年末調整ソフト比較おすすめ16選

「書類配布準備だけで5人体制で3日間かかっている」

「1000人分のデータを給与計算ソフトに1人で入力・反映で毎年残業が常態化している」

「年末調整書類を記入できず、人事担当者が代理で記入する作業が発生している」

年末調整ソフトであれば、書類のペーパーレス化からデータの自動連携、業務の標準化まで、企業の労務体制に合わせて対応できます。この記事では、おすすめの年末調整ソフトを比較し、選び方のポイントを解説します。

年末調整ソフト選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。従業員数などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりのサービスを最短1分で自動診断。理想の年末調整ソフトが見つかります。

年末調整ソフトとは、従業員や労務担当者が年末調整業務をインターネット上で完結できるソフトです。従業員による申告書のオンライン入力、控除証明書のAI-OCR読み取り、給与計算ソフトとのデータ連携、法改正への自動対応ができます。

手入力による転記作業の削減や業務の属人化解消、残業時間の大幅な削減など、人事労務部門の働き方改革を支援支援します。

関連記事：年末調整とは何なのかを簡単にわかりやすく解説！やり方の手順や必要書類も紹介｜ミツモア

手作業による年末調整との違い

手作業での業務と年末調整ソフトを使った場合の違いについて解説します。以下に記載のとおり、多くの時間を費やしていた単純作業やチェック業務から解放されます。

年末調整ソフトの中から、導入実績が豊富で、機能と使いやすさのバランスに優れた代表的な5つの製品をピックアップしました。どのような特徴を持っているのか、一覧で比較してみましょう。

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年末調整ソフトの3つタイプ

比較表から分かるように年末調整ソフトは大きく3つのタイプに分けられます。

①労務管理／バックオフィス統合型（SmartHR、 マネーフォワード、freee）

年末調整だけでなく、入退社手続きや給与計算、会計といった周辺業務までを1つのプラットフォームでカバーするタイプ。業務全体の効率化を目指す企業向けです。

②給与計算一体型 (弥生給与 Next)

給与計算ソフトの中に年末調整機能が標準搭載されているタイプです。毎月の給与計算と年末調整のデータをスムーズに連携させたい企業に適しています。

③特化型(オフィスステーション)

年末調整業務に特化した機能を持つタイプ。既存の給与計算システムなどはそのままに、年末調整業務を部分だけ見直したい企業向けです。

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年末調整ソフトを選ぶとなると、「何を基準に比べればいいのか分からない」と悩んでしまいがちです。製品選びに欠かせない7つのチェックポイントを紹介します。

①操作の簡単さ（従業員・管理者）

どんなに高機能でも、使いずらければ定着しません。ITツールが得意でない従業員や、初めてシステムを触る担当者でも直感的に使えるかは重要です。

無料トライアルやデモ画面を試し、実際に両方の画面を操作してみましょう。従業員側と管理者側でシミュレーションしてみるのが効果的です。

• 従業員側：アンケート形式で答えてるだけで申告が完了するか？専門用語が多用されていないか？スマートフォンでの表示や操作はしやすいか？
• 管理者側：ダッシュボード（管理画面）が見やすいか？誰が未提出で、誰の書類に不備があるか、といった進捗状況が一目で分かるか？

②法改正への対応の迅速性・確実性

税制は毎年変わる可能性があります。法改正に迅速かつ正確に対応してくれるかは、業務の根幹を担う重要なポイントです。

導入実績が豊富で、長年サービスを提供している製品であれば、法改正対応のノウハウも蓄積されているため、信頼性が高いといえます。公式サイトのニュースやブログで、過去の法改正にどのように対応してきたかを確認するのも良いでしょう。

• 対応スピード：法改正発表以降、どれくらいのスピード感でシステムがアップデートされるか？
• 情報透明性：どの法改正に対応しているのか、ユーザー向けにお知らせや解説があるか？

③既存システム（給与計算ソフトや勤怠管理システム）との連携性

すでに給与計算ソフトや勤怠管理システムを利用している場合、スムーズに連携できるかは、業務効率を大きく左右します。

公式サイトで連携対応ソフトを確認しましょう。記載がなくても日々対応できる製品数が増えている可能性も多いにあるので相談してみましょう。

• 連携方法：API連携か？CSV連携か？
• 既存システム：自社で利用しているシステムは連携対象か？

④サポート体制の充実度

運用初期や繁忙期にトラブルやエラーは発生するものです。「いざという時」に頼れるサポート体制があるかは、初めてシステムを導入する企業にとってはかかせません。無料トライアル期間中に、実際にサポートへ質問をしてみて、返信スピードや丁寧さを確認するのも1つの方法です。

