スタートアップ向け経費精算システム5選！成長フェーズ別の選び方

従業員が10名を超え、Excelでの経費精算に限界を感じていませんか？「そろそろシステムを導入すべきか…」と考えつつも、どのタイミングで、どのツールを選べば良いのか判断できず、後回しになっている。これは、多くのスタートアップが直面する共通の課題です。しかし、この先延ばしこそが事業成長の足枷となりかねません。

本記事ではスタートアップにおすすめの経費精算システムを一挙ご紹介。企業の成長を加速させる「攻めの経費精算」を実現するための戦略的アプローチを徹底解説します。

スタートアップの経費精算は「従業員10名」が分岐点

スタートアップが直面する経費精算の課題は、事業フェーズに応じてその性質を変化させます。結論から言えば、「従業員10名の壁」を超える前に、自社の成長フェーズに合ったシステムを導入し経営基盤を固めることが、その後の成長角度を大きく左右します。

システム導入は単なる守りの業務効率化に留まらず、迅速な経営判断を支え、資金調達を有利に進める「攻めの経営」への戦略的投資です。まずは、この全体像を掴んでください。

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自社がどのステージにいるのか、以下の4つの質問に答えるだけで即座に判断できます。

成長フェーズ別・課題と最適システムの早見表

企業の成長段階によって、抱える課題とシステムに求めるべき要件は異なります。

成功の鍵は「守り」と「攻め」の両立。システム導入がもたらす3つの経営メリット

経費精算システムの導入は、3つの側面から経営に直接的なメリットをもたらします。それは、単なる「守り」の効率化だけでなく、事業成長を加速させる「攻め」の武器となり得ます。

なぜ多くのスタートアップは経費精算で失敗するのか？ありがちな5つのケース

経費精算システムの必要性を感じながらも、導入に踏み切れない、あるいは導入したものの活用しきれないスタートアップは後を絶ちません。その背景には5つの共通項が存在します。これらの罠を事前に認識することが、失敗を回避する第一歩です。

Excel管理の限界。「見えないコスト」が経営を蝕む

手作業によるExcel管理は、一見コストがかかっていないように見えます。しかし、実際には「見えないコスト」が経営を静かに蝕んでいます。

バックオフィス担当者が抱える課題として「人手が不足している」（34.7%）、「仕事が属人化している」（30.8%）（※）が上位に挙げられる中、申請ミスの確認、差し戻し、月末の集計作業に費やす時間は膨大です。その時間は、本来事業開発や資金繰り計画に充てるべき貴重なリソースに他なりません。

「いつかやろう」の先延ばし。組織が拡大してからでは手遅れに

「もう少し組織が大きくなってから」という先延ばしは、最も陥りやすい罠の一つです。従業員が20名、30名と増え、Excel管理が完全に破綻してからシステムを導入しようとすると、遥かに大きな痛みを伴います。

従業員一人ひとりに染み付いた曖昧なルールを修正するには多大な労力が必要ですし、移行作業のコストも増大します。事業の成長カーブが急になる前に手を打つべきです。

法対応の漏れ。電帳法・インボイス制度を知らないままでは済まされない

法改正は待ってくれません。特に、専任担当者がいないスタートアップにとって、以下の2つは看過できない経営リスクです。

これらの法対応を手動で行うのは、もはや不可能です。最新の経費精算システムの多くはこれらの要件に標準対応しており、導入するだけでコンプライアンスリスクを劇的に低減できます。

ルール不在の無法地帯化。不公平感が組織のエンゲージメントを壊す

明確な経費精算ルールがない状態は、従業員間の不公平感を生み出し、組織のエンゲージメントを静かに破壊します。

「あの人の出張費は認められたのに、なぜ自分のはダメなのか」といった不満は、生産性を低下させるだけでなく、優秀な人材の離職に繋がる可能性すらあります。システム導入を機にルールを整備し、誰にとっても公平な運用を徹底することが、健全な組織文化の醸成に不可欠です。

どんぶり勘定。資金繰りの悪化が投資家からの信頼を失わせる

経費データがExcelに散在し、リアルタイムに把握できない「どんぶり勘定」は、スタートアップにとって致命的です。正確な予実管理ができなければ、資金繰りの予測が甘くなり、キャッシュショートのリスクが高まります。

また、投資家に対して、調達した資金がどのように使われているのかをデータに基づいて説明できなければ、次のラウンドでの資金調達は困難になるでしょう。

スタートアップにおける経費精算システムの選び方【5つの比較軸で解説】

スタートアップが自社に最適な経費精算システムを選び抜くためには、5つの明確な比較軸を持つことが重要です。機能の多さや価格の安さだけで選ぶのではなく、自社の事業フェーズと将来の成長性を見据えて、総合的に判断してください。

