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金額や機能を比較して、ぴったりの製品を選びましょう
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「会計ソフトや電子契約システムごとに書類が分散していて、一元管理したい」
「電子帳簿保存法の対象書類が想定より多く、今の運用では対応しきれない」
「自社にとって専用システムが必要なのか、今のソフトの機能で十分なのか判断できない」
こうした課題を解決できるのが、電子帳簿保存システムです。各種書類を一元管理できる専用システムから、会計ソフトや経費精算システムに搭載された電帳法対応機能まで、自社の状況に合わせて選べます。
この記事では、電子帳簿保存システム28製品を比較し、自社に合った製品の選び方を解説します。

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電子帳簿保存システムとは、電子帳簿保存法に対応して請求書や領収書などの国税関係書類を電子データで保存および管理するためのシステムです。
電子帳簿保存法では、保存方法が以下の3つに区分されています。
電子帳簿保存システムには大きく分けて2つの種類があります。1つは書類の一元管理に特化した専用システム、もう1つは会計ソフトや経費精算システムに搭載された電帳法対応機能です。
専用システムは、複数のソフトに分散した書類を一か所に集約し、取引先名や日付での横断検索ができる点が強みです。一方、既存ソフトの電帳法対応機能は、現在の業務フローを大きく変えずに法令対応できる点がメリットです。
いずれのシステムも、AI-OCRによる書類の自動読み取りやタイムスタンプの付与、検索機能など、法令要件を満たしながら業務効率化を実現する機能を備えています。
ミツモアにおいて電子帳簿保存システムへの問い合わせが実際に多かった業界(2025年9~11月)を紹介します。
次点では不動産、医療・福祉と続きますが、業界問わず幅広い業界からの問い合わせが入っています。
事業社の規模に関しては、小規模事業者(10名以下)からの問い合わせが半数を超えています。
電子帳簿保存システムの料金体系は、製品によって大きく異なります。導入前に費用感を把握しておきましょう。
電子帳簿保存専用システムの多くは、月額料金制を採用しています。料金はユーザー数や保存データ量に応じて変動するプランが一般的です。企業規模が大きくなるほど扱う書類の量も増えるため、料金も高くなる傾向があります。
| 企業規模 | 月額料金の目安 |
| 小規模(数名~10名程度) | 数千円~1万円程度 |
| 中規模(~100名程度) |
1万円~5万円程度 |
| 大規模(100名以上) | 個別見積もり |
無料プランを提供している製品もありますが、保存件数やAI-OCRの利用回数に制限がある場合が多いため、自社の書類量を踏まえて確認しましょう。
会計ソフトや経費精算システムに搭載された電子帳簿保存機能は、基本料金に含まれているケースと、オプション料金が発生するケースがあります。
すでに業務システムを利用中の場合は、追加費用なしで電帳法対応機能を使えることもあるため、現在の契約内容を確認してみてください。
電子帳簿保存システムを選ぶ際は、自社の書類管理の状況や既存システムとの相性を踏まえて検討することが大切です。ここでは、専用システムの導入を判断するポイントと、選定時に確認すべき点を解説します。
以下に当てはまる場合は、専用システムの導入がおすすめです。
管理する書類が限られており、現在利用中のシステムで対応できている場合は、業務システムに搭載された電子帳簿保存機能で十分な可能性があります。
専用システムを導入する際は、すでに利用している会計ソフトや経費精算システムと連携できるかを確認しましょう。
API連携やCSV取り込みに対応しているか、連携可能なシステムの一覧を事前に確認しておくと、導入後の運用がスムーズになります。
電子帳簿保存専用システムへの移行をスムーズに進めるために、事前に確認しておきたいポイントを解説します。
複数のソフトに分散している書類を専用システムに集約する場合、どこまでの過去データを移行するかを決めておく必要があります。電子帳簿保存法では、国税関係書類の保存期間は原則7年間と定められています。この期間内の書類をすべて移行するのか、移行時点以降の書類のみを対象とするのかで、作業量が大きく変わります。
また、移行方法も製品によって異なります。API連携で自動取り込みできる場合もあれば、CSVや手動アップロードが必要な場合もあります。既存システムからエクスポートできるデータ形式と、新システムで受け入れ可能な形式が合っているかを事前に確認しましょう。
専用システムを導入しても、会計ソフトや経費精算システムなどの業務システムは引き続き使用するケースがほとんどです。そのため、各システムの役割分担を明確にしておかないと、「どの書類をどこに保存するか」が曖昧になり、保存漏れや二重管理が発生するリスクがあります。
例えば、「各業務システムで発生した書類は、月次で専用システムに集約する」「電子取引データは受領後すぐに専用システムへ保存する」など、運用ルールを具体的に決めておきましょう。
既存システムで付与されたタイムスタンプが、新システムへの移行後も有効かどうかを確認しておくことが重要です。移行の過程でタイムスタンプ情報が失われると、電子帳簿保存法の要件を満たせなくなる可能性があります。
また、検索要件(取引年月日、取引先、金額での検索)を満たすために必要な情報が、移行後も正しく引き継がれるかを確認しましょう。不安な場合は、導入前にベンダーへ問い合わせることをおすすめします。
電子帳簿保存システムは製品によって特徴や機能もさまざま。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。
そんなときはミツモアにおまかせ。最短1分の自動診断で、ぴったりの電子帳簿保存システムが見つかります。
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希望条件に沿った料金プランも製品と一緒に診断します。概算金額を見積もりからチェックして、理想のプランを探してみましょう。
最大で5製品の診断結果をお届けします。検討していた製品だけでなく、思わぬ製品との出会いもあるかもしれません。
ミツモアなら、ぴったりの電子帳簿保存システムがすぐに見つかります。

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