経理代行比較おすすめ30選

「日々の業務に追われ、マニュアル整備の時間を確保できない」

「担当者が休むと業務が止まってしまい、特定の人への依存から抜け出せない」

「経費精算ソフトを導入したが、入力や確認作業の手間が減らない」

こうした課題を解決できるのが、経理代行です。近年は従来の代行サービスに加え、経費精算ソフトと代行サービスが一体となった新しいタイプも登場しています。この記事では、おすすめの経理代行を比較し、自社に合ったサービスの選び方を解説します。

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経理代行とは、企業が経理業務の一部または全部を外部の専門チームに委託するサービスです。記帳代行や請求書発行などの日常業務の代行、多様な経理業務への柔軟な対応、仕事の手順を可視化する仕組み作りなど、幅広い業務がアウトソーシングできます。

また近年では、経費精算や請求書受領のソフトに代行サービスが組み合わさった新しいタイプも登場しました。こうしたサービスはBPaaSともいわれ、ソフトによる効率化と人による作業代行を組み合わせて利用可能です。さらに、AIによる仕訳の自動化やOCRによるデータ入力など最新技術の活用も進んでおり、処理スピードの向上や人的ミスの削減につながっています。

経理代行を活用することで、業務が特定の人に偏らない仕組みを作り、担当者の急な休職や退職でも業務が滞らない体制を実現できます。

経理代行を検討している業界とは？

2025年9月〜11月にかけてミツモアで実際に採用代行への問い合わせが多かった業界は以下となります。

• 小売・卸売：18.6％
• サービス：14.0％
• 製造：11.3％
• 医療・福祉：10.8％
• 建設・工事：10.0％

続いてIT・インターネット、不動産となります。事業規模に関しては、10名未満の事業者が半数を超え、50名～100名規模の事業者が続きます。

経理代行の選定にお悩みの方はページ下に以下のようなコンテンツもございます。ご参照ください。

▶経理代行の費用相場

▶経理代行の選び方

▶経理代行のメリット

▶経理代行を導入する時の注意点

人気の経理代行のサービス対応を比較表にまとめました。比較検討にお役立てください。 (比較表は右にスクロールできます)

※ミツモア調べ(2025年12月現在)

※「－」はホームページに記載なし

経理代行の料金は、依頼する業務の範囲や企業の規模（仕訳数や従業員数）によって大きく変動します。ここでは、主な業務ごとの料金相場を解説します。

記帳代行

日々の取引を帳簿に入力する記帳代行は、多くの場合「仕訳数」に応じて料金が決まります。1仕訳あたり50円〜100円が一般的な相場です。月額固定制を採用している業者もあり、その場合は月100件までで10,000円前後が目安となるでしょう。

給与計算

給与計算は、従業員数に応じて料金が設定されるのが一般的です。1人あたり月額1,000円〜2,000円に、数千円〜1万円程度の基本料金が加わるケースが多く見られます。従業員10名の企業であれば、月額15,000円〜25,000円程度が相場となるでしょう。

年末調整

年末調整は、年に一度のスポット業務として依頼するケースが多い業務です。基本料金に加えて1人あたり1,500円〜2,000円の追加料金が発生するのが一般的ですが、給与計算を依頼している場合は基本料金が割引または無料になることもあります。

決算・申告業務

決算書の作成と税務申告は、年に一度の業務として依頼します。料金は企業の売上規模などによって変動しますが、1回あたり10万円〜20万円程度が一般的な相場です。なお、税務申告は税理士の独占業務のため、税理士資格を持つ業者か、税理士と提携している業者に依頼する必要があります。

BPaaSの場合

経費精算ソフトや請求書受領ソフトに代行サービスが組み合わさった「ソフト一体型サービス」の場合、料金体系が異なります。ソフトの月額利用料に加えて、処理件数に応じた従量課金が発生する形態が一般的です。月額利用料は1万円〜10万円程度と幅があり、処理件数や企業規模によって変動します。

なお、基本的にサービス提供会社のソフト利用が前提となるため、既存のソフトからの切り替えが必要になる場合があります。料金の詳細は各社への問い合わせをおすすめします。

経理代行サービスとBPaaSのどちらを選ぶか

経理代行には大きく分けて「経理代行サービス」と「BPaaS」の2つのタイプがあります。

■従来型の経理代行サービス

外部の専門チームに経理業務を委託する従来型のサービスです。幅広い業務に対応できる点が特徴ですが、業者によって対応可能な会計ソフトが異なるため、自社で使用しているソフトに対応しているか事前に確認が必要です。

