電子カルテの導入や入れ替えを検討しているものの、「クラウド型とオンプレ型で初期費用が全然違うのはなぜ？」「診療科によって見積もりが変わる理由が分からない」「オプションを付けるとどこまで膨らむのか判断できない」と感じている方は多いはずです。
最終更新日: 2026年01月10日
本記事では、電子カルテの費用相場を整理したうえで、金額差が生まれる仕組みである「費用の決まり方」を分解します。さらに、費用を抑えるための具体的な方法や、導入時に活用できる補助金・助成金制度も紹介します。
電子カルテの費用相場
クラウド型の電子カルテは、サーバーを自院に設置する必要がないため、初期費用を抑えやすいのが特徴です。
初期費用は数十万円程度から始まり、月額費用は2〜7万円程度が相場となります。アップデートや保守が月額料金に含まれるケースが多く、開業段階で導入しやすく、料金の見通しも立てやすい方式です。
一方、オンプレミス型は院内にサーバーを設置する必要があるため、初期費用が高額になりやすい傾向があります。サーバー購入や構築費用を含めると、初期費用が100〜300万円以上になるケースも珍しくありません。
運用時には別途保守契約が必要になり、月額では5〜15万円程度の保守費用が発生することが一般的です。カスタマイズの自由度が高いため、病院や複数診療科を有する医療機関で採用されることが多くなります。
電子カルテ単体では運用を完結できない場合も多く、予約システムや問診システム、画像連携、オンライン診療、SMS通知などのオプションを追加すると、月額費用が1〜3万円ほど上乗せされるケースがあります。
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電子カルテの費用の決まり方
電子カルテの費用は、製品価格そのものではなく「導入方式」「診療科と必要機能」「院内の運用環境」「サポート契約」の四つの要因によって変動します。
導入方式ではクラウド型は初期費用を抑えやすく、オンプレ型はカスタマイズ性が高い分費用が上がりやすいという違いがあります。診療科と必要機能では、整形外科の画像連携や小児科の予防接種管理など、診療特性に応じて追加機能の有無が費用差を生みます。
院内の環境要因では、端末数やネットワーク整備、既存カルテからのデータ移行量によって初期費用が変わります。サポート範囲と契約形態では、保守対応やアップデートの頻度、トラブル時の対応速度によってランニングコストが変わります。
これらの要因が重なるため、同じ電子カルテでも見積もりに差が出やすく、相場だけでは判断できない構造になっています。
導入方式（クラウド型 or オンプレ型）
クラウド型は院内にサーバーを設置する必要がなく、初期費用を抑えやすい一方、月額費用が中心となります。アップデートや保守対応も月額費用に含まれることが多く、導入後のランニングコストが安定しやすいのが特徴です。開業段階のクリニックや、小規模なリプレイスでも導入しやすい方式です。
一方、オンプレミス型は院内にサーバーを設置するため、初期費用が大幅に高くなる傾向があります。カスタマイズ性が高く、複数診療科や検査機器との連携が複雑な医療機関で採用されやすい方式ですが、保守契約やアップデート対応を別途契約する必要があり、運用コストも増えやすくなります。
診療科と必要な機能
診療科によって電子カルテに求められる機能は異なるため、費用にも差が生まれます。たとえば整形外科ではレントゲンやMRIなどの画像連携がほぼ必須となり、皮膚科や形成外科では画像管理機能が重視されます。
小児科では予防接種や成長曲線の管理が求められ、内科では予約や問診との連携が重視されるなど、診療スタイルに応じて必要な機能が変わります。こうした追加機能やテンプレートの有無が見積もりに反映されるため、同じ製品でも診療科によって導入費用が大きく変動することがあります。
端末やデータ移行などの環境要因
電子カルテは院内の運用に合わせて端末数やネットワーク環境を整える必要があります。診察室、受付、処置室などで複数の端末を使用する場合、端末台数に応じて初期費用が増えます。
既存システムからのデータ移行が必要な場合は、データ件数や形式によってコストが変動します。紙カルテからの移行や画像データの取り込みなど、移行作業の負担が大きい場合は追加費用が発生しやすくなります。
サポート範囲と契約形態
