勤怠管理システム導入に使える助成金を紹介！制度概要や申請の流れも解説

勤怠管理システムを導入し、　就業管理の手間やミスをなくして業務効率を図りたい事業者は多いのではないでしょうか。賢く導入したいのであれば、助成金や補助金の利用をおすすめします。勤怠管理システムのようなITソフトウェアを導入する際に申請できる助成金は「働き方改革推進助成金」、補助金は「IT導入補助金」のほか全国の自治体が提供している事業があります。それぞれに要件や給付額の違いがあるため、求める条件にあった助成金や補助金を申請しましょう。

この記事では勤怠管理システム導入で使える助成金・補助金を比較し、申請方法や期間なども詳しく解説します。特に、2024年も残りわずかとなった現在は受付の締め切りが迫っているため、助成金を検討している方は手続きを急ぐ必要があります。

勤怠管理システム導入に使える全国規模の助成金・補助金とは

勤怠管理システム導入に使える全国規模の助成金は「働き方改革推進支援助成金」、補助金は「IT導入補助金」です。どちらも一定規模以下の中小企業が対象となります。

「IT導入補助金」は勤怠管理システムを導入することで利用できる補助金です。審査に通る必要はありますが、導入費用だけでなく最大2年間の利用料に対する補助も受けられます。

「働き方改革推進支援助成金」は対象となる3つのコースのいずれかの成果目標を達成することで利用できる助成金です。勤務間インターバル制度の導入や時間外労働の削減など労働環境を改善することで、対象経費の3/4が支給されます。

IT導入補助金の概要

IT導入補助金には大きく4つの種類がありますが、そのうち勤怠管理システムの導入で利用できるのは通常枠だけです。通常枠の対象事業主や補助額、申請の流れについて解説します。

対象となる事業主

IT導入補助金を申請できるのは、資本金もしくは常勤の従業員のいずれかが、下表の規模より小さい中小企業です。

他に医療法人や学校法人・商工会・財団法人・非営利活動法人なども、従業員の規模によっては対象です。

加えて、小規模事業者は常勤の従業員の人数で、対象となる事業主かどうかが決まります。

勤怠管理システムを導入する場合の補助金申請額

申請者は、IT導入支援事業者により事前に登録されたITツールの中からITツールを選択し、交付申請をおこないます。勤怠管理システムは「大分類Ⅰ ソフトウェア」の「カテゴリー1 ソフトウェア」のさらに「共 P-05」という区分にあたります。

勤怠管理システム1つのみを導入する場合、補助金申請額は「5万円～150万円未満」に該当し、補助率は1/2以内です。詳しくは下記ウェブサイトの交付規程をご参照ください。

IT導入補助金の申請の流れ

IT導入補助金を申請するには、「gBizIDプライム」アカウントを取得し、「SECURITY ACTION」によって、情報セキュリティ対策に取り組む宣言が必要です。その後の手続きは以下の通りにおこないます。

手続きを進めるには、IT導入支援事業者から「申請マイページ」への招待が必要です。招待されると申請マイページから必要事項の記入や、書類のアップロードができます。

ただしIT導入補助金は常時申請できるわけではなく、各回で申請期限が決められています。IT導入補助金2024通常枠は最終回となる7次締切分を持って、受付を終了しました。

IT導入補助金の注意点

IT導入補助金ではIT導入支援事業者と相談してITツールを決定します。そのため、先んじてITツールを導入してしまうと補助金を受けられなくなるおそれがあります。

また、補助金を受け取るには事業実施後に実績報告をし、補助金交付後に事業実施効果報告を提出する必要があります。すぐに補助金を受け取ることができるわけではない点と補助金交付後にも効果報告が必要な点に留意しましょう。

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働き方改革推進支援助成金の概要

働き方改革推進支援助成金には4つのコースが用意されていますが、勤怠管理システムの導入が支給対象となるのは以下の3つです。3つのコースの対象事業主や補助額、申請の流れについて解説します。

対象となる事業主

「業種別課題対応コース」の場合、労働者数が300人以下もしくは資本金または出資額が3億円以下の建設業、運送業、砂糖製造業であることのほか、成果目標設定の条件を満たしている必要があります。また、病院の場合は労働者数が300人以下もしくは5,000万円以下の資本金を有することが条件です。

「労働時間短縮・年休促進支援コース」、「勤務間インターバル導入コース」の2つの対象となる事業主は以下の4種類に分類されています。資本金もしくは労働者数のどちらかを満たす必要があります。

どのコースも資本金もしくは常時雇用の労働者数のどちらかの要件を満たしていなければいけません。また、労働者災害補償保険の適用事業主であることや、助成金の交付時点で年5日の有給休暇取得に向けた就業規則等の整備も条件です。

各コースの助成額の目安

「業種別課題対応コース」と「労働時間短縮・年休促進支援コース」の助成額は（1）対象経費合計の3/4と（2）成果目標の上限額に賃金加算額の合計額を足したもののうち、低いほうが支給されます。

「勤務間インターバル導入コース」の助成額は対象経費の合計額に補助率3/4を乗じた額が助成されます。

各コースによって上限額など細かい要件が設定されているほか、達成する成果目標や雇用人数によっても額は変動するため、詳細は下記ウェブページの「働き方改革推進支援助成金」の項目をご参照ください。

働き方改革推進支援助成金の申請の流れ

働き方改革推進支援助成金は自社に合うコースと成果目標を決めたら、以下の手順で申請します。

1. 「交付申請書」を、最寄りの労働局雇用環境・均等部（室）に提出（締切：11月29日）
2. 交付決定後、提出した計画通りに取り組みを実施（事業実施は令和7年1月31日まで）
3. 労働局へ支給申請（申請期限は、事業実施予定期間が終了した日から30日後または令和7年2月7日のいずれか早い日となります。）

システムの導入といった助成対象の取り組みを実施し、支給を申請すると、助成金の受給の可否が決まります。

働き方改革推進支援助成金はどのコースも年度ごとに募集がかけられており、2024年度の申請受付は11月29日（金）までです。働き方改革推進支援助成金の支給対象事業主数は国の予算額に制約されることから予定より早く受付を締め切る場合もあるため、申請を考えている方は早めに対応しましょう。

働き方改革推進支援助成金の注意点

働き方改革推進支援助成金は、成果目標の達成度合いに応じて支給されます。そのため、勤怠管理システムの導入を考えている場合は、助成金に先行して出費が必要になります。勤怠管理システムを導入することで、本当に目標を達成できるかどうかも含めてよく検討しましょう。

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勤怠管理システム導入に使える地方自治体の補助金事業一覧

勤怠管理システム導入に利用できる助成金や補助金は、全国のさまざまな自治体や団体からも提供されています。2024年度の助成金事業のうち、10月時点でも受け付けているのは以下の通りです。お住いの自治体で今からでも助成金が受けられるか、探してみてはいかがでしょうか。

対象者の要件は複数あり、すべて満たさなくてはならない場合もあるため詳細については各自治体・団体のURLをご覧ください。

助成金を複数申請したい場合の注意点

助成金事業の中には、複数の団体から同じ趣旨の助成金・補助金を受けている事業者は申請できないと規定しているものもあります。たとえば、平塚市の中小企業等デジタル化支援補助金では、「国・県または市町村から補助金を受けている場合は補助対象外とする」と定めています。

そのため、事前に助成金の規約をよく確認し、重複して申請できるのか、一つに絞るのであればどれを申請するのか計画しておくことが肝心です。

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