おすすめ勤怠管理システム徹底比較

「システムの連携ができず、有給休暇の日数や残業時間を1項目ずつ書き出すのは手間だ」

「勤怠データを1件ずつExcelに打ち込む作業から解放したい」

「上場準備に備えて正確な工数管理を行いたい」

現場が抱えるこうした悩みを解消するのが勤怠管理システムです。手作業による転記やデータ出力を自動化することで、入力ミスや改ざんを防ぎ、業務の透明性を底上げします。

勤怠管理システムの特徴について、費用相場や選び方を含めて紹介します。

勤怠管理システム選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。従業員数などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりのサービスを最短1分で自動診断。理想の勤怠管理システムが見つかります。

勤怠管理システムとは、従業員の勤務状況を可視化する仕組みです。給与計算や会計ソフトとの連携で業務フローを簡素化できるだけでなく、人事情報との連携により、入退社や異動にともなうデータ更新、組織変更にも柔軟に対応できます。

近年では、スマートフォンやチャットツールからの打刻、AIを活用した顔認証など、新しい技術を取り入れたシステムも増えています。セキュリティが重視される金融・製造業から、現場作業が多い建設・工事業まで、幅広い業界で活用されています。

勤怠管理システム導入検討企業で多い業種は？

ミツモアにおいて勤怠管理システムの問い合わせが実際に多かった業界（2026年1〜3月）を紹介します。

• 医療・福祉：18.8％
• 建築・工事：16.7％
• 飲食：11.8％
• サービス：11.1％
• 小売・卸売：10.5％
  

医療・福祉や建設・工事といった、シフト勤務や事業所外での業務が多い業種が上位を占めています。従業員一人ひとりの正確な労働時間を、手作業で管理することに限界を感じている企業が多いことがうかがえます。また、飲食業やサービス業、小売・卸売業も多く、複雑な人員配置の管理も共通の課題となっているようです。

勤怠管理システムを検討しているユーザー動向をレポートにまとめています。製品選びの参考にしてください。

▶勤怠管理システム導入検討ユーザーの動向とは【アンケート調査】

主要な勤怠管理システムについて、料金の目安やサポート体制を含め、ポイントを比較表にまとめました。自社が抱える課題と照らし合わせながら、確認しましょう。

※料金は従業員数や契約プランによって変動します。正確な料金は必ず公式サイトにてご確認ください。

※2026年4月（ミツモア調べ）

勤怠管理システムの導入にかかる費用は、現在主流のクラウド型か、自社でサーバーを構築するオンプレミス型かによって大きく異なります。それぞれの料金体系と費用相場を解説します。

クラウド型の費用相場

クラウド型の費用は、主に「初期費用」「月額利用料」「オプション料金」で構成されます。

■初期費用

多くのサービスで無料～3万円程度が目安です。自社で設定を行う場合は費用がかからないことが一般的ですが、設定サポートや研修などを依頼すると3万～5万円程度の追加費用がかかることもあります。

■月額利用料

従業員1人あたり月額200円～400円ほどが相場です。基本的な機能はこの範囲で利用できますが、シフト管理など高度な機能が必要な場合は、少し高めのプランを選択するケースが多く見られます。

■オプション料金

ICカード打刻や給与計算ソフトとの連携といった機能を追加する場合、1人あたり月額50円～150円ほどの追加料金がかかることがあります。また、ICカードリーダーなどの専用機器を導入する場合は、別途で機器の購入費用が必要です。

オンプレミス型の費用相場

自社サーバーにシステムを構築するため、初期費用が高額になる傾向があります。

■初期費用

システムのライセンス費用やサーバー購入費、設定費用などを合わせて、100万円～200万円程度が一般的です。

■保守費用

月額利用料はかかりませんが、システムのメンテナンスやサポートのために、導入費用の10%～15%程度を年間の保守費用として支払うのが一般的です。

■オプション料金

機能の追加や独自のカスタマイズを行う際には、1項目あたり5万円～30万円程度の追加費用が発生することがあります。

無料で利用できる勤怠管理システムでも運用できる？

従業員数が10名以下など、ごく小規模な事業所で、まずは紙のタイムカードから卒業したいという場合に無料で利用できる勤怠システムが適しています。主な目的が「出退勤時刻をデジタルで記録すること」であれば、基本的な打刻や集計機能で十分な場合があります。