電子カルテは診療の中心となるシステムであるため、障害発生時やトラブル対応のスピードが運用に直結します。サポート範囲や契約形態によって費用が変わるケースが多く、電話対応、チャット対応、現地対応、導入時の立ち会いサポートの有無などが費用項目として扱われます。
アップデートが定期的に実施されるかどうかや、契約期間に縛りがあるかどうかでもコストが変動します。特にオンプレミス型では保守契約が必須となるケースが多く、年間数十万円規模で費用が発生することがあります。
電子カルテの費用を抑えるには？
電子カルテの費用を抑える方法を3つ解説します。
クラウド型を選択する
電子カルテの導入方式として、クラウド型は初期費用が低く、月額費用中心のコスト構造になるため、導入時の負担を抑えやすい方式です。サーバーを院内に設置する必要がないため、機器購入やネットワーク構築の負担も軽くなります。
アップデートや保守対応が月額料金に含まれていることが多く、長期の運用でも費用が安定しやすい点もメリットです。機能追加や環境変更にも対応しやすいため、開業段階や診療規模の変動を想定する医療機関に向いています。
機能を限定し、オプションを削る
電子カルテには、予約システム、問診システム、画像連携、オンライン診療、SMS通知など多くのオプションが用意されています。便利ではあるものの、導入初期にすべて搭載すると初期費用や月額費用が大きく膨らんでしまいます。
まずは自院の診療フローと患者数を踏まえて必要な機能だけを選び、導入後に運用が安定してからオプションを追加する方法が現実的です。特に画像系や外部連携系のオプションは費用が高くなりやすいため、優先度を明確にして取捨選択すると効果的です。
補助金・助成金をフル活用する
電子カルテの導入や医療IT化に対しては、国や自治体が支援制度を設けている場合があります。IT導入補助金やICT関連の補助制度は、電子カルテそのものの導入費用だけでなく、関連するシステムの整備費用が対象になることもあります。
電子処方箋やオンライン資格確認など、医療DX推進政策に関連した制度と組み合わせることで、実質負担を大きく抑えることも可能です。補助金や助成金は募集時期や対象条件が変動するため、導入を検討する段階で最新情報を確認し、自院が対象になるかを事前にチェックしておくことが重要です。
電子カルテ導入に使える補助金・助成金
電子カルテ導入に使える補助金・助成金を4つ紹介します。
IT導入補助金
「IT導入補助金」は、中小企業・小規模事業者が業務効率化や生産性向上を目的としてITツールを導入する際に活用できる国の支援制度です。
クラウド型・オンプレ型問わず、電子カルテ本体だけでなくクラウド利用料やサポート費用なども対象経費として含まれる場合があります。補助率や上限額は年度によって異なりますが、一般的には導入費用の一部（1/2〜4/5程度）までが補助される枠もあります。
電子カルテ情報共有サービス導入に係る補助金
国の医療DX政策の一環として、医療機関が標準仕様の電子カルテ情報共有サービスを導入・整備するための費用を補助する制度もあります。
この補助金制度は、電子カルテと連携した情報共有基盤の構築を支援するもので、一定の要件を満たして申請すれば補助を受けられる可能性があります。申請・手続きについては厚生労働省の医療機関等向けポータルサイトなどで情報が提供されています。
医療情報化支援基金（ICT基金）による補助制度
厚生労働省がICT化を促進するために設置する「医療情報化支援基金（ICT基金）」も、電子カルテ関連のシステム導入や連携機能の整備費用を支援する制度として活用できます。
標準規格に対応した電子カルテシステムの導入支援や、相互連携機能の整備費用などが対象となるケースがあります。補助対象や要件は年度により変わることがありますので、申請前に確認しましょう。
地方自治体独自の補助制度（一部地域）
国の制度に加えて、東京都など一部自治体では独自の電子カルテ導入支援制度を実施しています。
東京都の「診療所診療情報デジタル推進事業」では、医療機関に電子カルテを導入する際の費用負担を補助し、地域の診療情報共有と効率化を後押ししています。自治体によって対象や補助率、申請条件は異なるため、各自治体の医療担当窓口で詳細を確認することをおすすめします。
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