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【2025年】EC一元管理システム比較9選!導入メリットやおすすめ製品の選び方

EC一元管理システム比較おすすめ9選

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最終更新日: 2025年12月4日

EC一元管理システム9選!おすすめのサービスや選び方を解説

「受注台帳転記に1日3時間かかり、ECサイトの出店拡大ができず数百万円の機会損失が発生」

「キャンセル対応や住所不備対応を責任者のみで行い、月16〜33時間も業務が発生している」

「各ECモールのUI教育に2〜3週間かかるので、繁忙期に人を増やしても即時稼働できない」


こうした課題を解決できるのが、EC一元管理システムです。複数モールの受注一括処理から在庫のリアルタイム連動まで、企業の販路規模に合わせて導入できます。この記事では、おすすめのEC一元管理システムを比較し、選び方のポイントを解説します。



EC一元管理システム選びなら、ぜひミツモアをご利用ください。従業員数などの各項目を画面上で選択するだけで、ぴったりのサービスを最短1分で自動診断。理想のEC一元管理システムが見つかります。

目次

EC一元管理システムとは

EC一元管理システムとは、複数のECモールやカートの受注、在庫や商品情報を一元管理するシステムです。


楽天市場やAmazon、Yahoo!ショッピングなどで受注を一括取得できる機能や全モールの在庫をリアルタイムで同期する機能、送り状を一括発行できる機能、商品情報を各モールに一括登録できる機能などを搭載しています。


転記作業の撤廃による新規出店の加速や売り越しと機会損失の同時防止、管理者の属人化解消という、EC事業拡大の支援する役割を担います。

EC一元管理システムの主な機能

受注管理

注文情報の自動取り込みや、注文ステータスの一括更新、キャンセルや返品対応など、受注業務に関するあらゆる処理を効率的におこなえます。


受注処理にかかる時間と手間を大幅に削減し、顧客対応の迅速化と正確性の向上が図れます。


在庫管理

リアルタイムな在庫数の把握や在庫の引当および取崩し、在庫割当ルールの設定など、在庫に関するさまざまな処理を自動化できます。


在庫切れや過剰在庫を防止し、適正な在庫管理の実現をします。また在庫データを活用した需要予測や在庫最適化も可能です。


商品登録管理

商品名や価格、画像、説明文など、商品に関する情報を一括で登録および更新ができます。商品情報の自動同期機能により、各販売チャネルで常に最新情報の維持が可能です。


受注・発注管理

受注情報と在庫情報を連動させることで、効率的な受注処理と発注処理を実現します。受注情報にもとづいて自動的に在庫を引き当て、在庫切れが予想される商品を自動的に発注することができます。


売上・決済管理

複数の販売チャネルで発生する売上情報と決済情報を一元的に管理し、売上データの自動集計や、決済ステータスの一括更新、入金消込処理など、売上・決済に関するさまざまな処理を効率的におこなえます。


出荷管理

受注情報と在庫情報、配送情報を連動させることで、効率的な出荷処理を実現します。受注情報をもとに自動的に出荷指示を作成し、在庫の引当・取崩しをおこないます。


配送会社との連携により、出荷状況の自動更新や、トラッキング情報の取得など、出荷に関する一連の処理を自動化することができます。


顧客管理

複数の販売チャネルで取引のある顧客情報を一元的に管理します。顧客情報の自動同期や、購買履歴の集約、顧客属性の分析など、顧客に関するさまざまな情報を統合的に管理ができます。


顧客ごとの購買傾向や嗜好を把握し、パーソナライズされたマーケティングや顧客対応が可能です。


集計分析

EC一元化管理システムの集計分析機能は、複数の販売チャネルで発生するさまざまなデータを集約し、多角的な分析を可能にします。


販売データや顧客データ、在庫データなど、ECビジネスに関連する膨大なデータを一元的に管理し、それらを組み合わせて分析することで、販売動向の把握や在庫の最適化、顧客行動の理解など、データを活用した意思決定を支援します。


