「担当者の記憶とExcel運用に頼った労務管理から脱却したい」
「属人化した状態から担当者が変わっても業務が止まらないようにしたい」
「従業員情報を一元管理して、必要な時に確認できるようにしたい」
最終更新日: 2026年06月16日
労務管理業務についてお悩みを抱えていませんか。中小企業の労務管理業務は注意すべきポイントがいくつもあり、知らずに法令違反状態になるリスクもあります。リスクを避け、労務管理業務の手間を減らすためには、クラウド型労務管理システムの導入をおすすめします。
中小企業におすすめの労務管理システムや選ぶべき製品の特徴などを解説します。
労務管理システム選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。従業員数や欲しい機能などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりの労務管理システムを最短1分で自動診断。理想の労務管理システムが見つかります。
中小企業の労務管理における課題
中小企業の労務管理においては、以下3つの課題が代表的です。
紙やExcelによる運用で各申請に時間がかかる
中小企業の労務管理の現場では、紙やExcelによって運用されていることが多いです。紙の申請書を配布・回収し、手作業で集計しExcelで管理している企業は少なくありません。このようなアナログな運用方法はひとつの申請に時間がかかるだけでなく、見落としやリマインドの遅れなどによる手続き遅延が発生するリスクが高いです。
労務管理システムを導入することで、PCから申請を管理できるようになります。申請に必要な情報や資料を提出していない従業員にはボタン一つでリマインドメールを送れるなど、申請業務をスムーズに進めるための機能が搭載されています。
兼務担当者も多く情報のキャッチアップにばらつきが出る
中小企業のバックオフィス業務は、複数の業務を1人が担当する兼務担当者が多い傾向があります。労務だけでなく、勤怠管理や給与計算、人事・採用、総務など兼務の幅が広い点が特徴です。
兼務担当者にとってネックとなるのが、法改正など情報のキャッチアップの難易度の高さです。労務関係の業務は、法改正の影響を受けることが多く、情報の取りこぼしが重大なリスクを引き起こす可能性があります。兼務している領域によっては、「どの領域も法改正情報を取りこぼせない」という状況になります。
クラウド型の労務管理システムを導入すれば、法改正があれば自動的に情報が反映されて、各種ロジックも切り替わります。担当者が情報を取りこぼさないように気を張る必要がなくなり、心理的な負担感も軽減されます。
給与計算や勤怠管理との連携が取れず二重入力が発生する
労務管理は、給与計算や勤怠管理との接続性が強い業務です。システムを導入していない状態では、勤怠管理システムで記録した情報や給与計算ソフトの計算結果を手入力で管理するなど、二重入力や管理上の手間が発生します。
労務管理システムを導入すると、給与計算ソフトや勤怠管理システムとの情報連携ができます。自動的に情報が連携されるため、ヒューマンエラーによる転記時のミスがなくなります。
従業員50人超の組織は労務管理システムの導入がおすすめ
常時雇用する従業員数が50人を超えると、労働基準法の規定により、定期健康診断の報告やストレスチェックの実施・報告など、様々な法的義務が発生します。これを「50人の壁」といいます。
法的義務が多数発生するため、紙やExcelによるアナログな管理方法では管理が行き届かず、法律違反になるリスクがあります。従業員数が50人を超えた組織は、労務管理システムを起点にしてバックオフィス業務全体の効率化とDX化を推進することをおすすめします。
労務管理システムを導入するのであれば、勤怠管理、給与計算、人事評価の3領域も同時にデジタル化しましょう。労務管理に密接に関わる3領域も同時にシステム化することで、管理業務を効率化でき、法改正によるロジック変更も自動的に適用され法令順守を徹底できます。
労務管理と勤怠管理、給与計算、人事評価の3領域をシームレスにつなげるには、各システムを個別最適で選ぶのではなく、シリーズ製品で選ぶ「全体最適」の考え方が重要です。個別最適でそれぞれ違うベンダーのシステムを導入してしまうと、データ連携がCSVのみなど、手作業が発生するリスクがあります。手作業でデータ連携を行うと、連携のミスなどにより業務が止まる可能性があるため、できれば同じシリーズで統一し、ボタンひとつで自動連携される「API連携」方式を採用しているシステム群を選びましょう。
中小企業向け労務管理システムの特徴
中小企業が抱える労務管理での課題を解決するためには、以下の特徴を持つシステムを選ぶことをおすすめします。
労務知識が少なくても手続きのミスがない
中小企業では労務管理の他に、給与計算や採用・人事、勤怠管理など複数の業務を兼任していることが多いです。そのため、労務に関する専門知識が少なくても手続きのミスが発生しないように、標準フローが整備されていたり、補足説明が充実しているシステムをおすすめします。
また法改正への更新性もチェックポイントに含めてください。労務関係は法改正の影響を受けやすく、誤った知識で運用した際のリスクが大きい領域です。クラウド型労務管理システムであれば、法改正に伴って自動的に各種ロジックが更新されるため、労務知識がなくても手続きのミスが発生しないように設計されています。
使いやすいUIで操作に迷わない
中小企業では、労務担当者が総務や経理など複数の業務を兼任するケースが多く、システム操作に時間をかける余裕がありません。
