年末調整ソフト比較おすすめ17選

「書類配布準備だけで5人体制で3日間かかっている」

「1000人分のデータを給与計算ソフトに1人で入力・反映で毎年残業が常態化している」

「年末調整書類を記入できず、人事担当者が代理で記入する作業が発生している」

年末調整ソフトであれば、書類のペーパーレス化からデータの自動連携、業務の標準化まで、企業の労務体制に合わせて対応できます。この記事では、おすすめの年末調整ソフトを比較し、選び方のポイントを解説します。

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年末調整ソフトとは、従業員や労務担当者が年末調整業務をインターネット上で完結できるソフトです。従業員による申告書のオンライン入力、控除証明書のAI-OCR読み取り、給与計算ソフトとのデータ連携、法改正への自動対応ができます。

関連記事：年末調整とは何なのかを簡単にわかりやすく解説！やり方の手順や必要書類も紹介｜ミツモア

国税庁から提供されている「年調ソフト」との違い

「年調ソフト」は2020年10月より、年末調整の電子化を推進するため国税庁から無償で提供されている年末調整控除申告書作成用ソフトウェアです。申告書作成の基本的な機能を備えているうえに、控除証明書の電子添付やマイナポータルとの連携にも対応します。

ただし「年調ソフト」には従業員の提出進捗管理などデータの回収と取りまとめをおこなう機能はありません。またデータ連携ができる給与計算システムが限られるため、自社の環境に合わせて選ぶ必要があります。

年調ソフトを検討している企業で多い業界とは？

ミツモアにおいてeラーニングシステムの問い合わせが実際に多かった業界（2025年10～12月）を紹介します。

• サービス：21.5％
• 建築・工事：19.6％
• 小売・卸売：12.6％
• 医療・福祉：11.1％

サービス業や建築・工事といった、従業員数が多く雇用形態も多様な業種が上位を占めています。パート、アルバイトや契約社員など、年末調整の対象者が多岐にわたる企業ほど、紙ベースでの書類回収や確認作業に負担を感じていることがうかがえます。

また、年末調整ソフトの選定にお悩みの方はページ下に以下のコンテンツもございます。ご参照ください。

▶年末調整ソフトの選び方

▶年末調整ソフトのメリット

▶年末調整ソフトの機能

▶年末調整ソフトの費用相場

▶年末調整ソフトを導入する際の注意点

年末調整特化型か他のソフトに付随しているか

年末調整ソフトには年末調整の機能にのみ特化したタイプと、給与計算システムや人事・労務管理システム内の一機能として備えられているタイプがあります。すでに給与計算や人事・労務システムを導入していて年末調整機能のみを追加したい場合は、年末調整特化型のソフトを選ぶと良いでしょう。

ただしその場合は、既存のシステムとの連携が可能かを確認しておく必要があります。また給与計算システムや人事・労務システムをこれから導入する予定であれば、年末調整機能が付随したシステムを選ぶとよいでしょう。

従業員と管理者の双方にとって使いやすいシステムか

従業員と管理者のどちらにとっても使いやすいソフトであることが大切です。従業員にとっては申告書入力のしやすさを重視すると良いでしょう。入力時にガイドやヘルプが表示されたり、前年データの繰越し機能があったりすると入力が容易になります。またマルチデバイスに対応しているといつでもアクセスできるため、通常業務の合間に申告書が作成可能です。

各従業員の進捗が一覧で把握できると確認作業がスムーズに進められます。たとえばフェーズに合わせて督促メールを自動で送信する機能があると、管理者の負担を大きく削減できるでしょう。

どんな外部システムと連携できるか

年末調整に特化したタイプのソフトの場合、外部システムとの連携可否は業務を効率化するうえで重要なチェックポイントです。たとえば給与計算システムと連携すれば年末調整の税額計算が自動でおこなえ、労務システムと連携すれば入退社や引っ越し、結婚に伴う従業員情報の変化を年末調整へ反映できます。

ほかにもERPとの連携ができるソフトもあり、どこまでの業務を効率化したいのかを考慮して選ぶのが大切です。連携方法はCSVのインポート・エクスポートなのか、自動連携なのかも確認しましょう。

想定する予算に見合っているか

製品の多くは利用人数による従量課金制です。ほとんどが1人あたり300円～500円程度ですが、人数が多くなればなるほど数百円の差が重くなってくるでしょう。大企業では固定料金制の方がお得になるケースもあります。また初期費用の有無にも注意が必要です。

またアウトソーシング型や基幹システム付随型の場合は、別途見積もりが必要になることがほとんどです。その際も自社にとって必要な機能を見極めたうえで、価格とのバランスの考慮が大切です。

導入や運用サポート体制は整っているか

入力時のヘルプやガイドはもちろん、導入や運用サポートが整っているかをチェックしましょう。とくに人事や労務管理システムに付随しているタイプの場合は、導入後の使用方法などサポートが必要な場面が数多くあります。サポートデスクの稼働時間やサポート範囲を確認しておきましょう。

また年末調整申告書の記入に際して、チャットボットやコールセンターで従業員からの質問を代行するサービスもあります。

年末調整にかかる業務を大幅に短縮できる

年末調整ソフトは年末調整に関わる業務のほとんどをWeb上で完結できます。そのため従業員は申告書を手書きで作成する必要がなく、スムーズに申告書作成が完了します。前年データ繰り越し機能がある製品なら、住所氏名や保険料など毎年大きく変わることのない項目を呼び出して入力できるため、さらに作成が簡略化されるでしょう。