■BPaaS

経費精算や請求書受領などのソフトに代行サービスが組み合わさったタイプです。ソフトと代行がシームレスに連携する点が強みとなっています。ただし、基本的にサービス提供会社のソフトを使用することが前提となるため、既存のソフトからの切り替えが必要になる場合があります。

また、サービスのタイプに関わらず、AI活用の有無もサービス選びのポイントです。近年は経理代行サービス、ソフト一体型サービスの両方でAIを活用したサービスが増えています。AIを活用したサービスでは、仕訳の自動化やOCRによるデータ入力により処理スピードが向上し、人的ミスの削減にもつながります。請求書や領収書の件数が多い企業では、大量のデータを効率的に処理できる点も魅力でしょう。

選び方の目安としては、既存の会計ソフトを変えたくない場合や幅広い経理業務を一括で依頼したい場合は「従来型の経理代行サービス」、経費精算や請求書受領など特定の業務を効率化したい場合や最新技術を活用したい場合は「ソフト一体型の経理代行サービス」が適しています。

委託期間や形態は自社に合っているか

「月末月初だけ」「決算期だけ」といった繁忙期のみのスポット利用か、通年での継続的な依頼か、自社のニーズに合った契約期間を選べるかを確認しましょう。

また、業務の進め方も重要な確認ポイントです。月に一度、領収書などを郵送して作業を代行してもらうだけのサービスなのか、クラウド会計ソフトなどを活用してリアルタイムで情報を共有し、密に連携できるサービスなのか。この違いは、経営判断のスピードに直結します。後者の場合、月次決算が数日で完了するため、ほぼ最新の業績データに基づいて重要な判断を迅速に下せるでしょう。自社がどちらの進め方を求めるのか、明確にしておくことが大切です。

委託先担当者の対応やサポート体制が整っているか

業者選びで最も後悔につながりやすいのが、コミュニケーションの問題です。契約後に「連絡が遅い」「相談しにくい」といった事態を避けるためにも、契約前にサポート体制をしっかり確認しましょう。

具体的には、電話やメール、チャットといった連絡手段と、その対応時間を確認することが重要です。業務の進捗や課題をどのように共有するのか、情報共有の仕組みについても事前に確認しておくと、スムーズな連携が期待できます。

依頼したい業務内容に対応できるか

税理士の独占業務である「税務申告」などを依頼したい場合は、税理士資格を持つ業者か、税理士と提携している業者を選びましょう。記帳代行はもちろん、請求書の発行および発送や売掛金の入金管理といった経理業務に付随する実務まで依頼したい場合は、それらの業務に対応可能か、オプション扱いになるのかを確認することが重要です。

利用実績と料金体系の確認する

実績の豊富さは信頼性の証ですが、単なる件数だけでなく、その「中身」を見極めることが重要です。例えば、「建設業の工事進行基準に対応できますか？」といった自社の業界特有の会計処理について具体的な質問をしてみましょう。業界への深い理解があるパートナーは、より的確なサポートが期待できます。

料金体系の確認も欠かせません。「経理業務一式」といった曖昧な見積もりではなく、何が基本料金に含まれ、どのような場合にオプション料金が発生するのか、書面で詳細に提示してもらいましょう。

関連記事：【2025年】経理アウトソーシングの人気ランキング！中小企業で人気のサービスは？｜ミツモア

税理士が対応しきれない細かな実務まで任せられる

顧問税理士の主な役割は、法律で定められた「税務申告」や「節税相談」といった専門的な業務です 。請求書の発行・発送や売掛金の入金管理といった日々の細かな実務までは、業務範囲外であったり、依頼すると料金が割高になったりするケースが少なくありません 。

経理代行は、税理士だけではカバーしきれないが事業運営には不可欠な実務を幅広く、依頼できるのが最大のメリットです 。 例えば、請求書の発行・発送を任せることで、営業担当者や経営者自身が手間のかかる作業から解放され、売上を上げるための活動に集中できます。また、売掛金の入金管理を委託すれば、回収漏れを防ぎ、自社の資金繰りを安定させることができます。

経営者が本来の業務に集中できる

日々の経理作業から解放されることで、経営者や従業員は、売上向上に直結する営業活動や新商品開発といった、本来注力すべきコア業務に時間とエネルギーを集中させることができます 。

