電子カルテ比較おすすめ16選

「久しぶりの患者のカルテ探しに10分以上かかり、診療時間を圧迫している」

「開業から数十年、紙カルテが膨大になり保管場所の確保に限界がきている」

「どの電子カルテが自院に合うのか、17製品を比較する時間がない」

こうした課題を解決できるのが電子カルテです。診療科やレセコン連携の有無など、あなたのクリニックに合った製品を結論ファーストで提案します。この記事では、おすすめの電子カルテを解説します

電子カルテ選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。従業員数などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりのサービスを最短1分で自動診断。理想の電子カルテが見つかります。

ミツモアでは、2026年4月から6月において電子カルテの導入を検討した担当者の傾向や目的をまとめました。

電子カルテを検討している診療科とは？

検討している診療科は内科が多く、歯科や皮膚科が続きます。診察や処方の記録が日々積み重なり、紙のカルテでは管理や検索に手間がかかりやすい診療科から、電子化で業務を軽くしたいという意向がうかがえます。特定の診療科にかぎらず、幅広い領域から関心が寄せられている様子がみられます。

電子カルテを検討している勤務先とは？

勤務先はクリニック（無床）が大半を占め、病院や有床クリニックは少数です。入院設備を持たない外来中心の小規模なクリニックほど、限られた人数で受付から会計まで対応しており、電子カルテで日々の運用をまとめて効率化したいニーズが高まっているようです。

電子カルテに求める機能とは？

求める機能では予約・受付管理が多く、患者によるWeb上での問診入力が続きます。カルテ入力そのものよりも、来院前後の受付や問診にかかる負担を減らしたいという声が多くみられます。訪問スケジュール管理を求める声もあり、受付や問診を含めた診療まわりの情報を一元管理できるシステムとして期待されていると考えられます。

電子カルテと連携させたいシステムとは？

連携させたいシステムは、問診システムや決済システム、オンライン診療システムがほぼ同じ割合で挙がりました。会計や問診票の入力、遠隔での診察といった前後の業務と電子カルテをつなぎ、患者の情報を一元的に扱いたいという狙いが感じられます。

電子カルテとは、患者の診療情報を電子的に記録、管理、共有するシステムです。紙カルテのように保管スペースを必要とせず、過去の処方や検査結果を瞬時に検索できます。

かつては大病院向けの高額なオンプレミス型が主流でしたが、クラウド型の普及により、小規模クリニックでも月額1万円台から導入できるようになりました。レセプトコンピュータと連動して診療報酬を自動算定する機能や、予約システムとの連携など、受付から会計までの業務を一気通貫で効率化できます。

診療科で選ぶおすすめ電子カルテ早見表

導入状況で選ぶおすすめ電子カルテ早見表

新たに電子カルテを導入する際、最大の分かれ道となるのがレセプトコンピュータ（レセコン）との連携方式です。新規開業やシステム一新なら一体型一択です。

ミツモアデータでも、約7割の医師が一体型を選択しており、分離型を選ぶ医師は少数派となっています。なぜこれほど差がつくのか、その理由を解説します。

レセコン一体型の3つのメリット

一体型とは、カルテ機能（診療記録）とレセコン機能（会計計算）が1つのシステムに統合されているタイプです。CLINICSやQualis Cloudなどが代表的です。

選ばれる理由は、経営に直結する以下の3つの削減効果にあります。

1.入力の手間を半減（二度打ち不要）

分離型では、医師がカルテに入力した後、事務員が同じ内容をレセコンに再度転記する必要があります。一体型では、医師がカルテに入力したオーダー（処置や処方）がそのまま会計データに変換されるため、転記作業は0秒です。