多くの製品には管理機能が備わっているため、従業員ごとの進捗を管理者が簡単に把握可能です。未提出者への督促メールを一括して送れるなど、管理者の業務工数を大幅に削減できるでしょう。また証明書の電子添付機能なら原本を確認する前に申告書と証明書の照合ができ、業務時間の短縮につながります。

年末調整書類の記入モレやミスを減らせる

申告書作成画面にはヘルプやガイドが用意されています。従業員が申告書を作成する際に迷うことなく、正しい情報を漏れなく入力できるでしょう。各種控除申請においては入力した支払額に応じて自動で控除額が計算されるため、手計算でのミスは起こりません。またスキャンした証明書情報を自動で読み取って入力する製品もあります。

従業員から申告書を回収したら、管理者は税額を計算して給与計算システムへ反映させなければいけません。その際に年末調整ソフトからCSV形式でデータを出力し、給与計算システムへ反映すれば転記ミスを防げます。データを取り込むことで自動で計算されるため、計算ミスが起こりません。

ペーパーレス化の推進につながる

申告書の配布から回収、確認までをWeb上でおこなえるため、ペーパーレス化の推進につながります。テレワークや多様な働き方でオフィスに出社しない従業員が多い企業では、郵送にかかる手間と経費が削減できます。

また電子化によって紙の申告書の保管が不要になります。オフィスに保管場所を確保する必要がなくなり、オフィススペースが有効活用できるでしょう。

法改正へ柔軟に対応できる

クラウドで提供される年末調整ソフトの場合、法改正があった際にはサービス提供会社が速やかに対応します。改正に伴うフォーマットの変更や証明書の提出方法などに柔軟に対応できるため、法改正による現場の混乱が最小限に抑えられるでしょう。

また2021年1月1日に施行された法令で、当該法定調書を100枚以上提出する際には「e-Tax等による提出」が義務化されました。年末調整ソフトでは全ての申告書がデータ化されているため変換作業が必要なく、スムーズに法令を順守できます。

業務の属人化をなくし誰でも対応できる仕組みが構築できる

「この業務は、長年担当している〇〇さんしか分からない」という状態は、非常に危険です。その担当者が、急に退職したり、病気で長期離脱したりした場合、年末調整業務が完全にストップしてしまう可能性があります。

引き継ぎが不十分なままでは、新しい担当者はゼロから業務を学ばなければならず、ミスや混乱を招くことは必至です。ソフトを導入し、業務プロセスをシステム化・標準化しておくことは、事業継続計画（BCP）の観点からも極めて重要です。

手作業には多くのリスクが伴いますが、解決策はソフト導入だけではありません。業務そのものを専門家に委託するアウトソーシングという選択肢もあります。ソフト導入（内製化）と比較検討したい方は、こちらの記事もおすすめです。

関連記事：【2026年】年末調整アウトソーシング比較11選！おすすめプランを最短1分で自動診断｜ミツモア

従業員データの管理

従業員の基本情報、給与データ、控除対象などの情報を管理します。従業員データの電子化により源泉徴収税の計算や年末調整を効率的に処理できます。

源泉徴収税算出の自動化

適切な税率や控除の適用を考慮し、従業員の給与や報酬から源泉徴収税を自動的に計算します。

年末調整申告書の作成

年末調整申告書や関連する書類を自動的に作成します。必要な情報を適切なフォーマットに配置し、必要なデータが入力されます。

給与支払明細書の作成

従業員ごとの給与支払明細書や年末調整の詳細なレポートを作成します。

法令の遵守とアップデート

税務法規や関連する法令の変更に対応し、適宜改訂版やアップデートが提供されます。

外部システムとの連携

自社で使用している給与計算システムや労務管理システムなどと連携して業務の効率化が可能です。

年末調整ソフトの費用は、利用する従業員数に応じた「従量課金制」が主流です。企業の規模別に、おおよその月額・年額の費用相場を紹介します。

年末調整ソフトの料金は、主に以下の要素で構成されています。料金を比較する際は、月額料金の安さだけでなく、従業員数で利用した場合の総額で判断することが重要です。

• 初期費用：カスタマイズや導入支援が必要な場合に費用が発生
• 月額/年額費用：基本料金（従業員数に応じた利用料が一定）
• 従量課金（ID料金）従業員数がプランの上限数を超えた場合、追加で発生
• オプション料金：運用サポートや運用研修、データ移行など追加で発生する費用

導入直後から業務負担が減るとは限らない

年末調整ソフトを導入しても、初年度は従業員への周知やマニュアル整備、問い合わせ対応などで担当者の負担がかえって増えることがあります。効果を実感できるのは2年目以降と考え、余裕を持った計画を立てましょう。

繁忙期直前の導入は避ける

年末調整の時期に慌てて導入すると、トラブル発生時に対応が追いつかなくなるリスクがあります。遅くとも夏頃までには導入を完了し、テスト運用を行っておくのが理想的です。

紙での対応が必要な従業員への配慮

スマートフォンやPCの操作が苦手な従業員や、デバイスを持たない従業員がいる場合、紙での提出も並行して受け付ける運用が必要になることがあります。完全なペーパーレス化を前提とせず、柔軟な対応を検討しておきましょう。

システム障害時のリスクを想定しておく

年末調整の締め切り直前にシステム障害が発生すると、業務が止まってしまう恐れがあります。万が一に備え、紙での代替手段やベンダーのサポート体制を事前に確認しておくことが大切です。

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