商品ごとの売上推移や在庫回転率、顧客属性別の購買傾向などを分析し、需要予測による仕入れや在庫管理、効果的なプロモーション施策の立案などに活用することができます。

EC一元管理システム導入のメリット

データ一元化により管理業務が効率化できる

ECモールやカートとの連携により受注管理や在庫管理、商品管理、会計管理など、ECビジネスに関連するさまざまな管理業務が一元管理できるようになります。


複数のシステムを行き来する必要がなくなり、業務の効率化が図れます。また受注情報と在庫情報、会計情報などが自動的に連携されるため、情報の整合性も保つこともできるでしょう。


また自動処理やアラート機能によって、業務の正確性を高められます。システムを利用することで、管理業務の効率化と最適化を実現し、ECビジネスの生産性向上が実現します。


分析や戦略を立てやすい

集約されたデータを活用することで、販売動向の分析や在庫の最適化、マーケティング戦略の立案など、ECビジネスの成長に欠かせない意思決定をおこないやすくなります。製品の多くは分析機能が搭載されており、より迅速な分析と意思決定をサポートしてくれるでしょう。


商品ごとの売上推移や在庫回転率、顧客属性別の購買傾向などを把握し、需要予測にもとづいた仕入れや在庫管理、効果的なプロモーション施策の立案が可能です。


EC一元管理システムはデータにもとづく戦略的な意思決定を支援し、ECビジネスの競争力強化に寄与するツールといえるでしょう。


ヒューマンエラーの防止につながる

受注処理や在庫管理、出荷手配など、ECサイト運営に関わる業務のヒューマンエラーの防止につながるでしょう。自動化や情報の一元管理により、手作業によるデータ入力や転記のミスを防ぎ、業務の正確性を高められます。


また注文情報と在庫情報の自動同期により、在庫切れによる販売機会の損失を防止が可能です。バーコードやRFIDを活用した入出荷管理により、誤出荷や誤発送のリスクを低減できます。


さらにチェック機能やアラートにより、異常な処理や情報の不整合を早期に発見し、対処できます。

EC一元管理システムの比較ポイント

希望のモール・カートは対応しているか

自社が利用するモールやショッピングカートが、選択したEC一元管理システムに対応しているかとても重要です。システムによって異なる対応モールやショッピングカートと連携していて、楽天市場やYahoo!ショッピングには対応していても、オークションサイトには対応していない場合もあります。


また製品提供元が提供する統合ツールやAPIが使いやすいかどうか、統合作業にかかる時間や手間はどの程度か、なども把握しておきましょう。


導入の目的にあった機能が搭載されているか

EC一元管理システムを選ぶ際は、自社のECサイト運営における課題や目的に合致した機能が搭載されているかを確認することが重要です。


在庫管理の効率化が目的であれば、リアルタイムな在庫把握や在庫割当ルールの設定など、在庫管理に関する機能が充実しているシステムを選ぶとよいでしょう。受注処理の自動化や出荷業務の効率化、販売データ分析による意思決定支援など、自社が重視する機能がカバーされているかの確認が大切です。


システムのデモンストレーションや試用期間を活用し、実際の運用イメージを持って機能を評価することをおすすめします


自社の既存システムと連携できるか

販売管理システムや在庫管理システム、会計システムなど、自社で既に運用しているシステムとスムーズにデータ連携できるかどうかを確認する必要があります。


既存のシステムと連携ができるならば、業務の効率化が図れます。たとえば販売管理システムとの連携で、受注情報を自動的に同期するといったことが可能です。また在庫管理システムと連携できたら、リアルタイムに在庫情報を共有や正確な在庫管理ができるでしょう。


