決済代行会社の手数料はいくら？相場や想定ケースを解説

クレジットカードや電子マネーなど、多彩な決済方法を利用したい際に便利な決済代行会社。しかし利用にはさまざまな種類の手数料がかかる場合があります。

本記事では各種手数料の相場や、契約すると発生する費用の特徴を紹介します。主要な決済代行会社の手数料一覧も紹介するので、ぜひ導入検討の一助にしてください。

なお、手数料が安い決済代行サービスを知りたい方はこちらの記事もご参照ください。

決済代行会社の手数料・各種費用別の料金相場

決済代行会社ではさまざまな種類の手数料や利用料金がかかります。各種手数料の種類や相場を詳しく解説します。

決済手数料：2～10%

決済手数料とは顧客が利用した決済金額に対して発生する手数料で、おおむね2～10%程度となっています。決済の種類・会社・審査結果・業種によって割合は異なります。おおよその相場は以下の通りです。

• クレジットカード決済：3%～10%
• コンビニ決済：2%～5%
• 電子マネー決済：2%～4%
• バーコード決済：3%～9%

クレジットカード決済の場合、約3～10%が目安です。3%台の手数料を設けている代行会社が多いですが、審査やクレジットカードの種類によっても異なります。

コンビニ決済は2～5%程度ですが、取引金額の一部ではなく、1回の決済ごとに固定の手数料が発生するケースもあります。電子マネーは種類によって異なるものの、2～4%程度が目安です。バーコード決済では3～9%程度が主流となっています。

初期費用：無料～8万円

初期導入費用は利用する決済代行会社によって意味合いが異なります。主に「システム導入費」「端末購入代金」「導入サポート費用」などを指します。端末導入やAPI利用など、システム導入が必要な場合は、3万円～8万円程度の初期費用が必要になるでしょう。

端末購入代金が設定されているケースでは、機能により差が出ます。数千円から端末を購入できるところもあり、機能にこだわらなければ極端に高額な設定は少ないようです。

導入サポート費用がかかる場合、店舗にレンタル端末を届ける送料や、受付・サポートにかかる人件費などの諸費用があります。数千円程度が設定されている場合もありますが、端末代金・システム導入費に含まれているケースが多く、サポート費用のみでの設定は少ないでしょう。

月額料金：3,000円～8,000円

月額固定費用はシステムの運用費や機器のレンタル代金、毎月のサポートにかかる料金です。月額固定費用を設定しているプランや会社では、決済手数料が安くなる傾向があります。

売上の金額や決済の利用件数にかかわらず発生するため、小規模な事業者は月額固定費が無料のプラン・会社がおすすめです。決済手数料が高く設定されていたとしても、月額固定費を上回るほどの利用がない場合、固定費が少ない方がトータルの費用が安くなります。

トランザクションフィー：無料～20円

トランザクションフィーは決済にかかる処理手数料です。決済代行会社が金融機関にデータを送信する際の通信料・手数料を指します。

金額にかかわらず1件の決済ごとに発生するため、少額決済では負担が大きくなるのが特徴です。金額は利用する会社や、設定によって変わります。トランザクションフィーを無料にしている決済代行会社も多いです。

振込手数料：無料～200円

振込手数料はキャッシュレス決済を利用した分の売上を、代行会社が入金する際に発生する手数料です。振込手数料を代行会社負担としているところも多いため、規約をよく確認しておきましょう。振込手数料を負担する場合、費用相場は10円～200円程度となっています。

取り消し処理手数料：無料～5円

取り消し処理手数料とは、決済処理の取り消しが生じた際に発生する費用です。ECサイトなどでは取引のキャンセルや変更が生じることがしばしばあるでしょう。返金手続きや過去の処理した決済の取り消しが完了した場合に必要になり、1件ごとに5円程度の費用がかかります。

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主要な決済代行会社の手数料比較一覧表【対応決済方法のフィルターつき】

手数料率や初期費用などは決済代行会社によって変わります。いくつかの主要な決済代行会社のサービスと費用をまとめました。

決済方法のボタンを押すと、対応した決済だけに絞り込みができます。また詳細ボタンを押すと、表の下部に各種決済方法ごとの費用が表示されます。手数料を詳しく知りたければ、こちらも押してください。

※ 上記の手数料などはあくまで2025年4月調査時点の価格です。サービスごとに変動する可能性があるため、正確な費用は公式Webサイトをご参照ください。

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決済代行会社利用でかかる費用の相場【想定ケース別】

決済代行会社を利用すると、上記で説明した決済手数料や月額料金などが掛かります。掛かる費用の総額は決済代行会社によって変わりますが、どのようなケースでどれだけの費用が掛かるのでしょうか？

ここでは決済代行会社を利用する目的別に、それぞれ「実店舗」「オンライン販売(EC)」「BtoB請求・業務系」ケースでかかる費用相場を解説します。

実店舗(対面)で導入するケースの費用相場

オンライン販売よりも手数料率が低めで、端末代金がかかることもありますがキャンペーンで無料になるなど、比較的安く導入しやすいです。費用は「カード＋QR等の他決済手段組み合わせ」で決済比率に応じて上下します。

• 業種例：飲食店、美容室、小売店、整骨院など
• 利用目的：カード・電子マネー・QRコード決済を端末で導入
• 想定導入サービス：Square、Airペイ、STORES決済など

オンライン販売(EC)で導入するケースの費用相場

オンライン販売で利用する決済代行サービスは「複数手段×固定＋従量費用」のハイブリッドの費用体系となっています。機能が多い分、費用設計も複雑になり、月額費が一定以上発生する可能性が高いです。

• 業種例：D2C、アパレル、雑貨販売、食品通販、デジタルコンテンツなど
• 利用目的：ECカート連携でカード・コンビニ・キャリア決済などを網羅
• 想定導入サービス：Stripe、SBペイメント、ZEUSなど

BtoB請求・業務系で利用するケースの費用相場

BtoB決済は「後払い・請求管理＋保証機能込み」で設定されるため、手数料率が高めです。件数ベースではなく取扱金額に比例した費用計算で、決済リンクやメール請求などの使い方ができるため、初期費用は抑えやすいです。

• 業種例：士業、卸売、業務委託、製造業のWeb注文
• 利用目的：法人向け請求／銀行振込／クレカ払い／後払い導入
• 想定導入サービス：クロネコ掛け払い、マネーフォワード決済など