比較軸1：料金体系｜従業員の増減に強い「ユーザー課金」か「従量課金」か

スタートアップは従業員の増減が激しいのが特徴です。固定の月額料金制だけでなく、freee支出管理が採用するような、実際に利用した人数に応じて課金される「アクティブユーザー課金」や、ジョブカン経費精算のようなシンプルな「ユーザー課金」モデルも検討すべきです。自社の成長計画に合わせて、最も無駄のない料金体系を選びましょう。

比較軸2：機能性｜「必須機能」と「成長後に必要な機能」を見極める

多機能であるほど良いとは限りません。まずは、「申請・承認ワークフロー」「交通系ICカード連携」「会計ソフト連携」といった必須機能が備わっていることを確認します。

その上で、バクラク経費精算が得意とする「AI-OCRによる領収書読取り」や「法人カード連携」など、自社の課題を解決する機能を優先順位付けし、過剰なスペックに陥らないように注意してください。

比較軸3：操作性（UI/UX）｜ITリテラシーが高くない従業員でも使えるか

経費精算システムは、経理担当者だけでなく全従業員が使うツールです。導入事例からも「パソコンに不慣れな従業員でも使いやすいインターフェースだった」という声が成功の鍵として挙げられています。

導入を決める前に、必ず複数名の従業員を巻き込んで無料トライアルを実施し、誰にとっても直感的に使えるかを確認してください。

比較軸4：連携性｜現在利用中の会計ソフトとの連携は生命線

これは最も重要な比較軸と言っても過言ではありません。ある調査では、システムを導入したにもかかわらず8割以上の担当者が「業務負担が軽減されていない」と感じており、その最大の理由が「システム連携ができていない」（60.8%）（※）ことでした。

現在利用している会計ソフト（freee、マネーフォワードなど）とボタン一つで仕訳データが連携できるか、API連携が可能かは必ず確認すべき生命線です。

比較軸5：サポート体制｜専任担当者がいなくても導入を完遂できるか

バックオフィス専任者がいないスタートアップでは、導入時のサポート体制が成否を分けます。初期設定の代行や、社内説明会の開催支援など、手厚いオンボーディングサポートを提供しているベンダーを選びましょう。

導入実績が豊富な楽楽精算のようなサービスは、様々な業種の導入ノウハウを蓄積しており、心強いパートナーとなります。

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スタートアップ向け経費精算システム5選

ここまで解説した選び方を踏まえ、現在の市場でスタートアップに特に推奨される5つの経費精算システムを比較します。

楽楽精算｜あらゆる成長フェーズに対応する「優等生」

累計導入社数20,000社（※）という圧倒的なシェアを誇る、まさに経費精算システムの「優等生」です。その最大の強みは、企業の成長に合わせて柔軟に設定を変更できる高いカスタマイズ性にあります。

将来のIPOを見据え、複雑な承認フローの構築や内部統制の強化が求められるアーリー期からミドル期のスタートアップにとって、長期的に利用できる信頼性の高い選択肢となるでしょう。

「最初はシンプルに、組織拡大に合わせて機能拡張する」という運用が可能で、順次実施されているUI/UXの改善アップデートにより、ユーザーの使いやすさも追求し続けています。

※2025年9月時点

freee支出管理｜freee会計ユーザーなら「一択」のシームレス体験

既にfreee会計を利用しているスタートアップにとって、これは「一択」と言えるソリューションです。経費精算データが会計帳簿へ完璧に連携し、バックオフィス業務全体を一気通貫で自動化できる体験は他では得られません。

近年では、予算超過時にアラートを発する「申請制限機能」をリリースするなど、単なる効率化ツールから企業全体の支出を統制するプラットフォームへと進化しています。実際に利用したユーザー数のみに課金される「アクティブユーザー課金」モデルも、利用頻度に波があるスタートアップにとって無駄なコストを抑えられる合理的な料金体系です。

マネーフォワード クラウド経費｜MFシリーズ連携で経営を「見える化」

会計、請求書、給与計算といったマネーフォワード クラウドシリーズとの強力な連携を武器に、「経営の見える化」を強力に推進するツールです。経費データをリアルタイムで予実管理やキャッシュフロー分析に反映できるため、データに基づいた迅速な経営判断をしたいCEOや経営陣にとって、これ以上なく心強い味方となります。

特に、IT・メディア業界の株式会社カラダノート（従業員11〜50名）のように、複数製品を連携させてバックオフィス全体を自動化した事例は、多くのスタートアップが目指すべき理想像と言えるでしょう。

ジョブカン経費精算｜低コストで始めるなら最有力候補

「まずはコストを抑えてスモールスタートしたい」と考えるシード期のスタートアップにとって、最も導入ハードルの低い選択肢がジョブカン経費精算です。初期費用・サポート費用が0円、月額400円/ユーザー（税抜）からという業界最安クラスの価格設定が最大の魅力。