さらに会計システムとの連携では、売上データの自動転記や請求書の発行業務の効率化が可能です。

EC一元管理システムおすすめ9選

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株式会社ロジレス
サービス詳細
特徴1 物流フローの効率化を実現するEC自動出荷システムLOGILESSは受注管理システム(OMS)と倉庫管理システム(WMS)が一体となったシステムです。システム導入後は受注から出荷まで自動化でき、工数を大幅に削減できます。複数の販売チャネルを展開している場合も物流フローが統一されて運用しやすくなるので、販路拡大をおこないやすくなります。自動化によって商品の到着が早くなれば、顧客の満足度アップやブランド力の向上も見込めます。システムの導入にあたっては専任の導入コンサルトが1名つき、無料でサポートします。特徴2 ビジネスの拡大にあわせて利用できる現在出荷作業をおこなっている倉庫に初期費用、システム利用料無料で導入できます。複数の倉庫を使い分けたいときも各倉庫に簡単に出荷指示を出すことができ、配送費を抑えた戦略的な物流を構築できます。またノベルティをつける、ギフトラッピング、熨斗といったマーケティング施策もシステム上での簡単な条件設計で自動化が可能です。特徴3 販売チャネルの追加が簡単LOGILESSはAmazonや楽天、ヤフーショッピングなどのモールやShopify、Makeshop、楽々シリーズなどの多くのECプラットフォームとAPI連携済みのため、簡単に販売チャネルの追加ができます。またAPIを公開しており、決済や送り状発行システムとの連携も可能です。
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サービス詳細
無料トライアルあり
特徴1 メール対応の状況を可視化し、返信漏れを防ぐ楽楽自動応対は、メールの対応状況に応じて「未対応」、「対応中」、「対応完了」と自動でタブを整理します。これにより、着手すべきメールを即座に把握でき、返信漏れの心配がなくなります。また、メールごとに担当者を割り当て、誰が対応すべきかを一覧画面で確認することが可能です。特徴2 顧客対応の標準化によって業務効率を向上顧客からのよくある質問や事務処理方法をまとめることで、新人教育の資料や対応マニュアルとして使用できます。最初にQAを確認し、不明点は質問するというフローを確立することで、教育時間の削減と回答者の負担軽減につながるでしょう。特徴3 応対履歴を活用して顧客とのコミュニケーションを最適化CTIシステムと連携すると、顧客情報がポップアップに表示されます。検索に手間をかける必要なく、過去のやりとりを確認しながらの電話対応が可能です。さらに、応対履歴を残すことができるため、応対後の履歴記入漏れを防げます。これにより、顧客コミュニケーションの最適化に貢献します。特徴4 導入実績9,000社以上!専任スタッフが導入~運用までサポート(※)9,000社以上の導入実績を活かし、課題解決や運用に関する相談、事例を交えた最適な提案をおこないます。(※)充実したサポート体制により、機械操作に不安がある方やメール共有システムの利用がはじめての方でも安心です。※ 株式会社ラクス(2025年10月時点)
サービス詳細
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SAVAWAY株式会社

