があるのか見ていきましょう。

手作業による非効率とミス

中小企業の受発注業務では、FAXや電話で届いた注文をExcelや基幹システムに手入力する作業が発生します。1件あたり3〜5分かかる入力作業は、月間500件の受注で25〜42時間の工数を消費します。

入力ミスによる誤出荷は顧客の信頼を損ない、返品・再配送のコストも発生します。たとえば、入力ミスによる誤出荷が月10件発生すれば、再配送と謝罪対応で月20万円程度のロスが出ることも考えられます。

在庫照会の遅れが機会損失を生む

取引先から在庫照会の電話が来るたびに、倉庫や基幹システムを確認して折り返す運用では、回答までに30分〜数時間かかります。その間に競合他社で発注されてしまい、受注機会を逃すケースも少なくありません。

リアルタイムで在庫を確認できるBtoB受発注システムがあれば、取引先は自分で在庫を確認して即座に発注できます。

請求書の突合作業に時間がかかる

月末の請求書発行では、受注データと出荷実績を突合して請求金額を確定する作業が必要です。手作業での突合は2〜3営業日かかり、経理担当者の残業も発生します。

受発注システムと販売管理システムが連携していれば、受注データが自動的に請求書に反映され、突合作業を大幅に削減できます。

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2026年インボイス制度改定の影響

悩む男性

インボイス制度は2023年10月から開始されており、適格請求書発行事業者以外からの仕入れについては、一定期間の経過措置が設けられています。この経過措置は段階的に縮小される予定のため、中小企業は早めの対応が必要です。

仕入税額控除の経過措置が縮小

2023年10月のインボイス制度開始後、適格請求書発行事業者以外からの仕入れについても、一定期間は仕入税額の一部を控除できる経過措置が設けられています。この経過措置は段階的に縮小される予定です。

中小企業に求められる対応

仕入先が適格請求書発行事業者かどうかを管理し、請求書の適格性をチェックする体制が必要です。紙やPDFでの請求書管理では、記載要件の確認や保存期間の管理に手間がかかります。

BtoB受発注システムの多くは、適格請求書番号の自動チェック機能や電子保存機能を備えており、制度対応の負担を軽減します。

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BtoB受発注システム比較4選

中小企業に適したBtoB受発注システムを4製品厳選して紹介します。取引先ごとの商品表示・価格設定、基幹システムとの連携、在庫照会機能など、企業間取引に必要な機能を備えた製品を比較してください。

1.スマレジEC・B2B|買い手企業数100,000社突破の定番システム

スマレジEC・B2B
出典:「スマレジEC・B2B」公式サイト

取引先ごとの商品マスタ・価格設定に対応し、基幹システムや物流システムとのAPI連携が可能です。在庫照会・発注・請求までワンストップで管理できます。

食品卸売業のサザコーヒーでは、毎月132時間かかっていた入力工数が0になり、営業工数を1608時間削減しました。売上前年比115.8%アップ、新規取引先を130社獲得し、営業マンが既存取引先のフォローや新規獲得に注力できるようになりました。(※)

卸売・商社など、取引先ごとに価格や商品ラインナップが異なる企業に最適です。

2. CO-NECT|製造業・卸売業向け特化型

CO-NECT
出典:「CO-NECT」公式サイト

CO-NECTは、受発注業務のデジタル化を支援する受発注システムです。インボイス制度・電子帳簿保存法に対応しており、FAXや転記の手間をゼロにします。

製造業・部品卸など、取引先とのやり取りが多い業種に向いています。

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3. Bカート|低コストで始めるBtoB EC

Bカート
出典:「Bカート」公式サイト

月額9,800円から即日スモールスタート可能なBtoB ECプラットフォームです。受発注・請求・営業のDX推進をサポートし、スマホアプリで外出先からも発注できます。

人為的ミスの削減、属人化の解消、作業時間の短縮を実現し、すでに2,000社以上の企業が導入しています。小規模事業者や、まず低コストで導入したい企業に最適です。

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4. アラジンEC|基幹システム連携に強い

アラジンEC
出典:「アラジンEC」公式サイト

基幹システム開発会社が作った、受発注業務に特化したWeb受発注システム・BtoB ECです。豊富な標準機能とカスタマイズで、貴社の業務フローに柔軟に対応します。

長年の開発経験とノウハウがあるため、基幹システムとのスムーズな連携を実現します。5000社以上のBtoBノウハウで、アパレル・食品・理美容・建築資材・医療機器など、さまざまな業種の企業様をサポートしています。

既存の基幹システムを活用しながら、BtoB ECを強化したい企業に向いています。

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中小企業向け受発注システムの選び方5つのポイント

受発注システムを選ぶ際は、自社の業務フローや取引先の使いやすさ、将来的な拡張性などを総合的に判断することが重要です。ここでは、システム選定時に確認すべき5つのポイントを解説します。

1. 既存システムとの連携性

販売管理・在庫管理・会計システムなど、既存システムとの連携方法を確認します。CSV連携、API連携、双方向連携など、連携レベルによって運用効率が大きく変わります。