• チャネル：問い合わせ方法（メール、チャット、電話）は？緊急時の連絡手段は？マニュアルやFAQ、動画コンテンツはあるか？
• 対応時間：平日の日中だけか？土日や夜間も対応しているか？

⑤セキュリティ・データ保護機能

従業員のマイナンバーや給与データといった機密性の高い個人情報を取り扱うため、セキュリティ対策は妥協できません。セキュリティポリシーに関するページを確認して、社内外の関係者に相違がないか相談しましょう。企業によってセキュリティ要件はことなります。

• 認証・証明：第三者機関によるセキュリティ認証（ISMS認証やプライバシーマークなど）を取得しているか？通信の暗号化（SSL/TLS）、IPアドレス制限、操作ログ保存の機能があるか？

⑥費用対効果やコストパフォーマンスは妥当か

月額料金の安さだけで選ぶのは注意が必要です。自社の規模や必要な機能と照らし合わせて、総額で判断しましょう。

• 料金体系：どこからが追加料金になるのかが明確か？従業員数や利用機能に対して、無駄のない料金プランになっているか？

⑦導入・運用開始までのスピードは適切か

「すぐ利用したい」という緊急の場合、担当者が多忙で導入に時間をかけられない場合、導入の手軽さは重要です。「最短即日で利用開始」と記載のあるサービスもみられますが、選定する際には注意が必要です。

一方、年内スケジュールにあわせるのであれば、その年の7月〜9月頃から検討するが一般的です。製品選定から設定、従業員への周知まで準備期間が必要です。年末調整で利用する各種申告書の様式は、国税庁から例年9月頃に正式に公開されます。

多くの企業では、この様式が確定する秋口から本格的な準備期間に入ることを考慮しても、夏場からの動きが適しています。

• 導入プロセス：申込みから利用開始までのステップは適切か？
• 初期設定：CSVで従業員情報を一括登録できるか？設定ウィザードのようなガイド機能はあるか？

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年末調整ソフトの費用は、利用する従業員数に応じた「従量課金制」が主流です。企業の規模別に、おおよその月額・年額の費用相場を紹介します。

年末調整ソフトの料金は、主に以下の要素で構成されています。料金を比較する際は、月額料金の安さだけでなく、従業員数で利用した場合の総額で判断することが重要です。

• 初期費用：カスタマイズや導入支援が必要な場合に費用が発生
• 月額/年額費用：基本料金（従業員数に応じた利用料が一定）
• 従量課金（ID料金）従業員数がプランの上限数を超えた場合、追加で発生
• オプション料金：運用サポートや運用研修、データ移行など追加で発生する費用

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大幅な業務効率化を実現できる

年末調整ソフトが税額や控除額を自動計算するため、担当者の手計算によるミスやExcelへの転記ミスといったヒューマンエラーを減らします。

従業員はアンケートのように質問に答えるだけで申告が完了します。入力内容に不備があれば、システムが自動でエラーを検知。インターネット上でやりとりするため、目視で確認し付箋を貼って差し戻すといった煩雑な作業がなくなります。進捗もリアルタイムで管理できるため、未提出者への督促も効率的におこえます。

年末調整業務が効率化されることで生まれた時間を、採用計画や制度設計、従業員エンゲージメント向上施策といったより戦略的な人事・労務業務に充てることが可能になります。

ペーパーレス化による経費削減とセキュリティ向上

申告書や源泉徴収票の印刷代、封筒代、郵送費、そして長期の書類保管に必要なキャビネットや倉庫の費用といった必要経費を削減することができます。

紙の書類は紛失や盗難、情報漏洩のリスクもあります。インターネット上でデータを管理することで、アクセス制限や操作ログの記録などができるため、セキュリティ対策を向上することができるでしょう。

何より業務のペーパーレス化は、企業が取り組むべき環境活動の1つとして重要です。

法改正への対応ができる

近年の税制改正は複雑化しています。定額減税（2024年）のような臨時かつ複雑な対応が求められる年では、手作業での正確な対応は困難を極めます。昨今、議論になっている扶養控除の見直しや住宅ローン控除の制度変更など法改正の話題はつきません。