2.会計ミスや請求漏れが「ゼロ」に

人間が転記する以上、分離型では必ず「入力ミス」や「算定漏れ」が発生します。一体型ならデータが直結しているため、ヒューマンエラーが物理的に起こりません。

3.人件費の適正化（事務スタッフ－1名）

「カルテからレセコンへの入力担当」が不要になるため、受付業務の負担が減ります。結果として、事務スタッフを1名減らす、あるいは残業代をゼロにするといった経営的なインパクトを生み出します。

分離型（連携型）を選ぶべき3つのケース

では、なぜ分離型（連携型）という選択肢が残っているのでしょうか？ それは、以下の特殊な事情がある場合のみ、分離型が正解になるからです。これに当てはまらない場合は、迷わず一体型を選んでください。

1.既存のORCA等をどうしても使い続けたい

長年ORCA（日医標準レセプトソフト）を使用していて、データ移行のリスクを取りたくない、またはORCAに依存した独自の運用フローが出来上がっている場合。

2.ベテラン事務員の反発回避

「今のレセコンの操作が変わるなら辞める」といった、システムの変更がスタッフ離職に直結するリスクがある場合。操作性が変わらない分離型を選ぶことで、院内の平和を優先するケースです。

3.特殊な診療科で、対応する一体型カルテがない

非常にニッチな専門科などで、その科に特化した電子カルテを使いたいがレセコン機能が付いていない場合、やむを得ず分離型となります。

しがらみがない新規開業や代替わりのタイミングであれば、業務効率で勝る一体型を推奨します。

電子カルテには、インターネット経由で利用するクラウド型、院内にサーバーを設置するオンプレミス型、そして両者を併用するハイブリッド型があります。

近年はクラウド型が主流で、初期費用を抑えやすい傾向です。さらにIT導入補助金を活用することで費用負担が軽減できます。

IT導入補助金

IT導入補助金は、電子カルテなどのITツール導入費用の一部を国が補助する制度です。対象経費には、ソフトウェア購入費、クラウド利用料（最大2年分）、導入関連費（保守運用、マニュアル作成、研修、活用支援）が含まれます。

導入したい製品がIT導入補助金の対象かどうかは、IT導入補助金 ITツール検索で確認できます。次の電子カルテ比較表では、IT導入補助金の対象の有無がひと目でチェックできます。

※補助金の交付決定後に導入する必要があります。事前契約は対象外となるためご注意ください。

参照：IT導入補助金

【クラウド型】電子カルテ13選

【オンプレミス型】電子カルテ1選

【ハイブリッド型】電子カルテ2選

※2026年1月時点の公式サイト情報に基づく
※補助金対象製品は年度や公募回により変更される場合があります。導入前に必ずIT導入補助金 ITツール検索で対象製品と公募要領をご確認ください

データや機能表だけでは分からない実際の使い心地について、同じ悩みを持っていた医師の事例を紹介します。

【外来や開業】事務スタッフの残業を減らしたい

• 抱えていた課題: 受付スタッフが会計入力とレセプト点検に追われ、患者への対応がおろそかになる懸念があった。
• 導入後の変化: カルテとレセコンが一体化しているため、医師の入力内容がそのまま会計に反映。転記ミスがなくなり、会計待ち時間が大幅に短縮されました。事務スタッフの負担が減り、笑顔で患者に接する余裕が生まれました。
  
  

関連記事：クラウド診療支援システム CLINICS（クリニクス）導入事例｜ミツモア

【訪問診療】移動時間を無駄にしたくない

• 抱えていた課題: 1日何件も訪問した後、夜にクリニックに戻ってからまとめてカルテを書くため、帰宅が深夜になっていた。
• 導入後の変化: 移動中の車内や患者宅で、iPadを使ってその場でカルテ入力が完了。クリニックに戻るという工程そのものが不要になり、医師としてのQOL（生活の質）が向上しました。
  
  