しかし、無料プランにはいくつかの重要な制限があります。利用できる従業員数が10名や30名までといった上限が設けられていることが多く、複雑なシフト管理や給与計算ソフトとの連携といった、業務効率を大幅に改善する機能は利用できません。

さらに、法律で義務付けられている3～5年間のデータ保存期間を満たせなかったり、トラブル発生時に電話サポートが受けられなかったりするケースがほとんどです。

一方で、有料プランでは月々の費用が従業員1人あたり200円～500円程度から始められるものも多いです。給与計算との連携による本格的な業務効率化を目指すのであれば、機能やサポートが充実している有料プランの方が、費用対効果の高い選択となるでしょう。

勤怠管理システムは多種多様で、自社に合わないものを選ぶと、かえって業務が煩雑になることもあります。ここでは、自社に最適なシステムを選ぶための重要なポイントを解説します。

システムに求めるのは勤怠管理だけか、人事労務全体か

まず最初に、「勤怠管理」という単一の課題を解決したいのか、それとも「給与計算や労務手続きまで含めた人事領域全体」を効率化したいのかを明確にしましょう。

もし課題が勤怠管理に限定されているなら、勤怠機能に特化したシステムが候補になります。しかし、給与計算や年末調整なども含めて見直しを考えている場合、勤怠管理、給与計算、人事労務管理などが一つのシリーズとして提供されている製品を選ぶと、データ連携がスムーズで、管理が非常に楽になります。

クラウド型かオンプレミス型かを選ぶ

勤怠管理システムの提供形態には「クラウド型」と「オンプレミス型」がありますが、現在ではクラウド型が主流となっています。

クラウド型は、サーバーの準備が不要で初期費用を抑えて短期間で導入できる手軽さが人気の理由です。法改正への対応もサービス提供元が自動で行うため、専門知識を持つ担当者がいなくても安心して利用できます。

一方で、オンプレミス型を選ぶ企業もあります。主な動機は、高いセキュリティを求める場合です。独自の就業規則に合わせた大幅なカスタマイズが必要な大企業などで、選択肢となることがあります。

自社の勤務形態や就業規則に対応できるか

自社の働き方にシステムが対応できるかを確認しましょう。正社員だけでなく、パート・アルバイトなど雇用形態が複数ある場合や、フレックスタイム制、シフト制、テレワークといった多様な勤務形態を運用している場合、それぞれに合わせた設定が可能かどうかが重要です。

特に、複雑な就業規則を持つ企業は、システムの柔軟性を慎重に評価する必要があります。

法令遵守（36協定など）をサポートする機能があるか

時間外労働の上限を定めた36協定の遵守は、企業にとって重要な法的義務です。違反した場合には罰則が科されるリスクもあるため、システムの機能でこれをサポートできるかは重要な選定ポイントです。

多くの勤怠管理システムには、従業員の残業時間が月の上限（原則45時間）に近づいた際に、本人や管理者に自動でアラート通知を送る機能が備わっています。この機能があれば、月末に集計して初めて上限超過に気づくといった事態を防ぎ、過重労働の防止にも繋がります。

従業員が使いやすい打刻方法があるか

従業員全員が毎日使うものだからこそ、打刻方法の選択肢は重要です。オフィス勤務が中心ならICカードや生体認証、テレワークや直行直帰が多いならスマートフォンアプリでの打刻が便利です。