経理の品質向上と迅速な経営判断が可能になる

経理代行に依頼するとプロがダブルチェック体制で業務を行うため、入力ミスや計上漏れといったヒューマンエラーを大幅に減らすことができます 。

毎月の業績をまとめた月次決算書（試算表）が迅速かつ正確に手元に届き、データに基づいた的確な経営判断を、競合よりも早く下すことが可能になります 。

担当者の退職リスクや業務の偏りを解消できる

「経理担当は一人だけ。もし急に辞めてしまったら、自社の経理が完全に止まってしまう」これは多くの中小企業が抱える大きなリスクです 。

経理代行会社は「組織」として業務を請け負うため、担当者一人の退職や休職で業務が滞る心配がありません。また、業務が標準化されることで、不正が起こりにくい透明な体制を築くことにも繋がります 。

複雑な法改正への対応を専門家に一任できる

インボイス制度や電子帳簿保存法など、年々複雑になる経理ルールへの対応は、専門家である経理代行に任せるのが最も確実で効率的です 。

請求書がインボイスの要件を満たしているかのチェックや、電子データの適切な保存といった、 面倒で時間のかかるコンプライアンス対応をまとめて委託できます 。

自社内に経理の知識が蓄積されにくい

経理業務を外部に完全に委託すると、社内に経理の実務知識や経験を持つ人材が育ちにくくなるという側面は否定できません。将来的に経理業務を自社で行う（内製化する）場合や、何らかの理由で委託先を変更する際に、業務の引き継ぎが難しくなります。

対策として、経理代行会社に業務フローを文書化してもらうことが有効です。あるいは、社内担当者の役割を単なる連絡窓口ではなく、提出されるレポートを分析し経営に活かす役割へとシフトさせ、分析能力といった新しいスキルを育成することも大切でしょう。

BPaaSを選ぶ場合は既存環境との整合性を確認する

ソフト一体型の経理代行サービスを導入する場合、基本的にそのサービスのソフトを使用することが前提となります。既存の会計ソフトや業務フローからの切り替えが必要になる場合があるため、導入前に以下の点を確認しておきましょう。

• 既存の会計ソフトとのデータ連携は可能か
• 切り替えに伴う移行作業やデータ移行の対応はあるか
• 社内の他システムとの連携に影響はないか

情報漏えいのリスク管理が不可欠になる

企業の財務状況や従業員の給与情報など、機密性の高い情報を外部の業者に預けることになるため、情報漏えいのリスクは常に考慮しなければなりません 。セキュリティ体制が不十分な場合、重大な問題に発展する可能性があります。

契約前には「プライバシーマーク」や「ISO27001（ISMS）」といった第三者認証を取得しているかを確認することが、信頼性を判断する一つの基準となります 。また、秘密保持契約（NDA）の内容をしっかりと確認し、データの取り扱いに関するルールが明確になっているかを確認することも重要です 。

経理代行会社とのコミュニケーション不足が業務の非効率を招く

経理代行会社とのコミュニケーションが円滑でないと、認識のズレから業務に支障が出ることがあります。経理代行の導入でよくある失敗例の一つです 。例えば、新規事業の開始や役員報酬の変更といった重要な情報が業者に正確に伝わっていないと、会計処理のやり直しや、最悪の場合、追徴課税などの問題につながる可能性があります 。

対策としては、契約前に定例ミーティングの頻度や報告の形式、連絡手段（電話、メール、チャットツールなど）といったコミュニケーションのルールを明確に決めておくことが挙げられます 。

顧問税理士がいる場合は連携体制の構築が不可欠

顧問税理士がいる場合に経理代行を導入する際は、三者間の連携体制を事前に構築することが、経理代行導入を成功させるカギです。これを怠ると、かえって業務が非効率になる可能性があります。

まず顧問税理士に事前に相談し、理解を得ましょう。次に、役割分担を明確にします。例えば「日々の記帳や請求書発行は経理代行」「税務申告や専門的な判断は顧問税理士」といったように、誰が何に責任を持つのかを文書で決めておくと、業務の抜け漏れを防げます 。

最後に情報共有のルールを統一します。自社内に連絡窓口を一本化し、クラウド会計ソフトなどを活用して三者全員がリアルタイムで同じ情報を共有できる体制を築くのが理想的です 。

経理代行は事業者によって特徴や機能もさまざま。「どのサービスを選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。

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