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金額や機能を比較して、ぴったりの製品を選びましょう
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「紙書類のファイリング作業に、毎月40時間もかかってしまう」
「一度格納した書類を探しすのに2・3日かかってしまい非効率」
「外部の貸倉庫に資料を保管するダンボールの保管料金を節約したい」
こうした課題を解決できるのが、電子帳簿保存システムです。AI-OCRによる高精度な書類の電子化から直感的な操作画面での保存・検索、スキャナ保存対応まで備え、企業の既存の業務フローに合わせて柔軟に導入できます。
この記事では、おすすめの電子帳簿保存システムを比較し、選び方のポイントを解説します。

電子帳簿保存システム選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。従業員数などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりのサービスを最短1分で自動診断。理想の電子帳簿保存システムが見つかります。
電子帳簿保存システムとは、企業が請求書や領収書などの国税関係書類を電子データとして保存・管理するサービスです。かつては紙やExcelでの手作業による管理が中心でしたが、現在では電子帳簿保存法やインボイス制度への対応を前提としたクラウド型システムが主流となっています。
消費税を含む金額の自動計算機能、見積書から請求書への変換機能、AI-OCRによる紙書類のデータ化機能などに対応し、単に書類を電子保存するだけでなく、記載ミスや計算間違いを防ぎ、どのスタッフがいつどのような内容で発行したかを可視化し、月末月初の業務負荷を軽減する役割を担っています。
ミツモアにおいて電子帳簿保存システムへの問い合わせが実際に多かった業界(2025年5~7月)を紹介します。
次点では不動産、医療・福祉と続きますが、業界問わず幅広い業界からの問い合わせが入っています。
事業社の規模に関しては、小規模事業者(10名以下)からの問い合わせが半数を超えています。
電子帳簿保存システムはPDF形式に対応していることが多いですが、電子帳簿として保存するファイル形式はExcelやWord、JPG、PPTなど多岐にわたる場合もあります。
また取引先が電子化に対応していない場合は、紙の文書でのやり取りが発生します。全ての書類を電子化する場合は、予めスキャンしたデータにタイムスタンプの付与や訂正削除履歴が残るかといった電子帳簿保存法の機能要件への対応を確認するとよいでしょう。
国税関係書類は請求書や契約書、納品書、見積書などさまざまです。法改正へ適宜対応していることはもちろん、国税書類を管理する機能が搭載されているかや運用のしやすさを事前に確認しておくと良いでしょう。なかには無料トライアルが設けられている製品もあるので、自社の目的を明確にしたうえで導入前に試してみることをおすすめします。
電子書類の処理は多くの企業で毎日発生する業務です。取引先の増加に伴って書類数も増加するため、遅延やミスを起こさないための対策が必要になります。読み取りや処理に時間がかかると、その間業務が止まり大きなストレスになるでしょう。
また回線の処理速度が遅い場合や、サーバの負荷増加により処理速度が低下します。そのため回線速度の早いシステムやサーバ負荷を軽減する機能のあるシステムを選ぶと良いでしょう。クラウドタイプを採用した場合はファイルの膨大によるサーバーの圧迫を防げます。
すでに請求書や領収書発行システムを導入している場合は、既存のシステムと連携できるかを確認しましょう。また経理、財務システムや勤怠管理、経費管理アプリなどと連携できるタイプなら、稟議や申請、承認ワークフローの構築が可能です。
幅広いアプリやシステムに対応している製品がある一方、同一シリーズとのシステムとだけ互換性を持つ製品もあります。そのためすでに導入しているシステムや、今後導入を検討する可能性のあるシステムまで対応しているかを予め確認する必要があるでしょう。
国税関係書類には企業の取引状況などの機密情報が記載されています。電子帳票保存システムで業務を効率化できても、セキュリティ対策が万全でないと情報漏えいなどの大きな事故につながります。自社の情報を守るために高度なセキュリティ対策が実現できるシステムを選びましょう。
たとえば担当者が許可した人しか閲覧及びダウンロードができないように閲覧を制限する機能や、システムを操作した履歴が残るログ管理機能があると安心です。中には保存したファイルを自動的に暗号化してくれるシステムもあるため、万一帳票が外部へ持ち出されたとしても情報が漏れることはありません。
データセンターに保存するタイプのシステムではデータのバックアップや監視体制が充実している製品を選ぶと安心です。セキュリティ規格の認証を得ているかも併せて確認しておきましょう。
経理が扱う書類は日々発生し、膨大な量になります。紙管理の状態だとそれらをファイリングした中から探し出さなくてはなりません。きちんと整理していても保管場所へ移動し、さらにファイルをめくって探し出すのは容易ではありません。