特に、PC操作に不慣れな従業員が多い職場では、スマートフォンのアプリや、LINEなどのチャットツールを使った簡単な打刻方法が喜ばれます。不正打刻を防ぎたい場合は、GPS機能付きのスマホ打刻や、なりすましが不可能な生体認証が有効です。

無料で使える勤怠管理システムの利用も検討する

多くの勤怠管理システムには、数ヶ月間の「無料トライアル」を設けているので、積極的に活用しましょう。また期間の制限がない「無料プラン」を提供している製品もあります。

以下の記事では、無料プランを提供している勤怠管理システムを紹介するとともに、有料版の違いについても解説しています。ぜひ製品選びの参考にしてみてください。

関連記事：無料で使える勤怠管理システム13選！｜ミツモア

勤怠管理システム導入後も、人の手による作業は発生する

勤怠管理システムが自動化するのは、あくまでルール通りの計算や集計といった定型作業です。そのため、打刻忘れの修正や、イレギュラーな勤務への対応、申請内容の事実確認といった、人の判断が必要な業務は引き続き発生します。

初期設定の複雑さを軽視しない

勤怠管理システムの導入で最もつまずきやすいのが「初期設定」です。自社の複雑な就業規則（残業の計算方法、休暇ルール、シフトパターンなど）を、システムに正しく反映させる作業は、専門知識がないと非常に時間がかかります。

この作業を軽視すると、正しく労働時間が計算されず、導入前より混乱する事態になりかねません。「導入時の設定サポート」が充実しているベンダーを選ぶことは、特に労務に詳しい担当者がいない企業にとっては、機能そのものと同じくらい重要です。

導入を機に、曖昧な社内ルールの整理が必要

勤怠管理システムは、決められたルール通りにしか計算できません。そのため、部署ごとに存在する「ローカルルール」や、「慣例」といった曖昧な運用が残っていると、設定の妨げになります。

たとえば、「休憩時間の打刻は任意」「遅刻理由は口頭で報告」といったルールは、システム化を機に見直す必要があります。システム導入は、全社で勤怠ルールを統一し、公平な運用を再構築する絶好の機会と捉えましょう。

給与計算の正確性を担保できるか

正確な給与計算は、客観的で正しい勤怠データがあって初めて成り立ちます。集計ミスは給与の誤払いにつながり、従業員との信頼関係を損なう原因にもなります。

現在利用している給与計算ソフトと連携できる製品を選べば、勤怠データを自動で反映できるため、手作業による転記ミスを防ぎ、月末の集計作業を大幅に効率化できます。

給与計算を外部にアウトソーシングしている場合も同様です。委託先へ正確な勤怠データを提供できなければ、正しい給与計算はできません。システムを導入し、客観的な勤怠データをスムーズに共有できる体制を整えることが重要です。

給与計算アウトソーシングについての詳細は下記の記事をご参照ください。

▶【2026年】給与計算ソフト比較22選！おすすめ製品を最短1分で自動診断｜ミツモア　

▶【2026年】給与計算アウトソーシング比較19選！おすすめサービスを最短1分で自動診断｜ミツモア

勤怠管理システムは製品によって特徴や機能もさまざま。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。

そんなときはミツモアにおまかせ。最短1分の自動診断で、ぴったりの勤怠管理システムが見つかります。

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最大で5製品の診断結果をお届けします。検討していた製品だけでなく、思わぬ製品との出会いもあるかもしれません。

ミツモアなら、ぴったりの勤怠管理システムがすぐに見つかります。

ミツモアは、2026年1月から3月にかけて勤怠管理システムの導入を検討した担当者へ独自調査を行いました。アンケート結果をもとに、企業の具体的な実態やニーズを詳しく分析します。

調査期間：2026年1月1日～2026年3月31日

求められる打刻方法のトップは「モバイル」と「ビジネスチャット」

ミツモアの独自調査で、勤怠管理の打刻方法としてモバイル・タブレットやビジネスチャットを求める企業が半数を超えました。場所にとらわれない働き方の広がりが、打刻の主役を個人のデバイスへと移しています。