関連記事：homisの導入事例 - ミツモア

【外来＋在宅】紙カルテからの切り替えで連携強化

• 抱えていた課題: 以前の電子カルテは院内でしか見られず、訪問診療の際は紙のカルテを持ち出したり、電話でスタッフに確認したりと非効率だった。
• 導入後の変化: 完全クラウド型のセコムOWELにしたことで、院内（外来）でも訪問先（在宅）でも全く同じ画面で情報を確認、入力できるようになりました。地域連携室や訪問看護ステーションとの情報共有もスムーズになりました。
  
  

関連記事：セコムOWEL（オーウェル）の導入事例 - ミツモア

電子カルテを選ぶ際に押さえておきたいポイントを3つ紹介します。自院の状況にあった製品を選ぶための判断基準としてご活用ください。

クラウド型かオンプレミス型か

これからの導入なら、院内にサーバーを置くオンプレミス型よりも、インターネット経由で利用するクラウド型を推奨します。

 診療報酬改定やマイナンバーカード対応など、医療DXによる制度変更が頻発していますが、クラウド型なら自動アップデートで即座に対応可能です。

オンプレミス型は業者の訪問作業や費用が必要になるケースもあります。また、データは堅牢なセンターで管理されるため、万が一の被災時も患者データは守られます。

サポート体制はチャットか訪問か

サポートの手厚さは、そのまま月額費用に跳ね返ります。ご自身のITリテラシーに合わせて選びましょう。

 ITが得意な医師なら、チャットやメール、画面共有でトラブルを遠隔解決できる安価なプランで十分です。

PC操作に不安がある場合は、多少費用が上がっても、専任担当者が来る訪問サポートや24時間電話対応があるメーカー（ウィーメックスやセコムなど）を選びましょう。

紙カルテからの移行か新規開業か

導入のタイミングによって、準備すべきことが大きく変わります。既存の紙カルテを電子化するか、新規開業でゼロから始めるかで、データ移行の負担や研修期間が異なるため、自院の状況にあわせた計画が必要です。 

 紙カルテからの移行は、過去の記録をどこまで電子化するかが最大の判断ポイントです。全データのスキャンには膨大な費用と時間がかかるため、直近3年から5年分のみ電子化し、それ以前は紙で保管する方法が一般的です。

新規患者からのみ電子カルテで運用を開始し、既存患者は紙を併用する段階的移行も選択肢となります。

 新規開業の場合は、操作に慣れるまで診療が長引く傾向にあるため、十分な練習期間を設けることが重要です。

開業前のデモ期間にスタッフ全員でロールプレイングを繰り返し、受付から会計までの一連の流れをスムーズに回せる状態にしておきましょう。

電子カルテを導入する前に、以下の3点を確認しておきましょう。

1. 無料プランはお試しまで

無料プランは機能制限（レセコン非連携、データ容量上限など）がある場合がほとんどです。操作性の確認には有効ですが、診療報酬の自動算定やレセプト出力には有料プランへのアップグレードが必要です。

本格運用を前提に費用を見積もっておきましょう。

2. 導入期間を見込んでおく

導入に必要な期間は、クラウド型とオンプレミス型で大きく異なります。




クラウド型はサーバー設置が不要なため、契約後すぐに利用開始できます。データ移行が必要な場合でもプラス1から2週間です。




一方、オンプレミス型は院内サーバーの設置工事が必要なため、2から3カ月かかります。

3. セキュリティ基準を確認する

主要なクラウド型電子カルテは、厚生労働省の3省2ガイドラインに対応しており、院内サーバーよりも安全性が高い場合があります。

導入前には、SSLやTLSによる通信暗号化が標準装備されているか、大手クラウド事業者（AWSやAzureなど）の堅牢なデータセンターで管理されているか、遠隔地にバックアップされているかを確認しましょう。

万が一の災害時でも患者データを守れる体制が整っているかが重要です。

電子カルテは製品によって特徴や機能もさまざま。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。

そんなときはミツモアにおまかせ。最短1分の自動診断で、ぴったりの電子カルテが見つかります。

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