UIが複雑だと操作ミスや入力漏れが発生しやすく、給与計算や勤怠管理でトラブルが生じるリスクも高まります。直感的に操作できるシステムであれば、担当者が変わっても引き継ぎがスムーズで、業務効率を維持できます。
勤怠管理や給与計算などとの連携性が高い
労務管理は、勤怠管理や給与計算などの業務と密接に関わっています。そのため、勤怠管理システムや給与計算ソフトとの連携性が高いシステムを選ぶことをおすすめします。既にクラウド型勤怠管理システムなどを導入しているのであれば、同じシリーズで揃えることも検討してください。
労務管理システムと別システムを連携するときは、API連携とCSV連携の2パターンがあります。API連携であればシステムが自動同期するため、連携漏れやミスが起きにくいですが、追加料金が発生することもあります。CSV連携の場合はデータのインポート（出力）とエクスポート（入力）を手動で行うため、連係ミスが発生するリスクを排除できないものの、追加料金なしで使えます。予算や手間を勘案して、自社に最適な連携方法を特定しましょう。
クラウド型で予算把握がしやすい
労務管理システムは市場に数多くありますが、2026年現在おすすめなのは、クラウド型かつ公式サイトに1人あたりの料金が明示されている製品です。中小企業は従業員数が少ないため、利用者数の数に応じて料金が変動する従量課金制のサービスと相性が良いです。また、公式サイトに1人あたりの料金が明示されていれば、個別に見積もりを取る前におおよその月額料金が把握できるため、社内で検討をする際も候補の優先順位をつけやすくなります。
中小企業におすすめの労務管理システム7選
ミツモアおすすめの中小企業向け労務管理システムは以下の7製品です。
freee人事労務（フリー株式会社）
freee(フリー)人事労務は、従業員情報や勤怠、給与、社会保険手続きを統合データベースでリアルタイムに同期されます。これによりデータ転記ミスや二重管理による非効率を解消します。社会保険などの電子申請書類もワンクリックで自動作成できるので、役所に行く手間がなくなります。
初期設定の段階から専任担当者がつくため、安心して導入できます。公式サイトによると、freeeの導入支援サポートであれば稼働までにかかる平均所要期間が約2～4カ月短くなると記載されています。
freee会計など、freeeの製品を既に利用している、あるいは導入を検討している企業におすすめの労務管理システムです。
オフィスステーション 労務（株式会社エフアンドエム）
オフィスステーション 労務は、労務手続きの電子化に特化した労務管理システムです。コスト面による制約などから、全社的なシステム刷新が難しい場合におすすめの選択肢です。134種類の行政帳票に対応でき、e-Govを通じたオンライン申請もワンストップで完結できます。
必要な機能のみを選んでスモールスタートができるため、「まずは労務手続きを電子化したい」という場合におすすめです。
ジョブカン労務HR（株式会社DONUTS）
ジョブカン労務HRは労務業務の自動化をし、作業時間の削減に特化したサービスです。
釈迦保険や雇用保険の手続きを、システムから提示されるステップに沿って進めるだけで申請書類が自動生成される「ToDo管理機能」が登載されているので、労務の専門知識がない兼務担当者でも手続きの抜け漏れを防げます。
また、電話・チャット・メールによる無料のカスタマーサポートが全有料プランで提供されるため、社内に専門知識を持つ人材がいない中小企業でも安心して運用可能です。
マネーフォワード クラウド人事管理（株式会社マネーフォワード）
マネーフォワード クラウド人事管理はオンラインで簡単に従業員情報を収集できる点が特徴の労務管理システムです。従業員がスマートフォンのWebフォームから自身の情報を申請するだけで人事台帳への初期登録がペーパーレスで完了し、データ変更時の手間を最小限にします。さらに組織階層や独自の役職に合わせた人事項目のカスタマイズや、細やかな権限管理も標準機能で可能です。
SmartHR労務管理（株式会社SmartHR）
SmartHR労務管理は人事労務担当者も従業員も直感的に迷わず使用できるようにインターフェースの設計がされています。PCを使い慣れていない従業員でも、スマートフォンから直感的に入社手続きや年末調整の登録を完了させられます。
従業員数30名以下の企業であれば、入社手続き・電子給与明細・マイナンバー管理などの基本機能を、費用ゼロの「¥0プラン」で継続利用可能です。
ジンジャー人事労務（jinjer株式会社）
ジンジャー人事労務は入社手続き書類や年末調整のペーパーレス化で業務効率化できます。人事管理・勤怠・給与・ワークフロー・経費精算・電子サインを統合データベースで管理しており、従業員情報を変更すると全製品に自動反映されるため、入力漏れやデータの不整合を防ぎます。
異動履歴・昇格降格の変遷・保有資格などを時系列で視覚的に確認できるタイムライン表示機能を搭載しており、感覚に頼らないデータドリブンな人材管理を実現できます。
KING OF TIME(キングオブタイム)（株式会社ヒューマンテクノロジーズ）
KING OF TIMEは1IDあたり月額300円という料金設計の中に、勤怠管理・人事労務管理・WEB給与明細配信のすべての機能が、追加料金なしで含まれています。
時間外労働が上限に達する前に管理者へ自動通知する機能や有給休暇の取得義務違反への警告機能が標準搭載されており、コンプライアンス上のリスクを排除できます。
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