4.0
サービス詳細
無料トライアルあり
特徴1 柔軟なカスタマイズで運用に合わせたシステム構築が可能TEMPOSTARはASPでありながらカスタマイズ対応可能なEC一元管理システムです。事業の成長に合わせた拡張対応もでき、システムを乗り換えることなく長期間にわたって利用が可能です。運用に合わせたシステム構築により、効率的なECサイト管理を実現します。特徴2 複数倉庫の在庫管理ができる機能など多彩な機能を搭載商品情報や画像がセットできる一括予約反応機能や運用にあわせた注文や情報の自動仕分け機能、複数の倉庫と連携および在庫管理管理ができるマルチローケーション機能など、さまざまなきのうが搭載されています。特徴3 安定したサービス提供とトータルサポートで安心の運用頻繁に発生するECプラットフォームの仕様変更にも標準対応します。トラブル発生の際は問題の切り分けから連携処理まで、トータルサポートする体制が整っているので安定して運用できます。
サービス詳細
無料トライアルあり
特徴1 複数店舗の在庫管理を自動化し業務効率アップネクストエンジンは楽天市場やYahoo!ショッピング、Amazonなど複数モールからの注文情報にもとづいて自動で在庫連携ができるEC一元管理システムです。手動での情報入力が不要なだけでなく、商品登録や発注仕入れ管理、受注管理といったルーティン業務の自動化も可能。決済連携や送り状連携、POS連携などにも対応し、業務負担を大幅に軽減します。特徴2 現役のECサイト運営者が提供する使いやすさ現役のECサイト事業者によって開発および運営されているため、使いやすさを追求しているのはもちろん、モールやカートの仕様変更にも迅速に対応します。店舗ごとの売り上げや商品の分析機能も備え、業務効率化だけでなく商品開発やマーケティングにも役立ちます。特徴3 事業の成長に合わせて機能追加できる自由度の高さメイン機能が充実しているだけでなく、200種以上のアプリ機能を必要なタイミングで導入できる自由度の高さも魅力です(※)。受注管理や在庫倉庫、基幹システム連携からメールマーケティングなど多岐に渡ります。APIを公開しているので、独自にアプリの開発もできます。※ Hamee株式会社 (2024年3月時点)
サービス詳細
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株式会社アクアリーフ
サービス詳細
無料トライアルあり
特徴1 長年の運用で改善し続けた直感的な操作助ネコは、運営実績17年のEC一元管理システムです。(※)ユーザー専用のマイページでは、注文内容の確認や領収書の発行を顧客自身でおこなえるため、企業側の手間を削減できます。さらに楽天との連携により住所変更の自動反映、複数モールへの一括商品ページ作成、出荷予定商品のカレンダー表示など、効率化に役立つ機能が豊富に用意されています。特徴2 電話対応コンクールに出場、品質向上に努めるカスタマーサポート「親切、礼儀正しい、フレンドリー」をモットーに、提供元の自社スタッフによる迅速な対応を心がけています。チーム制による情報共有や電話応対コンクールへの参加など、サポート品質向上に努めていて、利用者が手厚いサポートを受けられる点は、魅力といえるでしょう。特徴3 楽天やYahoo!、BASEなど幅広いECモールに対応助ネコは楽天市場やYahoo!ショッピング、Amazonなどの大手ECモールから、カラーミーショップやBASEなど、幅広いECサイトに対応しています。それぞれのモールに複数出店している場合でも、受発注管理や在庫管理、商品登録の一元管理が可能です。※ 株式会社アクアリーフ(2024年4月時点)
サービス詳細
無料トライアルあり
特徴1 受注件数に影響されない定額料金プランGoQSystemは、4種類の定額料金プランから選択できるシンプルな料金体系を採用しているEC一元管理システムです。受注件数が増加しても、追加費用が発生することはありません。API連携による自動データ同期や商品ページ自動作成ツールなど、豊富なオプション機能も利用可能です。導入後の運用費用を抑えつつ、効率的な業務運営を実現します。特徴2 最短40分で開始、スムーズなシステム設定(※)3モールから4モールの初期設定を最短40分で完了でき、商品マスター登録などの手間もなく、すぐに利用開始できます。(※)他社システムや基幹システムからのデータ取り込みにも対応しており、専任スタッフがフルサポートするため、システム移行もスムーズにおこなえます。PC操作が苦手な方でも、画面共有によるサポートで安心して利用できます。特徴3 土日や祝日の緊急時も安心の充実サポート導入前後を問わず徹底したサポート体制を整えています。公式LINEアカウントでは土日や祝日の緊急問い合わせにも対応可能です。システムに詳しい担当者がいない場合でも、いつでも専門スタッフに相談できるため安心です。万が一のトラブル発生時も、迅速な対応で問題解決をサポートします。※ 株式会社GoQSystem(2024年3月時点)
サービス詳細
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アートトレーディング株式会社
サービス詳細
特徴1 複数店舗の在庫を一元管理し、売り逃しを防止mylogiでは自社サイトやモールなど、複数のECサイトで販売している商品の在庫を、それぞれデータ上の倉庫で管理することができます。在庫の売り越しや売り逃しを防ぐことが可能となり、適切な在庫量を維持しながら販売をおこなえます。特徴2 API連携で注文情報を自動取得し業務を効率化Shopifyや楽天など各種ECモールおよびカートとAPI連携することで、注文情報を自動で取り込むことができます。手作業による情報の転記ミスを防ぎ、業務の効率化を図ることが可能です。特徴3 低予算でも高品質な物流管理を実現大企業や物流システムで使用されるバーコードによる管理機能を、低予算で導入することができます。外部委託する必要がなく、自社で出荷の管理をおこなえるため、費用を抑えながらも高品質な物流管理を実現できます。
サービス詳細
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株式会社オークファン
サービス詳細
無料トライアルあり
特徴1 複数のECサイト運営を効率化するクラウドサービスタテンポガイドは複数のECサイト運営における在庫管理や受注管理といった業務の効率化を実現するEC一元管理システムです。クラウドサービスとして提供されるため、導入が簡単です。特徴2 専任担当者が導入から運用までしっかりサポート企業ごとに専任の担当者がつき、導入から実用開始までをしっかりサポートします。ITに詳しくない方でも安心して利用開始できるよう、手厚いサポート体制を整えています。さらに3カ月間は無料ですべての機能を利用可能(※)。導入効果を実感しながら、継続利用を判断できます。特徴3 楽天やAmazon、Yahoo!ショッピングなどモールごとの顧客管理や集計分析が可能楽天やAmazon、Yahoo!ショッピングといった異なるモールの管理業務を一元化するだけではなく、顧客管理や集計分析機能も搭載されています。モールごとの購買傾向や自社の現状分析から売上アップにつながる改善点を見つけることも可能です。※ 株式会社オークファン(2024年4月時点)
サービス詳細
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株式会社ネットショップ支援室
サービス詳細
無料トライアルあり
特徴1 受注ステータスを自動で進行管理スマレジEC・一元管理は、受注業務を効率化できるEC一元管理システムです。各モールと自動連携することで、新規受付から発送完了までのステータスを自動で更新します。配送日数や希望日から逆算して出荷予定日を設定できます。特徴2 各モールへの振り分け設定で在庫数を自動反映全店舗一律、割合指定、数量指定など、振り分け方法を選ぶだけで、在庫数が各モールに自動反映されます。店舗ごとに異なる商品コードを揃える手間も不要。手動での在庫調整の手間やミスが減り、効率的な在庫管理が実現します。特徴3 複数モールの顧客データ名寄せし、購入履歴を一元管理異なるモールやカートの顧客情報を自動で名寄せし、購入履歴やフラグ付け機能でスムーズに管理がおこなえます。履歴や属性に応じて、テンプレートを自動で切り替えたメール配信も可能です。
サービス詳細