リアルタイム連携が可能なシステムなら、在庫の二重管理や転記ミスを防げます。

2. 取引先の使いやすさ

システムは自社だけでなく、取引先も日常的に使います。複雑な操作が必要なシステムでは、取引先が使ってくれず、結局FAXや電話での発注が続いてしまいます。

スマホ対応、シンプルな画面設計、パスワードレスログインなど、取引先目線の使いやすさを重視します。

3. 価格体系と将来の拡張性

初期費用・月額費用だけでなく、取引先数・受注件数が増えた場合の従量課金も確認します。事業成長に応じてコストが急増するシステムでは、長期的な利用が難しくなります。

API連携の有無、カスタマイズの柔軟性など、将来的な拡張性も選定の重要な基準です。

4. インボイス制度・電子帳簿保存法への対応

適格請求書の要件を満たした請求書発行機能、電子帳簿保存法に対応した保存機能があるか確認します。法改正に自動対応してくれるシステムなら、制度変更のたびにシステムを見直す手間が省けます。

5. サポート体制と導入支援

導入時の初期設定、商品マスタの移行、取引先への説明資料作成など、ベンダーのサポート内容を確認します。専任担当者がつくサービスなら、導入がスムーズに進みます。

運用開始後も、電話・チャットでの問い合わせ対応やアップデート情報の提供があるか確認しておきます。

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導入効果のシミュレーション

受発注システムを導入することで、どの程度のコスト削減効果があるのか、具体的な数値で試算してみましょう。受注入力・在庫照会対応・請求書突合といった日常業務にかかる時間を削減できれば、大きな人件費削減につながります。

【試算例】事務スタッフの時給を2,000円として計算した場合

導入前は受注入力に500件×5分で42時間/月、在庫照会対応に100件×15分で25時間/月、請求書突合に3営業日×8時間で24時間/月の合計91時間/月がかかっていました。

事務スタッフの時給を2,000円とすると、月18.2万円、年間218万円の人件費がかかっています。

導入後は受注入力が自動化により95%削減で2時間/月、在庫照会対応がセルフ確認により80%削減で5時間/月、請求書突合が自動連携により70%削減で7時間/月の合計14時間/月に削減されます。人件費は月2.8万円になり、年間185万円のコスト削減を実現できます。

※実際の削減効果は、企業規模・受注件数・業務フローにより異なります。

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IT導入補助金の活用方法

計算中の手元

受発注システムの導入には初期費用や月額費用がかかりますが、IT導入補助金を活用することで導入コストを大幅に削減できます。ここでは、2026年度の補助金制度の見込みや申請の流れ、注意点について解説します。

2026年度の補助金制度について

2026年度も中小企業向けのIT導入補助金の継続が見込まれていますが、正式な公募要領はまだ公開されていません(2025年12月時点)。BtoB受発注システムのような業務効率化ツールは、過去の制度では補助対象となっていました。

最新情報は「IT導入補助金公式サイト」で確認してください。

申請の流れ

IT導入支援事業者に登録されているベンダーから製品を選定し、交付申請書を作成して事務局に提出します。交付決定後にシステムを導入し、導入完了報告と効果報告を提出すると、補助金が振り込まれます。

申請から交付決定まで1〜2ヶ月、導入完了から入金まで2〜3ヶ月かかるため、資金繰りに注意が必要です。

補助金を活用する際の注意点

補助金の交付決定前に契約・発注を行うと補助対象外となります。必ず交付決定を待ってから契約します。

導入後3年間は事業実施効果報告が必要です。受注件数・処理時間・売上などの数値を記録しておきます。

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まとめ:2026年に向けた受発注システム導入のステップ

受発注システムの導入を成功させるためには、計画的なステップが重要です。現状の課題を可視化し、複数のシステムを比較検討したうえで、適切なタイミングで導入を進めましょう。

ここでは、今すぐ始めるべきアクションと導入スケジュールの目安を紹介します。

今すぐ始めるべき3つのアクション

まず現状の受発注業務を可視化します。受注件数、処理時間、ミス発生率、取引先からの問い合わせ件数などを1ヶ月間記録し、改善すべき課題を明確にします。

次に複数システムの無料デモを試します。実際の画面を見て、操作性や機能を確認します。取引先の視点でも使いやすいか、チェックします。

最後にIT導入補助金の情報収集を始めます。公募開始は例年2〜4月頃です。早めに対象製品と申請スケジュールを確認しておきます。

導入スケジュールの目安

1ヶ月目に課題整理・システム選定・見積取得を行い、2ヶ月目に補助金申請・契約準備、3〜4ヶ月目に初期設定・商品マスタ登録・取引先への案内、5ヶ月目に試験運用開始、6ヶ月目に本格運用・効果測定を進めます。

BtoB受発注システムは、単なる業務効率化ツールではなく、取引先との関係強化と売上拡大につながる戦略的な投資です。自社に最適なシステムを導入し、競争力を高めましょう。

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