在宅勤務や現場作業が一般化し、正確な労働実態を把握するための仕組みが不可欠となりました。日常的なツールでの打刻は、業務の中断を防ぐだけでなく、専用機器の導入費用を抑えられる点も大きな利点です。

一方で、客観性の高いＩＣカードや、不正防止に長けた生体認証への需要も根強く残っています。特定の手段に限定せず、多様な働き方にあわせて複数の打刻方法を組み合わせられる仕組みが、現代の企業には欠かせません。

必須のアラート機能は「打刻忘れ」と「時間超過」

勤怠管理システムの役割は、単なる記録からリスク管理へと進化しました。今回の調査では、アラート機能のうち出退勤打刻忘れが52.0％、規定労働時間の超過が40.1％とニーズが突出しており、両者で全体の9割を占めています。

企業が求めているのは、集計の効率化ではなく問題の未然防止です。打刻忘れの通知は給与計算の正確性を高め、管理部門の確認作業を劇的に減らします。また、残業超過アラートは36協定違反を未然に防ぐ強力な予防策です。

法律違反が起きる前に対策を打てるようになり、企業の信頼を守ります。現代のシステムには、過去を記録するだけでなく、未来のリスクを自動で検知してコンプライアンスを維持する監視機能が欠かせません。

レポート機能に求められる3つの核心

勤怠管理システムに蓄積されたデータは、企業の意思決定や業務効率化に欠かせない資源です。調査では、レポート機能へのニーズとして「データ出力」「残業・時間外労働の表示」「労働基準法の違反チェック」の3つが上位を占めました。

データ出力は給与計算システムとの連携を可能にし、手作業によるミスを排除してバックオフィス業務を自動化することが可能です。残業時間の可視化は、部署ごとの負荷を把握する指標となり、適切な人員配置や従業員の健康管理といった経営判断に寄与します。そして法令違反チェックは、36協定の遵守を客観的に証明する「企業の盾」となり、行政調査への対応や社内監査の強化に繋がるでしょう。

現代の勤怠管理システムは単なる記録ツールにとどまりません。収集したデータを、実務の効率化、組織管理、法的防衛の３軸で活用するための戦略的なプラットフォームへと進化しています。

4割以上が「いい製品があればすぐ」導入したいという高い意欲

勤怠管理システムの導入意欲は非常に高く、調査では「いい製品があればすぐ」と答えた企業が4割を超えました。1年以内の導入を予定する層をあわせると全体の約7割に達し、多くの企業が具体的なスケジュールを描いています。

急ぎの背景には、働き方改革関連法への対応といった法的リスクの回避や、手作業による管理負担の限界があります。また、労働環境の整備は人材確保の面でも避けて通れず、アナログな管理を続けることは採用競争におけるリスクとなります。

一方で、約3割の企業は導入時期を未定としており、自社に最適な製品を見極めるための具体的な比較情報や投資対効果のデータを求めている傾向です。市場は成熟期を迎え、法改正という外圧によって顕在化した課題を即座に解決したいという、意欲の高い顧客層が形成されています。

勤怠管理の先に見る、バックオフィスDXの全体像

勤怠管理の次に導入を検討するサービスとして、半数以上の企業が労務管理システムを挙げました。これはバックオフィスのデジタル化において、勤怠管理が全ての基礎となるデータを握っているからです。

正確な労働時間の記録があれば、社会保険の手続きや給与計算の自動化がスムーズに進みます。各システムを連携させれば二重入力の手間が消え、担当者はより付加価値の高い戦略的な業務に注力できるようになるでしょう。

多くの企業は、まず勤怠で土台を固め、次に労務でペーパーレス化を図り、最後に給与計算を自動化するという手順を踏んでいます。勤怠管理システムの導入は、単なるツール導入ではなく、企業の将来に向けた成長基盤を築くための重要な第一歩です。