法改正の間違った計算式で処理してしまう、古い様式の申告書を使ってしまうといったミスも起こりがちです。税務署からの指摘や追徴課税に直結しまいかねません。クラウド型の年末調整ソフトであれば、法改正に自動で対応できます。

従業員のエンゲージメント低下を防げる

年末調整は年に一度、全従業員が対応しなければならない手続きです。手書きの書類を提出する、不備があれば戻して再度対応しなければならないという体験は、「うちの会社は遅れている」という印象を与えかねません。

実際、年末調整ソフトであれば、データで一括提出できる場合も多く、従業員の利便性は飛躍的に向上します。通勤中の電車内やテレワークなど場所を問わず申告作業ができます。管理者も自宅や出張先から進捗状況の確認や承認作業ができます。戻して再提出する際も、インターネット上で柔軟に進行すること可能です。

業務の属人化をなくし誰でも対応できる仕組みが構築できる

「この業務は、長年担当している〇〇さんしか分からない」という状態は、非常に危険です。その担当者が、急に退職したり、病気で長期離脱したりした場合、年末調整業務が完全にストップしてしまう可能性があります。

引き継ぎが不十分なままでは、新しい担当者はゼロから業務を学ばなければならず、ミスや混乱を招くことは必至です。ソフトを導入し、業務プロセスをシステム化・標準化しておくことは、事業継続計画（BCP）の観点からも極めて重要です。

手作業には多くのリスクが伴いますが、解決策はソフト導入だけではありません。業務そのものを専門家に委託するアウトソーシングという選択肢もあります。ソフト導入（内製化）と比較検討したい方は、こちらの記事もおすすめです。

関連記事：【2025年】年末調整アウトソーシング比較11選！おすすめプランを最短1分で自動診断｜ミツモア

ここからは、よりあなたの会社の状況に合わせて、最適なソフトを見つけるためのコーナーです。まずは、業種ごとの特徴的な課題と、それに合ったおすすめのソフトをご紹介します。

製造業におすすめの年末調整ソフト3選

全員がPC環境があるわけではない製造業。誰でも直感的に使えるシンプルな操作性と、多拠点管理のしやすさが重要です。

サービス業におすすめの年末調整ソフト3選

アルバイトやパートの比率が高く、従業員の入退社が頻繁なサービス業。従業員情報の管理しやすさと変動する従業員数に柔軟に対応できる料金体系がポイントです。

IT・Web業界におすすめの年末調整ソフト3選

リモートワークが多く従業員のITリテラシーが高い業界。クラウドネイティブな設計、ほかの業務ツールとのAPI連携による拡張性が重視されます。

医療・福祉業界におすすめの年末調整ソフト3選

個人情報の取り扱いが特に厳格で、コンプライアンス遵守が最重要視される医療・福祉業界。セキュリティの信頼性、多様な職種の職員が迷わず使える分かりやすさが求められます。

会社の規模によって、年末調整ソフトに求める機能や価格帯は大きく変動します。従業員数別におすすめ年末調整ソフト紹介します。

従業員10名以下の小規模企業向け年末調整ソフトおすすめ3選

導入の手軽さとコストパフォーマンスが優先度が高い傾向にあります。多機能さよりも、とにかくシンプルで安価に始められることが重要です。

従業員11-50名の中小企業向け年末調整ソフトおすすめ3選

機能やコスト、サポートのバランスが重要です。将来的な従業員数の増加も見据えた選択が必要になります。

従業員51-100名の企業向け年末調整ソフトおすすめ3選

担当者の業務負荷がかなり大きくなる規模です。業務の自動化・効率化を徹底できる機能性や、しっかりとしたサポート体制が求められます。

従業員100名以上の大企業向け年末調整ソフトおすすめ3選

複雑な社内規定や承認フローに対応できる、高度なカスタマイズ性やセキュリティ要件を満たす必要があります。他システムとのAPI連携も重要な選定基準となります。

「解決したい課題」別におすすめの年末調整ソフトを紹介します。課題やニーズに近いものからチェックしてみてください。

「初めて導入」不安解消重視なら

「とにかくミスなく、確実に業務を終わらせたい」「操作でつまずきたくない」という、初めてシステムを導入する担当者や、ITに不慣れな方が多い企業におすすめのソフトです。サポートの手厚さと操作の分かりやすさが選定の鍵です

「とにかく安く」コスト重視なら

「多機能でなくてもいいから、できるだけ費用を抑えてペーパーレス化を実現したい」という、コスト意識の高い企業におすすめのソフトです。料金体系の安さと分かりやすさで選びました。