しかし書類の電子化がおこなえるシステムを導入すれば、簡単に帳票を管理できます。検索機能を活用して必要な時にすぐに書類を探せるようになったり、帳票の取込や仕訳を自動化したりと業務効率化に役立ちます。また書類のデータ化により、他部署や支店を跨いだ共有もしやすくなるでしょう。
従来の紙ベースの運用では用紙代や印刷代、印紙代、郵送費など多くの固定費がかかっていました。法令で定められた期間書類を保存しておくために、書類保管サービスを利用して業務を外部委託している企業も多いのではないでしょうか。
電子帳票保存システムでは帳票の電子化ができるため、原本の保管が必要なくなり完全ペーパーレス化が実現します。印刷代などの経費削減や保管場所のリソース軽減にもつながります。
書類を紙で保存している場合、紛失のリスクは避けられません。他の書類に挟んだのを忘れて紛失したり、間違えてシュレッダーにかけてしまったりといった過失はどの企業でもあり得ます。
しかし帳簿を電子保存していれば、紛失リスクが大幅に低減されます。受け取った書類を電子データ化し管理できれば、検索機能を使って探し出すのも容易になります。また紙の文書は災害時に焼失してしまう可能性が大いにあるため、クラウド上や堅牢なデータセンターへの文書の電子保存によって、災害時でも安全にデータを守れます。
紙の管理ではキャビネットに鍵を掛けたり監視カメラを設置したりといった管理方法に限られますが、電子帳簿保存法では文書の真正性の担保が問われます。そのためタイムスタンプの付与や訂正・削除履歴の保存が必須です。
そこで電子帳簿保存システムを導入すれば、文書の不正改ざんや差し替えが実質不可能になります。また閲覧や編集の権限を細かく設定できるシステムでは、さらに安全性が確保されます。暗号化やデータセンターでの監視など、外的要因から文書を守れる製品もあり、セキュリティ強化が実現します。
取引先から送付された帳票や作成した帳票をシステムへ登録します。登録方法はフォルダへ入れるだけすむものや、アップロードページへのアクセスやメール送信が必要になるものなど製品によってさまざまです。
また登録する際に必要な取引先名や取引日、金額などをAIーOCRで自動入力できたり、オペレーターに任せられたりするサービスもあり、登録作業の手間が省けます。自動でフォルダ分けをおこなう機能を搭載している場合はより効率的に業務を進められるでしょう。
スキャンした文書や電子取引情報を電子帳簿保存法の要件を満たして保存するにはタイムスタンプの付与が必要です。タイムスタンプは刻印された日時以前に文書が存在し、スタンプ刻印後に改ざんされていないことを証明するものです。
Adobe Readerを用いてタイムスタンプを付与する方法がありますが、個別の設定や改ざんの検証などに大きな手間がかかります。電子帳簿保存システムに備わっているタイムスタンプ機能の多くは、文書の登録と同時に自動的に付与されるため業務を大幅に削減できます。
登録された帳票を種類別や取引先別などに分けて管理する機能があります。電子帳簿保存法に定められた保存要件に基づいて管理されるため、データの可視性が保たれ、詳細な検索が可能です。
検索機能は取引先や取引日、金額などの項目ごとに利用できるほか、串刺し検索や全文検索に対応しているシステムもあります。必要な書類がすぐに見つかるため、業務時間の短縮につながるでしょう。
文書を改ざんや情報漏えいから守るため、閲覧やダウンロードの制限がかけられます。中にはデータを暗号化して保存するシステムも存在し、より高度なセキュリティが実現できます。他にも操作ログを取得して、不正に対する監視体制を強化できる製品もあります。
印刷代や保管にかかる経費は削減されますが、システムの導入には月々の利用料が必要になります。製品によっては導入時に初期費用がかかることもあるでしょう。またオプション機能の追加で価格が上がるかどうかも確認が必要です。導入の際には今後必要になるランニングコストも検討する必要があります。
費用をあまり掛けられないならまずは無料のシステムで試し、段階的に導入するのもひとつの手です。
これまで慣れ親しんだ業務フローの変更には、担当者に大きなストレスがかかります。なるべく混乱を少なくするためには操作性がシンプルなものや、作業工数が少なくて済むものを選ぶといいでしょう。
電子化に伴い既存フローが変わっても、工程が減ればそれだけ早く慣れることができます。今よりも良い方向への変更であれば、担当者のストレスを最小限に抑えられます。
紙保管よりもセキュリティを担保しやすいとは言え、データが破損したりハッキングにあってしまえばひとたまりもありません。システム障害が起こってしまった際は復旧まで書類にアクセスできなくなります。
そのためバックアップ体制がしっかりしているシステムやセキュリティ認証を受けている製品を選びましょう。またサービスの提供元が倒産した場合もデータの復旧が困難になるため、実績や運営会社を調べておくと安心です。

電子帳簿保存システムは製品によって特徴や機能もさまざま。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。
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最大で5製品の診断結果をお届けします。検討していた製品だけでなく、思わぬ製品との出会いもあるかもしれません。
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