EC一元管理システム導入時の注意点

導入するまでに時間がかかることがある

EC一元管理システムの導入によって業務の効率化が図れますが、同時に導入までに一定の時間を要することも理解しておく必要があります。


既存のシステムとのデータ移行や連携、業務フローの見直しと調整、カスタマイズ対応など、導入前の準備には十分な時間を割く必要があります。


導入スケジュールを立てる際は、無理のないタイムラインを設定することが重要です。導入を急ぐあまり、十分な準備や検証を怠ると、かえって業務に支障をきたす恐れがあるため、注意が必要です。


セキュリティ対策をおこなう必要がある

EC一元管理システムは、販売データや顧客情報など、機密性の高い情報を扱うシステムです。そのためシステムのセキュリティ対策は非常に重要な課題といえます。


データの暗号化や定期的なバックアップの実施、ログ管理による不正アクセスの監視など、多層的なセキュリティ対策を講じる必要があります。


クラウド型のシステムを利用する場合は、クラウドベンダーのセキュリティ対策についても確認しておくことが重要です。

ぴったりのEC一元管理システム選びはミツモアで

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EC一元管理システムは製品によって特徴や機能もさまざま。「どの製品を選べばいいかわからない・・・」といった方も多いのではないでしょうか。


そんなときはミツモアにおまかせ。最短1分の自動診断で、ぴったりのEC一元管理システムが見つかります。


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