「業務効率化」機能重視なら

「年末調整だけでなく、給与計算や労務手続き全体を効率化したい」「手入力や二重管理をなくしたい」という、業務全体の生産性向上を目指す企業におすすめのソフトです。

年末調整ソフトの導入は、準備を始める時期によって、その進め方や得られる効果が大きく変わってきます。「夏から始める理想的な準備」「冬から始める緊急導入」それぞれのスケジュールやメリット・デメリットを解説します。

理想的な導入スケジュール（7月〜10月）

年末調整ソフトの導入準備は夏から始めるのが一般的です。余裕を持ったスケジュールは、導入の成功確率を格段に高めます。

スケジュール例

■メリット

• 複数製品をじっくり比較検討でき自社に最適なものを選べる
• 無料トライアルで機能を試せる、導入後のミスマッチを防げる
• 従業員への周知に時間をかけられるためスムーズな運用開始が可能
• 担当者の心理的負担が少なく落ち着いて業務に臨める

■デメリット

特にありません。強いて言えば、早めに計画と予算取りが必要です

緊急導入時のスケジュール例（12月〜）

「気づけばもう12月・・・手作業から解放されたい」導入リスクはありますが一例を紹介します。

スケジュール例

■メリット

• 手作業地獄の年末を、デジタル化された環境で乗り切れる
• 今年の経験を活かして次年度は万全の準備で臨める

■デメリット

• 比較検討の時間がなく機能や価格面で妥協が必要になる場合がある
• 導入作業が慌ただしく担当者の負担が大きい
• 従業員への周知不足から問い合わせが増える可能性がある。

準備は早ければ早いほどメリットしかありません。ただし11月や12月に入っていたとしても諦めるのは早いですが、どうしてもというときは緊急導入のポイントを押さえて、年末調整業務を乗り切りましょう。

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年末調整ソフトの導入を検討する際にみられる質問と回答をまとめました。

Q1.パソコンが苦手な従業員でも使えますか？

はい、多くのソフトがパソコンに不慣れな方でも直感的に使えるように設計されています。多くの製品は、アンケート形式で質問に答えていくだけで完了します。またスマートフォン対応しているため、普段スマホを使っている方であれば、スムーズに操作できるでしょう。

Q2. 導入までに一般的にどのくらいの時間がかかりますか？

企業の規模や準備状況によりますが、一般的には2ヶ月〜3ヶ月程度です。緊急の場合は最短1週間〜2週間で導入することも不可能ではありません。その際は、導入のしやすさやサポート体制が手厚いソフトを選ぶことが成功の鍵となります。

Q3. 給与計算ソフトと連携しないと使えませんか？

いいえ、そんなことはありません。「オフィスステーション」のような年末調整に特化したソフトであれば、今お使いの給与計算ソフトはそのままに、年末調整業務だけを効率化できます。多くの給与システムと連携できるよう、CSVファイルの出力機能などが充実しています。

Q4. 退職した従業員のデータはどうなりますか？

多くのクラウドソフトでは、退職した従業員のデータを「退職者」として区別し、在籍中の従業員とは別枠で管理できます。プランによっては、退職者は課金対象の従業員数から除外される場合もあります。源泉徴収票の作成なども問題なく行えますのでご安心ください。

Q5.法改正があっても追加料金なしで対応してくれますか？

はい、クラウド型の年末調整ソフトであれば、法改正に伴うシステムのアップデートに追加料金はかからないのが一般的です。月額の利用料に含まれた基本的なサービスです。ただし、自社独自のカスタマイズが必要になると別途費用が発生するケースもあるので事前に確認しましょう。

Q6.マイナンバーの管理もできますか？

はい、多くの年末調整ソフトにマイナンバー管理機能があります。高いセキュリティレベルで保護された環境でマイナンバーを収集・保管し、必要な帳票にのみ記載するといった対応が可能です。

Q7.導入後に操作が分からなくなったら、どうすればいいですか？

まずは、ソフト提供会社が用意しているオンラインマニュアルやFAQ、ヘルプページを確認しましょう。それでも解決しない場合は、契約しているプランのサポート窓口（メール、チャット、電話など）に問い合わせます。迅速な解決を望むなら、契約前に電話サポートの有無を確認しておくことが重要です。

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年末調整ソフトは製品によって特徴や機能もさまざま。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。

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