シリーズ累計25万社以上という圧倒的な導入実績が示す通り、シンプルで直感的な操作性は多くの企業に支持されています。Web制作会社の株式会社サービシンクがExcel管理から脱却し、作業時間を半減させた事例のように、「まずExcelから抜け出す」という最初のステップとして、十分な価値を提供してくれます。

バクラク経費精算｜AI-OCRで入力作業を「ゼロ」にする

高精度なAI-OCRによる領収書・請求書の読み取り性能で、「手入力からの解放」という明確な価値を提供する急成長中のシステムです。近年は、申請内容が規程違反でないかをAIが自動で指摘する「AI申請レビュー」といった生成AIを活用した先進的な機能開発で業界をリードしており、申請者・承認者双方の現場の負担を極限まで削減します。

JR九州エンジニアリング株式会社が法人カード連携によって処理工数を10分の1に削減した事例は、その効果を如実に物語っています。シリーズ累計導入社数は15,000社を突破しており、最先端の技術で業務効率化を追求したい企業から強い支持を集めています。

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導入で終わらせない！社内に浸透させるための4ステップ・ロードマップ

優れた経費精算システムを選定しても、それが社内に定着しなければ投資は水の泡となります。導入プロジェクトの成功はツールそのものの機能ではなく、周到な準備と計画的な展開にかかっています。ここでは、システム導入を単なる「導入」で終わらせず、全社的な業務改革へと繋げるための具体的な4ステップ・ロードマップを提示します。

Step 1: 目的の明確化とルール策定（導入1ヶ月前）

プロジェクトの成否は、この最初のステップで8割決まると言っても過言ではありません。まず、「なぜシステムを導入するのか」という目的を経営陣と徹底的にすり合わせます。

目的は「単なる業務効率化」に留めてはいけません。「迅速な経営判断のため」「内部統制強化による資金調達への備え」といった、事業成長に直結する戦略的な目的を言語化してコミットメントを得てください。これが、後のステップで発生するあらゆる意思決定の拠り所となります。

次に、これまで曖昧だった経費精算のルールを明文化した「経費精算規程」を作成します。これにより、全従業員にとっての公平性を担保し、承認者の判断基準を統一します。

Step 2: システム選定とトライアル（導入3週間前）

Step 1で定めた目的に基づき、本記事で紹介した比較軸を参考に、候補を2〜3社に絞り込みます。そして、ここからが重要なポイントです。必ず、経理担当者だけでなく、実際に経費申請をすることが多い営業担当者など、現場のメンバーを巻き込んで無料トライアルを実施してください。

導入の成功事例では「パソコンに不慣れな従業員でも使いやすいインターフェースだった」という声が必ず挙がります。全従業員が日々使うツールだからこそ、全員が納得できるシステムを選ぶことが、導入後のスムーズな浸透に不可欠です。

Step 3: 初期設定とデータ移行（導入1〜2週間前）

導入するシステムが決定したら、本格運用のための初期設定に移ります。設定すべき項目は、主に「勘定科目」「承認フロー（誰が、どの金額まで承認するか）」「従業員データ」の3つです。特に、バックオフィス専任者がいないスタートアップでは、ベンダーが提供する導入サポートを最大限活用することが成功の鍵です。

遠慮なく専門家の手を借り、自社の運用に最適な設定を効率的に完了させましょう。過去の経費データを移行する必要がある場合は、この段階でベンダーに対応方法を確認します。

Step 4: 社内説明会と運用開始（導入1週間前〜）

全従業員を集めて、システム導入の背景と目的、具体的な使い方に関する説明会を実施します。ここで重要なのは、単なる操作説明に終始しないことです。Step 1で明確化した「なぜ我々はこのシステムを導入するのか」という戦略的な目的を改めて共有し、全社的なプロジェクトであるという意識を醸成します。

そして、運用開始後の最初の1ヶ月は、手厚い質問対応期間としましょう。社内チャットに専用チャンネルを設けるなど、気軽に質問できる環境を整えることで、利用者の不安を解消し、スムーズな立ち上がりをサポートします。

まとめ：攻めのバックオフィスで、事業成長を加速させよう

スタートアップにとって、経費精算システムの導入は、もはや単なるコスト削減策ではありません。それは、Excel管理という「見えないコスト」から解放され、事業のコア業務に集中するための時間とリソースを生み出す、極めて重要な経営判断です。

「従業員10名の壁」は、事業が次のステージへ飛躍するための重要なサインです。このタイミングを逃さず、自社の成長フェーズに最適なシステムを導入することで、法改正への対応という「守り」を固めると同時に、リアルタイムなデータ活用による「攻めの経営」を実現できます。

この記事で紹介した診断チャートや比較軸が、貴社の最適な一手を見つけるための一助となれば幸いです。まずは自社の現状を診断し、気になったシステムの資料請求から始めてみてはいかがでしょうか。その一歩が、企業の未来を大きく変えるはずです。

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